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先看一下megalign的简单介绍 MegAlign提供6列队(aligment)方法，进行DNA和蛋白质序列的配对和多序列比较(multiplealigment)。多序列比较(multiplealigment)可以在MegAlign的worktable进行查看和编辑。可以根据队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetictrees），并且，有关序列距离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较(multiplealigment)的结果展示于队列(aligment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。 打开方法与editseq一样，只不过点选megalign图标，然后进入其界面 选择File-EnterSequences 首先进行2个序列比对，选中所需序列1和2，点击add，使从左侧添加到右边的框中，单击Done 出现如图所示界面，选中1与2（可按control点选），之后选择Align-OnePair-ByWilbur-Lipmanmethod 出现如图所示界面，即为blast结果，但画面不美观，可对其进行调整，点击鼠标所处位置按钮 出现此对话框，里面可进行一系列设置，可根据自己喜好进行，使界面更美观形象 设置后可看到错配碱基，如下，还是比较直观吧 比对之后可对其进行结果查看，点选View-Alignmentreport即可 结果如图 对于多序列的比对，添加序列与一对序列一样，不过选择的Align-Clustal或者JotunHein命令 如点了2之后出现点选JotunHe2次变成4条后点选View-P现如下结果，ein后，出现如条了 ） Phylogenetic因我用序列如图界面，图Tree进行系列太少，体现图中红线部分系统树分析 不出很好效果分代表同源序果，欢迎大家序列（偷懒了家自己尝试 了，2个序列 添加 简单的把Alignmentreport参数设置介绍下 关于Alignmentreport，参考图8，之后选择options-AlignmentReportContents 出现如图对话框，为使Alignmentreport界面更美观一点，首先调整其界面，点选breakalignment，填入适当的碱基数，我一般选择80个，可填满整个界面，点击OK 出现如图所示界面，是不是更好看些？ 继续选择上面对话框中的showconsensusdisagreement，会标示出错配碱基（绿色部分） 如继续选择showconsensusstrength，则出现如图所示结果，一致序列用红线代表 谢谢，正需要这些，不过请问Align‐Clustal或者Jotun Hein命令有什么区别呢？Clustal还有V、W之分，有什么区别？ 在一对比对是，One Pair‐By Wilbur‐Lipman method时要输入一些参数，那些参数怎么填，有什么作用呢？谢谢楼主 关于第一个问题，见附件 关于第二个问题，见下面介绍，希望对你有所帮助 1 ) K‐TUPLE SIZE: This is the size of exactly matching fragment that is used. 2 )GAP PENALTY: This is a penalty for each gap in the fast alignments. It has little affect on the speed or sensitivity except for extreme values. 3 )WINDOW SIZE: This is the number of diagonals around each of the 'best' diagonals that will be used. Decrease for speed; increase for sensitivity.