haploview安装使用说明

Haploview安装使用说明131017•Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能：•1.连锁不平衡与单倍型分析•2.单倍型人群频率估算•3.SNP与单倍型关系分析•4.相互关系的排列测验•5.可以从HapMap上直接下载基因型信息Part1安装•1、软件：•1）Haploview必须在JAVA环境下才能运行，因此在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA”•2）java安装完之后需要改变环境变量Java_home变量：C:\ProgramFiles(x86)\Java\jre6Classpath变量：C:\ProgramFiles(x86)\Java\jre6\lib\dt.jar;C:\ProgramFiles(x86)\Java\jre6\lib\tools.jar;C:\ProgramFiles(x86)\Java\jre6\binPath变量：C:\ProgramFiles(x86)\Java\jre6\bin•3）检验java环境是否安装完成•开始-运行-键入“cmd”•键入命令java_version,java,javac几个命令，出现画面，说明环境变量配置成功•4）安装haploview软件2、haploview使用1）寻找tagsnp进入hapmap：表示该基因所以snp的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白——红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。2)连锁不平衡和单倍体分析•Datafile需要输入的数据格式要求6列•1列：家系的ID，如果你分析的是无关个体，建议用自然序号1,2,3….来替代。•2列：个体的ID，做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复•3列，4列：分别表示父亲的ID、母亲的ID，做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。•5列：个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。•6列：个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。•7列之后，每两列代表一个SNP位点，由于不能识别A/C/G/T，只能用数字表示：1代表碱基A；2代表碱基C；3代表碱基G；4代表碱基T。缺失数据用0表示。在excel表格中整理的有关myd88的snp数据，将其copy至txt文档中，将txt文档命名为Myd88.txt——之后更改扩展名为myd88.ped整理myd88有关snp位点，以及snp位点的position将其copy至txt文档，命名为myd88.info•Case-control