第二章 分类与命名1

第二章病毒的分类与命名为何要进行病毒的分类和命名俗名法：如西尼罗河病毒，如何进行病毒的分类1961年以前的病毒分类1935年的植物病毒的分类标准传播方式及昆虫媒介,宿主,体外存活期,致死温度和症状1937年Levaditi和Lepine就曾根据病毒对组织的亲和性进行分类1944年引入了生物分类法,出现了目、科、属及种病毒目下有细菌、植物及动物病毒亚目1950-1954年引入病毒形态、传播方式及晶体结构将植物病毒分为①可摩擦传播的球形及近球形的可结晶②昆虫及摩擦传播的杆状或线条状及近球形颗粒，可形成针状结晶1956年又突出了传播方式：如蚜传、叶蝉传、无介传及介传等病毒目动物病毒分类法按照胚胎学及组织嗜性分8个群(外胚层（FMD）、中内（canary-poxvirus)侵害部位及病症及媒介分10个群昆虫病毒分类包涵体的有无及形状分为4个属以上结合细胞定位分为4个属包涵体分类的基础上，结合病毒形态分为2大类群、5个属。病毒分类的机构：ICNV（internationalcommitteeonNomenclatureofVirus）——国际病毒命名委员会（1966年）ICTV（internationalcommitteeonTaxonomyofVirus）——国际病毒分类委员会（1973年）ICTV发布病毒分类报告的次数及时间时间报告顺次关键内容1966第一次报告明确了属及属名并列出代表种，500种病毒，分为DNA和RNA病毒两大类，分为43个属，并设列了脊椎、无脊椎、植物和噬菌体4个委员会。1976第二次报告将43个属的病毒按宿主分为5大类，出现了科，对属特征进行了描述，还列出了可能成员，采用了密码分类法。1979第三次报告根据核酸类型和包膜的有无，将病毒分为7大类，53个科1982第四次报告1372种病毒。将7大类病毒分为54个科和5个可能的科。提出了22条病毒命名的规则和新的病毒分类方案1991第五次报告2430种病毒分为73个科。比第4次报告增加了19个科提出单分子负链RNA病毒目。1995第六次报告将约4000多种病毒，分为49科,11个亚科,164个属,包括22个未定科确定了38条病毒分类和命名准则。1999第七次报告1999年,病毒分类系统达到了3个目,62个科。亚病毒感染因子设卫星、类病毒和朊病毒2005第八次报告5450，3个目，73科，11个亚科，289个属，1950多个种，类病毒有2个科，卫星病毒有2个亚组，卫星核酸有3个亚组，朊病毒分为脊椎动物朊毒和真菌朊毒。第七次与第八次病毒分类报告的内容变更目(order)科(family)亚科(subfamily)属(genus)种(species)第七次36492334500第八次373112895450第7次分类报告已提出了3个目,单分子负链病毒目（Mononegavirales）；套式病毒目(Nidovirales)；有尾噬菌体目（caudovirales)。反转录病毒科下设正反转录病毒亚科及泡沫反录病毒亚科第8次报告新增了双顺反子病毒科(Dicistroviridae)和戊型肝炎病毒科Hepaviridae病毒的分类原则（1）核酸的类型、结构及相对分子质量；（2）病毒的形状和大小；（3）病毒体的形态结构；（4）病毒体对乙醚、氯仿等脂溶剂的敏感性；（5）血清学性质和抗原关系；（6）病毒在细胞培养上的特性；（7）除脂溶剂外对其他化学和物理因子的敏感性；（8）流行病学特点。命名病毒是通过它们在寄主上引起病害才被认识的植物病毒：寄主+症状（俗名）；寄主+病害+病毒动物病毒：寄主症状（麻疹病毒）；感染部位（鼻病毒）；传播方式（呼吸道病毒）；寄主种类（野兔痘病毒）；发现者姓名（劳斯氏肉瘤病毒）；发生或发现地（新疆出血热）；一个病毒多名（乙型肝炎病毒，血清性肝炎，输血后肝炎）噬菌体命名：代号符号命名法，如噬菌体T2、T4病毒分类命名及书写规则(41条)（一）一般规则（1）病毒分类和命名应该是国际性的，并且普遍适用于所有的病毒。（2）国际病毒分类系统采用目（order）、科(family)、亚科(subfamily)、属(genus)、种(species)、分类阶元。（3）ICTV不负责病毒种以下的分类和命名，病毒种以下的血清型、基因型、毒力株、变异株和分离株的名称由公认的国际专家小组确定。（4）人工产生的病毒和实验室构建的杂种病毒在病毒分类上不予考虑，它们的分类由公认的国际专家小组负责。（5）分类阶元只有在病毒代表种的特性得到了充分了解和在公开出版物上进行过描述，以致于明确了它们的分类地位，并使其分类阶元与其他类似的分类阶元相区别时，才能确定下来。（6）当病毒有明确的科、而分属未确定时，这一病毒种在分类学上称为该科的未确定种（unassignedspecies）。（7）与规则2各分类阶元相关联，并得到ICTV批准的名称是唯一可以接受的。（二）关于分类单元的命名规则（8）如果分类阶元的建议名称遵守ICTV公布的分类和命名规则，并且适合于已设立的分类阶元，那么这些建议名称是有效名（validnames），在ICTV第六次报告中记录已批准的国际名称或经过ICTV表决批准的分类建议名称是接受名(acceptednames)。（9）现有的病毒名称和分类阶元只要是用的，就应该保留。（10）病毒及其分类阶元的命名不遵守优先法则（theruleofpriority）。（11）在设计新分类阶元名称时，不能使用人名进行命名。（12）分类阶元的名称应该是易于使用和记忆，以谐音名（euphoniousname）最好。（13）上标、下标、连字符、斜线和希腊字母在设计新命名时不能使用。（14）新名称不应该与已批准的名称重复，所选择的新名称也不应该与现在和过去使用的名称相似或相近。（15）缩拼字（sigla）若是由几个研究小组建议，并且这一领域的病毒研究者是有意义的，那么缩拼字可以接受作为分类阶元的名称。（16）如果所建议的候选名（candidatename）不只一个时，那么相关下属委员会应该首先向ICTV常务委员会作出推荐，然后由ICTV常务委员会决定哪一个候选名是可以接受的。（17）当某一分类阶元建议缺少适当的名称时，这一分类阶元仍然可以被批准，其待定名将保留至有一个建议名称ICTV接受为止。（18）由于所选用的病毒名称完全或部分不隐含分类阶元的任何意义，这样就会出现下列不同的情形：①一些病毒因名称或缺少描述特征而从表面上看是排斥在该分类阶元中，但它们却是这一已命名的分类阶元成员；②一些迄今尚未描述的病毒似乎是排斥在该分类阶元中，但它们却可能属于这一已命名的分类阶元；③一些病毒表面上看来是属于这一分类阶元，但它们却又是其他不同分类阶元的成员。（19）新分类阶元名称的选用应考虑国家或地区敏感性的问题，当一些名称已被病毒学工作者在公开出版物上广为使用时，该名称或其派生名称应该是命名的优先选择，而不应该考虑这一名称源自哪一个国家。（20）名称的改变、新名称以及分类阶元的设立和分类阶元的排列的建议应该正式提交给ICTV常务委员会，在作出决定之前，ICTV下属委员会和研究小组应该进行充分协商。（三）关于种的规则（21）病毒种是指构成一个复制谱系(replicatinglineage)，占据一个特定小生境（ecologicalniche），具有多原则分类(polytheticclass)特性的病毒。（22）当ICTV下属委员会不能肯定某一个新种的分类地位，或不能将这一新种确定在已设定的属中时，新种会作为暂定种(tentativespecies)列在适当的属或科中，按一般分类而言，暂定种的名称不应该与已批准的名称重复，选择不相似或不相近于现在和不久前一直使用的名称。（23）种名由少数几个有实际意义的词组成，但不应该只是由宿主名加“virus”构成。（24）种名必须赋予种恰如其分的鉴别特征。（25）数字、字母或其组合已经广泛用作种的形容词，然而新指定的编号、字母或其组合不再单独作为种的形容词。现存的数字或字母名称仍可以继续保留。（四）属的规则（26）属是一群具有某些共同特性的种。（27）属名的词尾是“…virus”。（28）一个承认的新属必须有一个同时被承认代表种(typespecies)。（五）亚科的规则（29）亚科是一群具有某些共同特性的种。这一分类阶元只在需要解决复杂分类阶元问题时使用。（30）亚科名的词尾是“…virinae”。（六）科的规则（31）科是一群具有某些共同特征的属（无论这些属是否构成亚科）。（32）科名的词尾是“…viride”。（七）目的规则（33）目是一群具有某些共同特征的科。（34）目名的词尾是“…virales”。（八）亚病毒感染因子的规则（35）有关病毒分类的规则也适用于类病毒（viroids）分类。（36）类病毒种的词尾是“viroid”，属的词尾为“-viroid”，亚科的词尾是“-viroinae”（只用于需要这一分类阶元时），科的词尾是“-viroidae”。（37）逆转座子（retrotransposons）在分类和命名中被考虑作为病毒。（38）卫星和朊病毒不是按病毒分类，而是采用任意分类（arbitraryclassification），并且这种任意分类对专门领域的研究工作者是有用的。（九）书写规则（39）在正式使用场合，病毒目、科、亚科、属的接受名（acceptedname）一律用斜体打印，名称的第一个字母要大写。（40）种名用斜体打印，第一个词的首字母要大写，除了是专有名词（propernoun）外，其他词首字母一律大写。（41）在正式使用场合，分类阶元名称应放在分类阶元术语前。如，各分类单元正式的描述是…Reovirideae(科)，…Phytoreovirus(属),…woundtumorvirus（种）等。病毒分类的原理:稳定性、实用性、认可性和灵活性。1.稳定性是指病毒名称及其隶属关系一旦确定下来，就应该尽可能的保留。2.实用性是指病毒分类体制应该对病毒学研究领域是有用的。3.认可性是指病毒分类阶元和名称应该为病毒学研究者乐意接受和使用。4.灵活性是指病毒分类阶元可以依据某些新发现而进行重新修订和再确定。●依据：主要以病毒粒子特性、抗原性质和病毒生物学特性等作为依据。病毒粒子特性：①病毒形态：如大小、形状、包膜和包膜突起的有无，衣壳结构及其对称性；②病毒生理生化和物理性质：如分子量，沉降系数，浮力密度，病毒粒子在不同pH、温度、Mg2+、Mn2+、变性剂、辐射中的稳定性；③病毒基因组，如基因组结构、大小、核酸类型、单双链、线状或环状，正负链，G+C所占的比例、核苷酸序列等；④病毒蛋白，如结构蛋白和非结构蛋白的数量，大小以及功能和活性，氨基酸序列等；⑤病毒脂类含量和特性；⑥碳水化合物含量和特性；⑦病毒基因组组成和复制。病毒抗原性质：包括病毒血清学性质与其抗原的关系。病毒生物学特性：包括病毒天然的宿主范围；病毒在自然状态下的传播与媒介体的关系；病毒的地理分布，致病机理，组织嗜亲性，传播方式病毒引起的病理和组织病理学特点。已分类的目：有尾噬菌体目单分子负链RNA病毒目博尔纳病毒科(Bornaviridae)弹状病毒科（Rhabdoviridae）丝状病毒科(Filoviridae)副粘病毒科(Paramyxoviridae)套病毒目冠状病毒科(Coronaviridae)动脉炎病毒科(Arteriviridae)杆状套病毒科(Roniviridae)类微RNA病毒超级科亚病毒传染因子：类病毒卫星核酸朊毒复习题：病毒分类及命名的国际机构是什么？英文全称及缩写？最新的一次病毒分类报告是什么时候提出的，现有的病毒种类约多少种？病毒按照基因组成分可以划分为哪几类？病毒的分类和命名介绍图示自从1898年贝杰林克（Beijerinck）首次提出“病毒”的概念以来，已经过去