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藥政處行政院衛生署藥政處為全國藥政法規及藥物查驗登記事項之最高主管。藥物包括藥品及醫療器材，藥政處要確認它們的安全性、有效性及良好品質，以保障一般民眾的使用安全。此外，藥政處亦負責化粧品之管理，為使用之消費者把關。推動醫藥分業、成立財團法人醫藥品查驗中心、設立藥害救濟基金、健全不良反應監視及通報系統、推動「現行藥品優良製造規範(cGMP)」、「原料藥GMP」及國際藥廠GMP相互認證、公告「醫療器材優良製造規範」、「藥品非臨床試驗安全性規範」及「藥品非臨床試驗優良操作規範」、擴大免除國內臨床試驗之品項，並進行法規鬆綁及作業簡化。醫政處一、醫政管理：醫事人員管理、醫事財團法人之管理二、醫療業務管理：醫療事業、醫院診所、緊急救護醫療體系建立、社區心理衛生、醫院評鑑及教學醫院評鑑、醫用物質、醫療設備管理醫療事業廢水、廢棄物處理、人體試驗之審核與督導三、醫療管理制度：醫療體系、醫療服務制度四、醫療人力供需規劃：醫事人力動態分析、醫事人員地理分布、公費醫師之培育、偏遠地區醫療對策、公共衛生醫師及專科醫師培育。五、醫療服務品質之改善：醫事人員繼續教育、專科醫師甄審六、醫療資訊網之建置國民健康局一、國民健康政策之制定及法規研擬事項。二、社區國民健康之規劃及推動事項。三、國民營養之規劃及推動事項。四、癌症防治之規劃及推動事項。五、婦幼健康、優生保健之規劃及推動事項。六、兒童、青少年保健之規劃及推動事項。七、中老年人保健之規劃及推動事項。八、特殊傷病防治之規劃及推動事項。九、其他有關國民健康促進事項。全民健康保險行政體系台灣未來的醫療政策健保改革全民健保在法律上的定位是社會保險制度。保險的精神在互助,是能者幫助不能者,是要每一位國民享有基本的醫療照顧,是不讓國民因病而破產。現今台灣社會大眾往往以社會福利的角度來批評,加以排斥。ForEveryone,NotForEverything.論量計酬的支付制度,導致醫療費用快速上升及醫療品質滑落;偏低的部分負擔(co-payment)導致醫療資源的浪費;健保對大醫院門診與基層診所的給付差異,也造成基層醫療的萎縮。看出制度的不當是很容易的,提出改革的方法也是很簡單的,不幸的是要落實改革措施卻是極端的困難。二代健保(1)基本共識：我們要的是社會保險或是社會福利?要後者就要多繳稅,要前者就要接受有限制的醫療服務。(2)是社會安全制度的一部份,因此不能單獨設計。醫療保健(healthcare)是整個社會經濟活動(macro-economy)的一環。(3)財務穩定是健保永續經營的基本條件;必須考慮民族性、文化性、社會性,是要可以落實的機制。沒有一個國家的制度是一模一樣,也沒有一個制度不隨社會環境的變遷而經常翻修。衛生教育以促進健康(healthpromotion)及預防疾病(diseaseprevention)代替傳統的診斷與治療。以購買「健康」代替購買「治療」,希望慢慢地將「健康歴」(healthrecord)取代病歴(medicalrecord)。國民健康局、地方上的衛生局/衛生所,以及各地方署立醫院的三角夥伴關係,提供新的醫療保健服務模式。醫院方面有衛教門診、教學門診,體能方面會有運動處方,飲食方面有健康餐飲計畫。學校衛生教育有專人專責負責推動。基層醫療因為健保住院給付不近合理,各大醫院互相擴大門診的業務,使得基層醫療受到很大的影響。要扭轉基層的萎縮,不能以限制民眾到大醫院看診的方式達成,而必須從建立民眾對基層診所的信心做起。醫學倫理醫療院所不是市場，病歷不是商品。提振醫學倫理道德，加強醫界自律機制,並促進醫病關係和諧。期待透過闡揚倫理規範，制定守則，督促醫業自律，維護醫業的公平競爭秩序。醫院評鑑強調從病人與其家屬的角度來設計，如過程、結果及品質，以真正保障病人的健康與權益為重點，減少硬體設備競賽、減輕表面的人力結構面之評分分量。傳染病防治建立良好的通報監測系統，加強全民衛教宣導，積極商調人才來支援。衛生署本身的組織與功能的調整署立醫院在台灣醫療史上有其光輝燦爛的一頁，但過去一.二十年，每年給國家帶來相當大的財務負擔。署立醫院除了治療疾病之外，還有一些重要功能：(1)它要執行國家的基本衛生政策，例如公共衛生的推行、衛生教育的落實、社區健康的營造，(2)弱勢團體的照顧；偏遠地區人民的照顧；老弱殘障團體的服務；特殊疾病的照顧；戒煙、戒毒、受刑人之照護；慢性病與精神病患者之服務。短程改革策略方面做好區域聯盟，以節制浪費。採取多元化的經營模式，包括勞務外包、委託經營、公民合營、開放醫院、BOT、多角化經營等。長程改革上則朝署立醫院區法人化方向設計，脫離文官體系。衛生署本身的組織與功能也要做調整。國民健康局之成立(由四個單位整併而成)、健保小組之重整(由三個單位合成)、結核病防治系統的重整、醫院管理局、藥物食品管理局、國家健康資訊中心之設立等。