重建系统发育树(PAUP的ML法和贝叶斯法)

重建系统发育树(PAUP的ML法和贝叶斯法)1多重序列比对将待比对的序列以fasta格式保存,利用clustalx2.1或MEGA中的clustalW软件进行多序列比对｡2保守区的选择将1得到的序列提交Gblock在线服务器(=gblocks),得到保守区的序列.fasta,并通过MEGA软件将其转换为.nex;3核苷酸替换饱和度检测用DAMBE软件验证替换饱和｡只要比较ISS和ISS.c值大小及显著与否,即可｡当ISS小于ISS.c且p=0.0000(极显著),就说明没序列替换未饱和,可以建树｡4核苷酸替换模型的选择在进行系统发育分析过程中,建树序列的进化模型选择是至关重要的一步,尤其对进化模型敏感的ML法和BI法｡通过MrMTgui软件选择核酸替代模型｡4.1安装PAUP､ModelTest(或MrModelTest)软件,然后再安装MrMTgui软件｡配置MrMTgui,分别设置PAUP､ModelTest和MrModelTest路径｡4.2运行PAUP点击RunPaup,选择2中.nex文件｡当模型参数值计算完毕,程序会提示是否立即启动分析,选择“否”,先保存scores文件｡然后选择,运行MrModeltest,就得到模型数据了｡一种是基于hLRT标准选择的模型,另一种是基于AIC标准选择的模型,一般选择AIC标准｡4.3添加模型参数,添加到建树的文件.nex｡5使用PAUP软件重建ML树（运行时间较长）将用AIC标准选择的模型参数直接拷贝到Nexus文件的最后｡参数设置:setcriterion=likelihood转化为似然法｡outgroup12…….设定外类群bootstrapnreps=1000keepall=yesbrlens=yes此命令设定循环次数为1000次(具体次数可根据实际情况自定),保存枝长｡describetrees1/plot=bothbrlens=yes此命令设定了描述树的方式,即phylogram和cladogram均显示,显示枝长｡最后用savetreesfrom=1to=1000保存树｡6贝叶斯树6.1在Nexus文件的最后加入一个MrBayesblock｡(MEGA输出Nexus格式文件不能被Mrbayes识别,因此要进行修改)格式修改前：格式修改后：6.2运行mrbayes.exe,在命令行界面中输入转换或者修改的Nexus文件,点击回车,最后生成*.tre,即最终的BI树｡用Figtree查看生成.tre在运行1000代后都会显示Averagestandarddeviationofsplitfrequencies｡注：当这个值0.01时,说明两次运行的结果差异显著,Convergence已经达到,这时可以输入no终止运行;这个值0.05也可以,但不能0.05。