3500遗传测序仪介绍

1LifeTechnologies™Proprietary|3500/xl遗传测序仪介绍肖怀东FieldApplicationScientistTel:4008208982/8008208982E-mail:[e-mail]2LifeTechnologies™Proprietary|AB遗传分析仪发展历史3703733773100(A),3130（xl）3103730(xl)平板胶电泳毛细管电泳3500,3500（xl）3LifeTechnologies™Proprietary|1986年370型全世界第一台基因分析仪1991年373型基因分析仪1995年377型基因分析仪，光栅+CCD1996年310型毛细管基因分析仪,全世界第一台毛细管分析仪1997年377-96基因分析仪1998年3700型96道毛细管基因分析仪2000年310016道毛细管基因分析仪2002年3100Avant4道毛细管基因分析仪2002年373048道毛细管基因分析仪3730xl96道毛细管基因分析仪2004年31304道毛细管基因分析仪3130xl16道毛细管基因分析仪2007年10月新一代超高通量序列分析仪SOLID2009年3500系列毛细管基因分析仪2010年第三代测序仪IonTorrent4LifeTechnologies™Proprietary|主要内容测序仪工作原理仪器的结构及DC软件应用5LifeTechnologies™Proprietary|测序仪工作原理6LifeTechnologies™Proprietary|●电进样●DNA在碱性环境下带负电荷●带负电荷的DNA在强电场作用下进入毛细管15kv仪器工作原理——电进样TRIVIA:电进样意味着什么?只有带电分子能够进入毛细管.7LifeTechnologies™Proprietary|+仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DNA片段H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+负极正极TRIVIA:什么样的片段泳动的更快?-仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?小片段不8LifeTechnologies™Proprietary|仪器工作原理-荧光标记的DNA片段在检测窗口被检测双向激发9LifeTechnologies™Proprietary|仪器工作原理-激发出的荧光由于波长不同而被分离，并被CCD相机收集TRIVIA:什么是CCD?ChargedCoupledDevice电荷耦合器件CCD相机收集波长范围520nm到650nm（发射波长）虚拟的光栅设置氩离子激光，激发波长488nm，514nm.10LifeTechnologies™Proprietary|仪器工作原理•荧光标记的DNA在电场中由负极向正极移动,依次通过激光检测区,小片段在前,大片段在后•激光束在检测窗口同时激发16/4根毛细管,荧光分子被激发,产生荧光信号•发射的荧光信号被CCD相机收集•软件将光学信号转化为电信号LaserEnergy:CCDElectrophoresis+-dye11LifeTechnologies™Proprietary|毛细管空间定位(SpatialCalibration)􀂙什么是空间定位？–空间定位将标记出每道毛细管在CCD上的对应位置，使信号收集软件(DataCollection)能够找到它们。12LifeTechnologies™Proprietary|什么时候要做空间定位?•毛细管安装完成后,包括重新安装用过的旧毛细管•移动或调节了毛细管检测窗口的位置•仪器移动后•作为仪器日常维护的一部分怎么做?•当仪器正常启动，毛细管已经安装在仪器上，仪器上的相应位置已经放置了胶、缓冲液和水；•进入DataCollection软件，•点击窗口左边的SpatialRunScheduler进入空间定位页面；•在左下角Protocol中选择一种运行模式，有不灌胶和灌胶两种模式毛细管空间定位(SpatialCalibration)13LifeTechnologies™Proprietary|指标:•峰高大致相同•峰型尖锐、左右对称•橙色十字在峰顶端•间距:13-16空间定位——结果评估14LifeTechnologies™Proprietary|Clicktosavethecalibrationdatatothedatabase空间定位——结果评估15LifeTechnologies™Proprietary|Clickforanyfailedcalibration空间定位——结果评估16LifeTechnologies™Proprietary|如果空间定位失败怎么办?•重复做一次空间定位•若无效，观察系统中有无气泡，去除气泡后再定位•若无效，重新安装毛细管的检测窗口，进行空间定位•若无效，取下毛细管，用枪吸取无水甲醇冲洗毛细管检测窗口上的凹槽，待甲醇晾干后将毛细管装回，进行空间定位空间定位——结果评估17LifeTechnologies™Proprietary|问题可能的原因改进措施杂信号检测窗口脏毛细管位置不恰当清洁检测窗口重装毛细管间距不好检测窗口脏清洁检测窗口没有峰图毛细管里没有胶灌胶肩膀峰检测窗口脏清洁检测窗口空间定位——故障排除18LifeTechnologies™Proprietary|•让机器认识纯荧光。•每个染料都有自己的最大发射波长，但是不同染料之间有相互重叠的部分，重叠的部分通过光谱校正来识别。光谱校准——目的19LifeTechnologies™Proprietary|光谱重叠结果:光谱校正后光谱校准——目的20LifeTechnologies™Proprietary|多重颜色检测光谱校准——目的21LifeTechnologies™Proprietary|什么时候做?•使用新的染料组合•调整过仪器的光路系统•不同颜色的荧光间出现干扰(有拔起或下压峰)•参数改变(如毛细管长度改变)•作为每年一次的日常维护怎么做?•按照试剂盒说明书配制Matrix,对于8道或者24道的仪器,分别加第一个run的孔,每个孔加10µl配置好的混合物.•在DataCollection窗口中操作光谱校准22LifeTechnologies™Proprietary|概要仪器结构仪器耗材仪器开机样品检测流程及DC软件介绍仪器关机23LifeTechnologies™Proprietary|电源开关自动进样器按纽内部照明灯开关状态灯仪器结构——外观网络插口断路开关电源插头24LifeTechnologies™Proprietary|宽度：61cm深度：61cm高度：72cm重量：82kg3500/3500xl基因分析仪3130/3130xl基因分析仪•宽度：74cm•深度：54.8cm•高度：81cm•重量：130kg总体积3500是3130系列的82%（减少了18%）总重量3500是3130系列的63%（减少了37%）仪器结构26LifeTechnologies™Proprietary|胶块区(Gelblockregion）检测区(Detectionregion）自动进样区(Autosamplerregion）27LifeTechnologies™Proprietary|胶块区(Gelblockregion）胶袋28LifeTechnologies™Proprietary|胶袋毛细管阵列炉子Oven检测窗口电极electrodes自动进样器Autosampler阳极bufferABC阴极bufferCBC样品托盘Sampletray风扇Fan29LifeTechnologies™Proprietary|CBC–阴极缓冲液槽ABC–阳极缓冲液槽POP胶袋毛细管阵列仪器耗材30LifeTechnologies™Proprietary|易于安装的毛细管结构易于安装的锁定装置易于存储过期日期•内壁无涂层•50µm内径•160runs仪器耗材——毛细管31LifeTechnologies™Proprietary|仪器耗材——毛细管32LifeTechnologies™Proprietary|仪器耗材——胶Additional“free”volumetoenableinstallation,wizardsandproperpouchfunctionality(andmaybeleftoverattheend)StandardvolumeForrunning960or384samplesProvides:-Easeofuse-Quality-Predictablecostpersample33LifeTechnologies™Proprietary|保存在冰箱冷藏室的中央使用前，放置在室温下1hour在仪器上可放置1周不同仪器之间的胶袋不要交换使用，胶袋中的胶包括安装和安装后维护使用的部分，如排气泡.过量的维护操作会影响到跑样品使用的数量仪器耗材——胶的保存34LifeTechnologies™Proprietary|PullLeverDownPullLeverUp仪器耗材——胶的安装35LifeTechnologies™Proprietary|仪器耗材——缓冲液36LifeTechnologies™Proprietary|Oninstrument:TwouniqueSeptasBufferWashWaste•一体化缓冲杯•迷宫般设计分离洗涤池和废液池•确保缓冲液达到Fillline•两种独立的胶垫Septa(availableinCBCseptakit)，注意胶垫安装•注意缓冲液放置的位置•在仪器上放置有效期7天•存储在冰箱冷藏，使用前恢复室温仪器耗材——阴极缓冲液37LifeTechnologies™Proprietary|•预装好的1xrunningbuffer•1个包装4个•易于安装•放置在仪器上的有效使用期限为7天•安装前确保溢杯中的缓冲液都流到主腔中•确保主腔中的缓冲液达到Fillline•存储在冰箱冷藏，使用前使之恢复室温RemovablesealOverflowchamber仪器耗材——阳极缓冲液38LifeTechnologies™Proprietary|用途−填充胶泵−换胶时冲洗胶泵使用−仪器长期关机时使用可供一次使用，足量仪器耗材——ConditioningReagent39LifeTechnologies™Proprietary|耗材在仪器上的放置有效期On-instrumentRFIDtrackedlimitsConsumableShelflife(new)LifeSampleUsageHardstop(cannotexceed)Warning(optiontoproceed)POP™Polymers-960samplesizeExpirydateonlabel7daysLowerof960samplesOr50injections(24cap)Or120injections(8cap)Shelflifeexpiry,（DC2.0解除）Samples,injections7daylimit-384samplesizeExpirydateonlabel7daysLowerof384samplesOr20injections(24cap)Or60injections(8cap)Shelflifeexpiry（DC2.0解除）,Samples,injections7daylimitArraysExpirydateonlabelNA160injectionswarrantyNoneShelflifeexpiry,160injectionslimitBuffers(CBC&ABC)Expirydateonlabel7days50injections(24cap)or120injections(8cap)Shelflife,（DC2.0解除）On-instrumentNoneConditioningReagen