中国水稻品种及其系谱指纹数据库

中国水稻品种及其系谱、指纹数据库鄂志国中国水稻研究所科技信息中心[e-mail]0571-63370586国家水稻数据中心1)中国水稻品种及其系谱、指纹数据库(★):超过1.3万份()2)水稻功能基因数据库(☆)：超过2.5千份()3)ontology系统(☆)4)水稻文献数据库(☆)：超过2.8万篇()水稻科学数据的共享和利用国家水稻数据中心5)优异种质数据库:超过5.0千份()6)水稻百科：词条近3.0千个()7)其它数据库：突变体()分子标记()水稻科学数据的共享和利用1）累计收录品种资料超过1.3万份；2）基本收集齐国内审定品种、大面积推广品种、农家品种，等等，除品种外，还收录有不育系等材料3）是国内唯一带有系谱追溯功能的水稻种质数据库，也是国内关于水稻品种最齐全的数据库4）指纹鉴定（开发中，后文详细介绍…）本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱、指纹数据库水稻科学数据的共享和利用://各种相关数据的无缝整合是本数据库平台最大特色通过系谱追溯功能，结合品种推广数据，再编写特定的程序包，我们还能够：筛选骨干亲本，推演主推品种更迭规律一次性检索出某个核心种质、不育系或恢复系所衍生的全部品种或配组组合，以及它们的应用面积一次性检索出某类型不育系（如印水型）所配组的全部组合及其应用面积本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱数据库（特色功能）水稻科学数据的共享和利用根据亲本的儿子、孙子和曾孙三代的表现，统计亲本的应用情况:分别按照后代数目和后代面积进行排序，从而推算骨干亲本以50万亩以上为主推品种，计算主推品种的淘汰率，如以某一年为观察起点，看看这年的主推品种大概需要几年，全部退出历史舞台，等等…蜀恢527衍生品种共计326个1）基因数据使用ontology系统管理，累计收录基因数据约2500份；2）通过登录号与NCBI、MSU和RAP等国外数据库直接关联；3）育种有利基因进行专门的分类整理，如：稻瘟病抗性基因：本数据库平台的特色水稻功能基因数据库水稻科学数据的共享和利用将不同文献中的同一基因汇总到一起将不同文献中的同一基因汇总到一起DTH2电子注释基因结构图，我们自主编写的SVG脚本程序生成，指纹实物图，是否也能通过程序自动生成？可以尝试，当然，也可以直接截取原始图片.尝试对日本晴基因组的全部5万多个基因进行电子注释geneontology(GO)→基因功能，影响的生物学进程traitontology(TO)→基因所影响的表型plantontology(PO)→基因表达的时空性本数据库平台的特色管理基因数据库的ontology系统水稻科学数据的共享和利用•自主开发了ontology系统；•ontology，实质是对基因进行分类和注释•与传统的关键字或图书馆分类不同，ontology的术语之间有关联性，如“水稻”和“禾本科植物”本数据库平台的特色管理基因数据库的ontology系统水稻科学数据的共享和利用本数据库平台的特色Ontology系统管理水稻基因数据水稻科学数据的共享和利用1）服务于品种数据库和基因数据库：文献中的品种信息析出并录入到品种数据库;文献中的基因相关信息录入到基因数据库；2）累计收录中英文水稻文献超过2.86万份:下一步：做成内网可以直接下载原文…下一步：使用ontology进行管理(中国农科院信息所计划有项目资助)本数据库平台的特色水稻文献数据库水稻科学数据的共享和利用文献数据库的作用：由于重要数据都列出了数据来源，当不同来源的数据不一致时，用户可以自行判断将NCBI、GRAMENE等数据库收录的有关水稻的所有生物学数据，全部融入进来，并对其中的基因和蛋白进行GO和TO注释；目前正在做的工作水稻科学数据的共享和利用中国水稻品种及其系谱数据库中国水稻品种及其系谱、指纹数据库特点和工作基础：(1)指纹跟系谱相结合，可以相互印证;(2)使用WindowsServer2008和SQLServer2005架构，数据库的高效、安全和稳定有保障；(3)我们有自己的高效服务器和足够的带宽，当然，是否对外开放、如何开放，可以自主控制；本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱、指纹数据库实现过程：(1)服务器系统：WindowsServer2008+IIS6.0;(2)底层数据库：SQLServer2005；(3)开发技术：DHTML(HTML+CSS+javascript)；ASP.net(运行环境)；VB.net(编程语言)；SVG+VML(可缩放矢量图形，程序直接绘图)本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱、指纹数据库目前正在做的工作(1)：品种指纹数据的查询目前正在做的工作(2)：品种指纹的比对(相似度)算法：1个位点上的两个等位基因分别比对(1)在查询和比对的结果显示界面，增加指纹图谱的图形显示，以在需要时能方便了解实验的真实情况;(2)批量比对，用户通过提交保存有待比对品种指纹的excel表格，跟数据库已有指纹进行批量比对；(3)全数据库指纹相似度比对，按照相似度由高到低排序，从而推测所有已测定品种间亲缘关系…本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱、指纹数据库(待优化功能)其它需要优化的功能？本数据库平台的特色中国水稻品种及其系谱、指纹数据库(待优化功能)谢谢!