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Diamond软件中尿素晶体孔道结构的搭建怀化学院陈万平2012-11-41.打开diamond软件，在初始界面中利用“openafile”直接导入尿素的cif晶体结构数据文档，一直点击下一步，最后直接点击完成。2.同时点击Ctrl+A，然后点击Delt，删除所有原子。也可通过选择build→destroy→all删除所有原子。3.build→getmolecule→ok直接得到一个尿素分子。4.picture→atomdesigns→可更改原子颜色及相关参数5.build→fill→unitcell搭建单元胞6.build→connectatoms键联成键原子7.build→fill→supercell→选择2×2×2cells超晶胞搭建超晶胞便于后面更好的体现尿素的结构特点8.picture→hide→hideallcelledges隐藏所有晶胞棱线9.build→connectsatoms键联所有成键原子10.build→getmolecules→completeallfragments→ok补充完善所有的碎片结构11.build→createH-bonds→D-max设置为2.4，→Rangeforangle中Max设置为180。可改变最大值的数值，观看氢键的数量和合理性12.tool→measuredistances可以测量原子间的距离，可看看不同氢键的长短13.picture→viewingdirection设置观察方向，可从三个轴向、不同晶向、晶面观察14.move→rotatealong/x,y手工调整方向，便于观察15.picture→viewingdircetion→选择c方向，然后选择图片中间位置，同一个四方形中对角的两个氧原子(按ctrl然后依次点击对角的两个氧原子，如下图)16.structure→insertatom→ok在两个氧原子的中心位置插入哑原子/虚拟原子17.picture→viewingdircetion→勾选oppositedirection同时选择c方向→close，然后选择图片中间位置，同一个四方形中对角的两个氧原子18.structure→insertatom→ok插入另一个哑原子(此时在上一个哑原子的反背方向上生成另一个哑原子)19.move→rotatealong/x,y手工调整方向，便于同时观察到两个哑原子20.build→insertbonds→分别点击两个哑原子，实现键联哑原子21.picture→atomsedit→设计、编辑哑原子？表示哑原子22.picture→bondsedit→设计、编辑哑原子之间的键，？-？表示23.file→saveas→根据目的，进行不同的保存，如savegraphicsas可保存为bmp，gif，tif等图片格式。注意：相关操作可利用相应快捷键实现Jade软件的入门简介1、软件的安装安装jade6。如需导入pdf2-2004数据库，用写字板方式打开jade6.reg，把owner=administrator，User=administrator中的administrator改成你电脑登陆名(用户名)。双击运行。打开jade软件，在主窗口中PDF/setup第一行中搜寻到pdf2-2004中的pdf2.dat,点击selectall，create，导入数据。2、测试数据的导入Jade主窗口下拉菜单File/pattern，在打开的对话框中选择要导入的数据，然后按read或add。试试二者有何不同。3、认识基本操作常用工具栏寻峰打印预览导入数据峰形拟合平滑扣除背底物相检索查PDF卡片寻峰打印预览导入数据峰形拟合平滑扣除背底物相检索查PDF卡片请依次左键单击：物相检索→扣除背底(两次单击)→平滑→寻峰→峰形拟合，观察XRD谱的变化情况。上述工具栏都可右击改变操作的相关参数。可试着改变一下再左击看看图谱变化。物相检索左击后，出来一个对话框，从中找出最有可能的物相，勾选后点击右上角返回主窗口。也可先右击设置物相检索的参数，提高搜索效率和针对性。手动工具栏计算峰面积局部放大增删峰Ka2扣除手动寻峰编辑背景线手动拟合计算峰面积局部放大增删峰Ka2扣除手动寻峰编辑背景线手动拟合通常在使用常用工具栏时结合使用手动工具栏，以便于更好的进行相关操作。如在左击一次“扣除背底”后，接着左击“编辑背景线”，此时把光标移动到XRD谱的下方，在黄实线上的红圆点上按下鼠标左键并上下移动来编辑实际的背景高低。再左击一次“扣除背底”观察变化。又如左击一次“寻峰”后，接着左击“增删峰”，移动光标到XRD谱的某个峰下，右击取消寻峰，再左击再次选中该峰。图谱显示操作File/pattern/read或add测试数据后，请依次点击(先左击再右击)放大窗口右下角的工具按钮，观察图谱变化。寻峰或物相检索后，请依次点击(先左击再右击)放大窗口右下角的工具按钮，观察图谱变化。4、计算点阵常数File/pattern/read,重新读入数据；依次进行：物相检索→扣除背底(两次单击)→平滑→寻峰→峰形拟合操作；Option/cellrefinement打开晶胞精修对话框，点击Refine观察对话框中abc值的变化，并点击Export导出精修数据。如不能精修，通过手动工具栏，增删寻峰数目，再进行精修。5、显示打印或导出报告文件如果安装了某类打印机驱动程序，相关操作(物相搜索)后，右击“打印预览”，出现打印预览窗口，通过setup等可进行相关设置，并保存文件。请试着点击相关按钮，并观察变化或进行相关设置。相关操作，如寻峰，物相搜索，峰形拟合后，可在菜单栏中Report/的下拉菜单中导出相关报告内容。6、其他操作在活动窗口，相关操作后，右击鼠标，可改变显示范围或删除相关显示。进一步熟悉软件请参看黄继武老师编写的教程或者查看软件的Help菜单。陈万平怀化学院2012-11-4