Markush Structure检索方法介绍

MarkushStructure檢索方法介紹嚴佳琳2002年11月12日2Markush由來1923年EugeneA.Markush申請一篇主題為『PYRAZOLONEDYEANDPROCESSOFMAKINGTHESAME』的專利，談到關於製備能應用羊毛和蠶絲的pyrazolone染料。其Claim1如下：–Theprocessforthemanufactureofdyeswhichcomprisescouplingwithahalogen-substituedpyrazolone,adiazotizedunsulphonatedmaterialselectedformthegroupconsistingofaniline,homologuesofanilineandhalogensubstitutionproductsofaniline.本專利申請案在1924年獲准專利號為US1,506,3163R1R2R1=H,Br,Cl,IR2=Br,Cl,I,CHhalogen,CH3CH2halogen,MarkushStucture的範例R1有4種變化，R2有11種變化，所以上述的這一個MarkushStructure，就可代表44種(R1R2=411=44)不同的化合物。這一群化合物，我們可稱其為族性結構由此可知，若結構上的可變性稍多一些，一個MarkushStructure可代表上千種結構。四種變化-CH2-Br,-CH2-Cl,-CH2-F,-CH2-I,Br,Cl,F,I四種變化4Markush定義Markush可用以表示：具有某種程度的特定化學構造要素所組成的一群物質、取代基、試劑、反應物或其它化學構造要素。這些特定的化學構造要素可以是–一個元素–一個化學結構–一個官能基–一類的化學結構(如alkyoraryl)–一類的官能基(如ester)5MarkushStucture的重要性在新藥研發需大量資金投入，研發費用常會高達數億美元，極需專利的保護。專利中以MarkushStucture表示有下列好處：–擴大專利保護的範圍，例如衍生物–隱含真正有療效的化合物6MarkushStructure的特色在專利中的MarkushStructure可以利用單一的請求項(claim)，來描述任一不同的化學物質群。在MarkushStructure的專利中，本發明的相關化合物都會受到保護，而且允許發明者不一定需要對每一個可能的化合物進行製備或測試，其中會隱含發明者真正發明的化合物結構。7檢索MarkushStucture的方法Lynch等人在1980年代開始進行利用電腦儲存及取出專利中族性化學結構的研究。目前被廣泛應用的兩種檢索方法ChemicalAbstractsService推出利用族性描述的專利結構檢索系統MARPAT。利用結構代碼的藥物專利檢索系統Markush-DARC。8第一篇發明專利審查基準第三章說明書之『獨立項』–以馬庫西形式（MarkushClaim）等之擇一形式所記載的獨立項：–就申請專利發明之構成上不可或缺的事項有二個以上之選擇項目，且此等選擇項目間具有類似的性質或功能時，可以馬庫西形式等之擇一形式，將此等選擇項目記載於單一之獨立項內。9MarkushClaim採用馬庫西形式等之擇一形式，若係有關化學物質之記載者，如符合以下要件時，即視為彼此具有類似的性質或功能。(i)所有選擇項目有共同的性質或活性，且(ii)存在有共同的化學構造，亦即「所有選擇項目共有重要的化學構造要素」，或若共同的化學構造無判斷基準時，則所有的選擇項目被認為屬於熟習該發明技術領域之人士「所認識之任一化學物質群」。10所有選擇項目共有重要的化學構造要素上述(ii)(a)中之「所有選擇項目共有重要的化學構造要素」，係指具有占該化學構造大部分之共同的化學構造之情形而言。此外，對化學物質僅共有該化學構造之少許部分之情形時，則指該共有的化學構造由先前技術得知，屬構造上構成顯著的部分之情形而言。化學構造要素可以是單獨之一部分，亦可以是有相互關聯的各個部分之組合。11所認識之任一化學物質群上述(ii)(b)之「所認識之任一化學物質群」，係指在獨立項所記載的發明下，由該技術領域之知識，可預想出或許有相同作用之化學物質群而言。換言之，即屬於此化學物質群之多項化學物質，皆可相互替代而獲致相同結果。12MARPAT資料範圍自1988年起迄今，被CA收錄的專利請求項中具有MarkushStructure者。含33國專利、EPO、WIPO，Russian專利自2000年1月10日起開始被收錄。本資料庫中並不包含Alloys,metaloxides,inorganicsalts,intermetalics,polymers目前有164,645筆資料(1/02)、461,520個MarkushStructure(1/02)13MARPAT資料格式包括該筆專利的書目資料、專利家族、摘要、引用文獻、含CASNo.的索引(indexterm)，這個部份的資料與CAPLUS完全相同，但只能印出，無法檢索。結構部份則可進行結構檢索(CAPLUS不能進行結構檢索)印出MARPAT資料格式時，通常會印出符合結構檢索策略的結構及該專利的書目、專利家族、摘要等資料。14MARPAT和REGISTRY比較相同處–均可利用結構進行檢索相異處–REGISTRY僅能找到有CASNo.的化合物，找文獻還要進入CAPLUS資料庫。–MARPAT可利用結構比對的方式，找出含有與檢索策略符合結構的文獻，不受到該結構是否有CASNo.的限制。MARPAT強處–要確認該化合物是否可申請專利，強烈的建議您一定要在MARPAT確認。15CASLINK結構檢索時，利用CASLINK，可讓您同時在下列資料庫進行檢索，並可刪除重覆性的文獻。–REGISTRY–MARPAT,MARPATprev–CAPLUS(主要是將REGISTRY找到的資料再轉入CAPLUS查詢)如果要查詢的化合物很特別，希望申請專利，則不一定要使用CASLINK16範例演練透過範例的演練，讓您實際體驗：結構檢索的威力MARPAT的超強威力17範例一查詢治療頭痛的新藥18類似Sumatriptan結構的新藥我們已知有一種Sumatriptan的藥物可緩解急性偏頭痛，我們想要知道如下圖和Sumatriptan類似結構的化合物，是否有相關文獻資料，以作為設計新藥的參考？(排除Sumatriptan的鹽類及混合物)19Sumatriptan簡介Sumatriptan(商品名ImigranR)是近年來用於緩解急性偏頭痛症狀的新一類藥物，臨床適應症係用於緩解有明確診斷之有先兆或無先兆性偏頭痛。其結構為NMe2MeNHCH2CH2NHCH2SOO201.找SUMATRIPTAN資料=FILEREG=ESUMATRIPTAN/CN5E11SUMATRAGUMBENZOIN/CNE21SUMATRAYELLOWX1940/CNE31--SUMATRIPTAN/CNE41SUMATRIPTANHEMISUCCINATE/CNE51SUMATRIPTANHEMISULFATE/CN=SE3L11SUMATRIPTAN/CN=DRN,CN,STR21L1ANSWER1OF1REGISTRYCOPYRIGHT2002ACSRN103628-46-2REGISTRYCN1H-Indole-5-methanesulfonamide,3-[2-(dimethylamino)ethyl]-N-methyl-(9CI)(CAINDEXNAME)OTHERNAMES:CN3-[2-(Dimethylamino)ethyl]-N-methyl-1H-indole-5-methanesulfonamideCNGR43175CNGR43175XCNSumatriptanNMe2MeNHCH2CH2NHCH2SOO**PROPERTYDATAAVAILABLEINTHE'PROP'FORMAT**2.印出SUMATRIPTAN資料將游標移到化學結構上，按下滑鼠右鍵，依指示及可將結構轉入StructureDrawing。223.SUMATRIPTAN相關化合選取由上列資料知道SUMATRIPTAN之CASNo.為103628-46-2，要找SUMATRIPTAN相關化合物加上/CRN=S103628-46-2/RN,CRN1103628-46-2/RN23103628-46-2/CRNL224103628-46-2/RN,CRN=SELRNL21-[選取共24個CASNO.備用]E1THROUGHE24ASSIGNED=LOGH[暫時離線,60分鐘內連線可回到目前狀態]234.修改下載的結構下載的結構進行結構修正245.重新定義結構進行結構定義–這4個Ak無不飽合鍵，且其C數少於7這兩端的Ak會有1個非H的鍵結結構中間的Ak會有2個非H的鍵結256.重新上載新的結構=UploadingC:\ProgramFiles\stnexp\Queries\mar1.str=DL3L3HASNOANSWERSL3STRNOAkNHSAkAkNAkO267.使用CASLINK進行檢索=FILECASLINK=SL3SSSSAMSL3SSSSAMFILE=REGISTRYL41SEASSSSAML3SL4SSSSAMFILE=MARPATL50SEASSSSAML3=SL3SSSFUL[以下作業均為系統自動執行]SL3SSSFULFILE=REGISTRYL675SEASSSFULL3SL6SSSFULFILE=MARPAT100.0%PROCESSED10543ITERATIONS(1INCOMPLETE)20ANSWERSL720SEASSSFULL3SL7SSSFULFILE=MARPATPREVL80SEASSSFULL3SL6FILE=CAPLUSL9729FILECAPLUSDUPREML8L7L9[移除重覆的資料]L10739DUPREML8L7L9(10DUPLICATESREMOVED)ANSWERS'1-20'FROMFILEMARPATANSWERS'21-739'FROMFILECAPLUS278.刪除含SUMATRIPTAN之資料=SL10NOTE1-E24[以下作業均為系統自動執行]SL9NOTE1-E24FILE=CAPLUSL119FILECAPLUSSL7NOTE1-E24FILE=CAPLUSL1212FILECAPLUSSL8NOTE1-E24FILE=CAPLUSL130FILECAPLUSSL12ANDL7FILE=MARPATL1412FILEMARPATSL13ANDL8FILE=MARPATPREVL150FILEMARPATPREVDUPREML15L14L11L1619DUPREML15L14L11(2DUPLICATESREMOVED)ANSWERS'1-12'FROMFILEMARPATANSWERS'13-19'FROMFILECAPLUS289.合併MARPAT及CAPLUS資料=SL10NOTE1-E24=SL7/COMANDL14FILE=MARPAT[COM為complete，只取MARPAT中比對完全的資料]請參考第15頁L1711FILEMARPAT=DUPREML11L17[移除MARPAT和CAPLUS中重覆的資料]PROCESSINGCOMPLETEDFORL11PROCESSINGCOMPLETEDFORL17L1818DUPREML11L17(2DUPLICATESREMOVED)ANSWERS'1-9'FROMFILECAPLUSANSWERS'10-18'FROMFILEMARPAT=SAVETEMPL18MAR1/A[暫存檢索的結果，7天內可再使用]ANSWERSETL18HASBEENSA