化学编辑排版和分子模拟计算.ppt

第二章化学编辑排版和分子模拟计算主要内容第一部分：化学结构绘制软件ChemWin1.ChemWin简介2.键、环、箭头箭头工具3.编辑工具、原子标记、轨道、组合工具、菜单命令等第二部分：集成化学软件桌面系统ChemOffice1.ChemDraw2.Chem3D3.ChemFinder第三部分：数学公式及长篇文章排版1.Mathtype2.长篇文章排版第一部分：化学结构绘制软件1.ChemWin简介2.化学键3.环4.箭头在撰写一篇化学论文时，除了文字描述、公式、图表外，化学结构式是少不了的，但目前的文档编辑软件都不具有这一功能，必须借助专门的软件来完成化学结构式的绘制。现在微机上经常使用的绘制分子结构的软件为ChemWindow,CSChemoffice,ISISDraw和ChemSketch等。HyperChem,WebLabViewerPro,ArgusLab和RasMol等可用于绘制或浏览3D分子结构。化学相关实用软件简介（1）化学结构式的绘制大多数的化学结构式绘制软件还具有显示3D结构的功能，象Chemoffice和Chemwindows还具备一定的分子性质计算功能，如分子中的键长、键角、偶极矩及各原子上的电荷密度分布等。为更加直观地表示分子的特性提供了便利的工具。当然还有专门用于量子化学计算的软件如：HyperChem、Gauss98win等，可在一些著名的国内院校FTP服务器上下载试用，若要用于文章发表，必须用正版软件，否则侵权。（1）化学结构式的绘制仅就化学结构式的绘制而言，各软件的功能大同小异，差别主要体现在软件提供给用户可用的结构式模板的多少，因为模板可为用户绘制复杂结构式提供便利。如各类氨基酸结构的绘制，DNA结构等。这里主要介绍Chemwindow6.0的使用，并与其它类似软件提供简单的说明与比较。（1）化学结构式的绘制Chemwindows6.0简介ChemWindow()常见的有3.05.06.0三个版本，3.0版用于Windows3.0，其它两个版本均可以在Win9x/Win2000下运行，6.0版的安装文件15M左右。安装时要求Windows已安装打印机驱动程序(只安装驱动程序即可，不必非得有打印机)，安装步骤与一般Windows程序类似。安装后即可运行。程序打开后，窗口界面与一般Win9x的软件相似，依次包括菜单栏、工具栏和文档区。工具栏提供了许多常用的化学分子及化学键，使用时用鼠标点一下工具栏中所需的工具，移动鼠标到编辑区后，鼠标指针变为“+”，在合适位置点击鼠标，则分子结构式就会出现，使用非常方便。ChemWindow6.0还支持Windows剪贴板，所有结构式可以方便地以对象形式剪贴到Word文档中，而当要进行修改时，只需在Word文档中双击结构式，即可打开ChemWindow进行修改。下面我们就从工具栏开始按功能分类介绍ChemWindow6.0软件的使用方法和技巧。Chemwindows6.0工具栏ChemWindow6.0更改了工具栏的形式，使其与Windows95的风格统一，同时提供了更多的工具按钮以及增加了工具栏选择的自由度。View菜单中可以设置显示哪些工具栏，用户可以根据自己的需要显示或掩藏工具栏。鼠标单击带有右红三角的工具按钮,可以打开选择工具栏，选择某工具后则显示该工具的按钮(按钮不变，从这里可以选定模板)。在工作区单击鼠标右键，可以直接打开选择工具栏：Chemwindows6.0工具栏1)常用工具栏(StandardTools)：提供了选择、套索、化学标记、键、环、模板以及可选择工具按钮：2)自定义工具栏(CustomPalette)：提供可选择工具按钮：3)命令工具栏(Commands)：提供保存、打印、编辑及一些图形关系操作按钮Chemwindows6.0工具栏4)键工具栏(Bondtools)：提供化学键按钮5)图形工具栏(GraphicTools)：提供文字、表格、箭头和自由绘图工具等按钮6)轨道工具栏(OrbitalTools)：提供各种轨道图形按钮Chemwindows6.0工具栏7)其它工具栏(OtherTools)：提供板擦、环、长链等工具按钮8)反应工具栏(ReactionTools)：提供反应箭头工具按钮9)符号工具栏(SymbolTools)：提供电荷、自由基和其它符号标记按钮10)模板工具栏(TempleteTools)：提供一些模板按钮Chemwindows6.0工具栏11)格式工条(StyleBar)：提供分子结构样式、字体、字号、颜色以及其它格式按钮12)图形格式条(GraphicsStyleBar)：提供图形样式按钮13)缩放工具条(ZoomBar)：提供缩放工具按钮化学键的绘制与键有关的工具1)单键()A.共同性质a)单击鼠标左键新产生的键将出现在能量最低的方向，单独的键将出现在水平方向。b)采用拉伸的方式产生键，同时按住Shift键则产生任意长的键，按住Ctrl键则可至任意方向，在初始点结束则取消。化学键的绘制c)键端可以用周期表或用键盘快捷输入，一些键盘快捷键为：b=Br,c=C,f=F,h=H,l=Cl,n=N,o=O,p=P,s=S；空格=不标记的C；其它快捷键请参考help文件。集团上的氢数自动给出，多次按键则给出不同氢原子数的集团。如按n则依次给出NH2,N,NH。另外也可自己设置快捷键(Other:EditHotKeys)。d)鼠标左击键中央可以在各种键型之间可以互换。化学键的绘制B.特殊性质b)按住Alt键单击则产生短线双键。c)鼠标移到键中央，产生黑块后按住鼠标左键左右/上下拖动，可改变键的状态。d)单击键中央可以改变键方向。化学键的绘制2)双键、多重键及长链()a)鼠标左键单击键中央转换为短双键；短双键单击可以改变短键的位置；鼠标移到键中央按住鼠标左键左右拖动，可改变双键的宽度；上下拖动改变短键的长短。化学键的绘制b)按住鼠标左键拖动可以产生长链多键，右方数字代表键的个数，松开鼠标则确定。同时按Shift键为任意键长；按Ctrl键为任意方向；按Alt键为不饱和双键长链。c)其它双键和多重键，使用方法与短双键使用相同。与环有关的工具1)饱和环a)只划一个环时：单击鼠标左键，水平方向上产生一个环；按住鼠标拖动可翻转，至所需方向松开鼠标即可得到所要方向的环。按Shift键为不同键长；按Alt键加不饱和环。b)与其它原子相连：单击某原子，将原子与新划环以单键连接；按住某原子拖动，至所需方向松开鼠标得到与原子直接连接的环；单击欲连接的键中央：粘贴产生稠环。与环有关的工具2)不饱和环：与饱和环有相同操作，不同处为鼠标在环中心单击可以加共轭环拖动环可以改变环大小3)其它环：分类提供一些分子：Aromatics、Bicyclics、Conformers、Cycloalkanes、Polyhedra和Templetes。与环有关的工具与划箭头有关的工具1)反应式箭头()a)单击产生水平箭头b)拖动，可以产生各方向箭头；如拖动回原点，可改变箭头类型c)(双线箭头)按住箭头中央黑块拖动，可改变箭头宽度。d)单击箭头中央，可以改变箭头种类，同型方向等。e)按Shift键，拖动鼠标可以改变箭头长度f)拖动鼠标可产生90度箭头，单击端点可改变箭头类型、拖动端点可改变两端的长度和方向，按Shift键拖动箭头的各端点可改变箭头形状，其操作与弯箭头类似。2)机理及电子转移箭头(bézier)与划箭头有关的工具与划箭头有关的工具a)通过拖动鼠标划出弯箭头。b)拖动鼠标时回通过原点可以使弯箭头翻转。c)刚划的弯箭头有两个方框，可以通过调整方框的位置改变曲线的形状，也可以拖动箭头的首尾改变箭头的形状。d)单击箭头两端可以改变箭头的类型。e)按Shift键，在箭头上的箭头点和2个箭头的侧翼点拖动鼠标可改变箭头的形状。f)欲改变箭头，单击箭头可以激活。与划箭头有关的工具3)园或园弧及相应箭头工具()使用此工具可以画实或虚线的圆、椭圆、圆弧、椭圆弧及相应带箭头的弧。a)鼠标选择工具后，在文档中用拖动的方式可以产生相应大小的圆，如按Shift键，则产生椭圆。b)移动圆/椭圆可用拖动其圆心的方式完成。c)在画好的圆或椭圆内拖动鼠标，则产生相应的弧箭头；d)拖动弧的两端，可改变弧长；e)单击弧箭头，可改变箭头的式样；f)按Shift键拖动箭头的两翼，可改变箭头的大小及式样。1)化学符号标记()化学符号标记（）和文字说明Caption()a)单击要加的位置，产生插入符，输入原子或基团的名称即可。b)以取代基形式插入(按Shift键可以改变键长)c)直接在空位输入分子式。如H2SO4。d)可以改变键级：单击键中部可以改变为双键或三键，按住Alt键后单击可以加为短双键，再次单击可以改变短键的位置。e)编辑已标记的内容：鼠标选中后单击欲编辑的位置即可编辑。课堂作业：以“班级+姓名+日期”为Word文档的名字，提交到本人邮箱1.熟悉所有的键、环、箭头的画法2.绘制下列方程式：OOOOPdPdOOOOH2O,KPF6PdONO2ONO22(PF6)2NNNNNN2)文字说明Caption()化学符号标记（）和文字说明Caption()可以在图形中加文字说明，可以使用各种字体(包括中文)，也可以使用Windows支持的所有符号。该说明文字可以是普通文本、粗体或斜体，也可以使用Formular格式，字体和样式等可以在菜单上选择。编辑方式与Word相似。注意不可用Caption方式加化学标记；该工具所写的文本无法与化学键相连。编辑工具包括对象选择工具()、套索工具()与板擦()，主要用于对象的编辑。1)选择对象工具()鼠标单击某结构的一点，或单击某对象，或者采用拖动鼠标的方式将矩形内的所有对象选择。选择上的对象边缘有8个黑点。如欲选择多个对象可以按住Shift键后选择或用鼠标拖出的方框所包含的对象。编辑工具a)移动：可用鼠标拖动到任意位置或使用键盘上的光标移动键逐点移动。移动过程中如果按Ctrl键则可以复制。b)改变大小和旋转：鼠标选中边上的把手(Handle)后可以水平或垂直放大或缩小；选择角上的把手可以对整个对象放大或缩小；如在选择角上把手时按住Shift键则可水平、垂直方向拉伸；如果选择边上把手时按Shift键则产生旋转标志，可以旋转所选对象；进行以上操作时如按Ctrl键则复制对象。此工具与菜单命令合用，可以改变大小、移动、旋转、复制、删除、改变对象等。编辑工具2)套索工具()使用套索可以复制、删除或移动一个结构的一部分；可以用来移动原子标记而不移动键；可以改变键的前后位置；可以在套索选择的位置加标记。选择：可以用单击选择一个原子或用拖动的方式选择多个原子；按住Shift键可以进行多次选择。a)移动一个或多个原子：使用套索选择一个或多个原子；用鼠标拖动到目标位置(使用键盘方向键可以逐点移动)。编辑工具b)不移动对应的键而移动基团的标记：按Alt键，用套索拖动标记至目标位置(使用键盘方向键可以逐点移动)。c)移动键的前后位置：用套索选择某键，在Arrange菜单中选择BringtoFront/SendtoBack命令可以改变与交迭键的前后位置。d)复制套索所选内容：用套索选定部分结构后，按Ctrl键拖动，可复制选定部分。e)删除套索所选内容：用套索选定部分结构后，按Backspace、Delete或选择Edit菜单中的Clear命令可清除选定部分。f)标记原子：用套索选择后，选择周期表或使用快捷方式标记原子。用空格键除去不想标记的原子。编辑工具g)旋转结构中的一部分：选择点，单击旋转工具或选择Arrange菜单中FreeRotate命令，可用拖的方式旋转结构中的一部分。h)其它功能：套索选择后，可以使用编辑及改变模式命令。i)选择工具也可以用来进行套索操作，其方法是在使用时按Alt键。编辑工具3)板擦()使用板擦可以删除某个原子、化学标记、键以及图形对象等。划框、括号及划线工具1)划框()a)