Affymetrix基因芯片产品

AFFYMETRIX基因芯片产品Upto~7,000,000features/chip5-11µmRNAtargetThousandsofcopiesofaspecificoligonucleotideprobeineachfeatureRawdataimagewith1-6.9milliondifferentcomplementaryprobesOligonucleotideprobe*****1.28cmHybridizedprobecell*5”5”芯片产品分类•表达谱芯片-mRNA•3’IVT•WT•MicroRNA芯片•lncRNA芯片•SNP/CNV芯片•甲基化&转录因子芯片表达谱芯片•3’IVT•HumanU133Plus2.0•MouseU4302.0•RatU2302.0•PrimeView&AlmacXcel•WT•Human/Rat/MouseGene1.0ST•Human/Rat/MouseExon1.0ST•HTA2.0表达谱芯片探针设计Exon1.0ST基因组DNA初始转录本RNA可变剪切转录本Gene1.0ST3’端表达谱表达谱芯片实验步骤样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化GENE系列芯片TranscriptcoverageofthearrayHumanGene1.0STArrayHumanGene2.0STArrayTotalRefSeqtranscriptscovered36,07940,716NM?RefSeqcodingtranscript,well-establishedannotation32,02030,654NR?RefSeqnon-codingtranscript,wellestablishedannotation2,9675,638XM?RefSeqcodingtranscript,provisionalannotation579996XR?RefSeqnon-codingtranscript,provisionalannotation5133,428lincRNAtranscripts46611,086RefSeq(Entrez)genecount21,01424,838EXON系列芯片DesignStatisticsSummaryProbeSets1.4millionExonClusters1millionSupportedbyPutativeFull-LengthmRNA289,961probesetsSupportedbyEnsemblTranscripts306,583probesetsSupportedbyEST665,175probesetsSupportedbyMouseorRatmRNA220,262probesetsSupportedbyGenePrediction883,105probesetsProbeSelectionRegionAlongtheentirelengthofthetranscriptsProbes/ProbeSelectionRegion4BackgroundSubtractionStrategyMedianintensityofupto1,000backgroundprobeswiththesameGCcontentTotalFeaturesPerArray5,500,000InterrogatedStrandSense²HTA2ArraycontentProteincodingcontentNon-proteincodingcontentGenes(transcriptclusters)44,69922,829Transcripts245,34940,914Exons560,472109,930Exonclusters296,05882,444Splicejunctions(probesets)339,1460表达谱芯片应用•U133——经典，相对旧，无价格优势，不做推荐•Gene系列——基本，仅满足一般表达量检测需求•Exon系列——全面，精确表达量检测•HTA2——最佳，最全&最精确表达量•EG1.0——最佳，唯一能够获得转录本表达量MICRORNA芯片•MicroRNA4.0•microRNA•Pre-microRNA•snoRNA&scaRNAMICRORNA芯片实验步骤样本RNA抽提&质检Poly(A)加尾&FlashTagBiotinHSR连接生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化MICRORNA4.0特点•100%覆盖miRBaseV20•包括所有数据库记录的物种•人2578•小鼠1908•大鼠728•重复性0.95•技术重复•生物重复LNCRNA芯片•Human/Mouse/RatGene2.0•HTA2.0(Human)•EG1.0-Human/MouseLNCRNA芯片实验流程样本RNA抽提&质检cDNA合成及片段化生物素标记芯片杂交-洗脱-扫描芯片数据标准化SNP/CNV芯片•SNP6.0•CytoScan750K•CytoScanHD•OncoScan•订制芯片CYTO芯片适用样本•细胞•组织•血液•唾液•骨CYTOHD•270万CNV探针•75万SNP探针高覆盖率•特异性•灵敏度高性能•~1marker/1-3KB•~1marker/5KB高分辨率0500010000150002000025000300003500040000RefseqOMIMSangerISCA3600012000500500基因数量CYTO系列芯片价值杂合性缺失单亲二倍体三倍体样本异质性家系分析甲基化芯片•HumanPromoter1.0RDNA甲基化CpG岛在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。研究甲基化意义•DNA甲基化过低•CpG岛高甲基化肿瘤•出生后发育发育•整体甲基化水平衰老样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标记杂交洗脱扫描PROMOTER1.0R实验流程