GraphPadPrism实用解读介绍

《GraphPadPrism5》(仅供内部学习交流)孙世光[e-mail]:155104651SecondAffiliatedHospital,sdutcm《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm目录前言..................................1一．操作界面简介......................2二．柱形图制作........................4三．T检验及方差分析...................7四．量效曲线.........................10《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm1前言GraphPadPrism集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体，虽然在数据统计分析方面的功能不如SAS、SPSS强大，但是其所具有的功能均非常实用和精炼，包括ROC曲线分析、Bland-Altman分析等；另外，曲线拟合功能是GraphPadPrism超越其他统计软件的制胜法宝，GraphPadPrism的线性\非线性拟合功能使用操作极其方便，不仅内置了常见的回归模型，还专门内置了RadioligandBinding,BacterialGrowth,量效曲线，峰拟合等数十个生物统计模块；GraphPadPrism的绘图功能也很具特色，无需专门绘制统计图形，只要输入数据，图表自动生成且随数据改变及时更新（word相衔接）；可以说GraphPadPrism当之无愧为非线性拟合的高手。当前发现关于GraphPadPrism的中文使用说明较少，本人结合自己初次使用的经验以及自己对认为熟悉版块的理解，对GraphPadPrism的使用进行略微的讲解，以期使其为广大同仁朋友所熟悉、接受做一点事情。本文除了结合dxy、emuch各位广大同仁朋友的交流贴，还主要参考《GraphPadPrismExamples》、《GraphPadPrismRegressionBook》、《GraphPadPrismStatisticsGuide》、《GraphPadPrismUser'sGuide》，对于想深入了解学习其使用方法的，推荐上述资料。因为个人才疏学浅，对很多东西的理解可能会有偏颇，期望能交流指正、共同进步（欢迎在论坛或者以其他方式联系交流）。孙世光于济南2009-12-30《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm2一．操作界面简介1-2.关于Prism使用的video以及新打开数据库。3-7.重点数据处理操作方法。（黄框界定适用的统计方法）XY:回归、相关、AUCColumn:t检验、单因素方差分析Grouped:双因素方差分析Contingency:卡方检验、相对危险度Survival:生存分析注意黄框：AviablesAnalyses①一组仅仅一个Y值②可选择一组Y值个数及plot显示格式③非原始数据形式，可选择格式1,23…78…11《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm3①一组仅仅一个Y值②每组3个Y值③MeansSDN《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm48-11.历史操作，可以借鉴选择使用二．柱形图制作进行统计处理前，先要明白两个基本的统计问题：①区分因素variables与水平levels；②Prism统计数据格式与SAS、SPSSS统计软件数据格式的区别Prism统计数据格式SASSPSS统计数据格式《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm5重复测量方差分析及非参数分析需要原始数据。我这里的数据不是原始数据，是means&SD，所以无法进行。但是，如果仅仅需要柱形图，则不需要进行分析，Graphs项下即可见到。【Twovariables】Time（2levels）：ControlBXD-TreatmentOpen-fieldtest（3levels）：CrossedRearingTotal《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm6【数据转置转换标准化】①②《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm7三．T检验及方差分析进行统计处理前，先处理清楚三个问题：①判断数据是否符合正态分布/是否是重复测量数据？②t检验twogroupsGroupedbyonefactor(One-wayANOVA)方差分析twogroupsGroupedbytwofactors(Two-wayANOVA)③常见的统计方法Dunnett:其他组与空白组比较Tukey:各组间比较，强烈推荐使用Newman-Keuls:各组比较不推荐Bonferronic:各组比较不推荐Testforlineartrend:变量序列比较，增长或降低由左到右等变化《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm8t检验《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm9单因素方差分析《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm10四．量效曲线A:激动剂；I:拮抗剂；R:受体；AnR:激动剂复合物；InR:拮抗剂复合物；E:生理效应InRnI+R+nAAnR→E[InR][I]n[R][A]n[AnR]KiKaKa=----------=----------[A]n[R][AnR][A]nPRPAnRKi=----------=----------[I]n[R][I]nPRPInR[InR]PR+PAnR=1PR+PAnR+PInR=1PAnR=----------=----------[A]n+Ka[A]n11+EC50[A]n------=----------=----------[IC50]n+[I][IC50]n11+[I]IC50nP+IAnRPAnR[IC50]n=1+[A]nKaKi区分饱和曲线方程及抑制曲线方程《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm11注意原始数据格式原始数据格式转换《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm12选择合适量效关系饱和方程量效关系饱和方程参数：EC50Hill《GraphPadPrism5》S.G.SUNSecondAffiliatedHospital,sdutcm13(待续)