DNA star 简介

DNAstarDNAstar简介•DNAStar是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大•实验室必备软件，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。DNAstar组件1.EditSeq2.GeneQuest3.MapDraw4.MegAlign5.PrimerSelect6.Protean7.SeqManII序列格式转换。用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有修改已有序列的功能。每个文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。•打开已有序列•寻找开放读框•DNA序列翻译•遗传密码选择使用•遗传密码修改•序列的反向互补及反向转换•BLAST检索•序列信息查看•序列校读•序列的保存与输出1、EditSeqDNAstar组件EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。从文件菜单（FILEMENU），选择Open，打开文件夹单击选定序列。若序列污染，单击位于对话框右下角的SetEnds按钮，去除污染序列。•在这一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。•从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现下边的对话框。•单击FindNext寻找第一个ORF的位置。•继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在所需位置。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。EditSeq使用实例任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。DNA序列翻译如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如下图箭头）。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），或者把序列颠倒（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。可以在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。选定序列，或者从EDIT菜单中选择SelectAll。从网络检索菜单（NETSEARCHMENU），选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。程序默认为blastn，数据库默认是nr，参数转换请参照帮助。单击OK开始查找。寻找结果显示为两部分。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。选定序列的一部分。如果你是希望全选序列，从EDITMENU菜单，选择SelectAll。从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics，就会出现下面的窗口，显示序列信息。碱基总数、A/T/G/C百分比等这功能能帮助你校正测序序列中的错读。选定序列。单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。电子的音声就会开始朗读所选的序列。要改变音声read-back的速度，从SPEECHMENU菜单，选择FasterorSlower。要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECHMENU菜单，选择Proof-ReadSequence。首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为EditSeq文件：从文件菜单，选Save。选定保存位置。给序列命名。单击保存则可。以GenBank或GCG格式保存序列：以FASTA格式保存序列：帮助查找和注释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。•打开已有分析文件能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式•GeneQuest的DNA分析方法•用分析方法操作•方法参数改变•结果展示优化•Feature注释•BLAST检索•EntrezDatabase检索•GeneQuest的其他特点•保存分析文件DNAstar组件2、GeneQuest酶切图谱分析，克隆实验设计，分析及处理实验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能及BLAST查找功能。•新酶切图制作•过滤器类型自己定义的可以使用的酶切位点的集合•应用频率过滤器•应用手动过滤器•使用MustCutHere/Don’tCutHere调色板工具是另一种酶切位点过滤限制方法•酶信息显示•环形展示•ORF图•显示择选•保存，退出DNAstar组件对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化距离等数据。一般多序列比较(multiplealigment)的结果展示于队列(aligment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。MegAlign也提供整合的BLAST查找功能。•创建队列文件•序列设置•PairwiseAlignment•使用DotPlotMethod•多序列比较•PhylogeneticTree查看•查看队列报告•Decorations/Consensi•MegAlign文件保存DNAstar组件设计PCR引物、测序引物和探针。•创建PrimerSelect文件•定义引物特点•查找引物对•浏览其他的引物信息•按特征对引物分类•引物长度改变•在引物中引入突变•设计新引物•使用寡核苷酸订购表格•保存PrimerSelect文件DNAstar组件分析和预测蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预测功能。•创建蛋白质分析文件•Protean‘s蛋白质分析方法•应用分析方法•方法参数改变•优化结果显示•使用蛋白酶消化与SDSPAGE•Feature注释•BLAST检索（局部比对）•二级结构模拟•展示滴定曲线•保存分析文件DNAstar组件多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼接。在拼接前可以对序列进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。•输入序列片段•Pre-AssemblyOptions操作•检查修整的数据•序列装配•查看范围和构建结果•去除矛盾碱基和缺口•手动修改序列末端•文件保存与序列输出DNAstar组件Thankyou