生物信息学实验报告

1生物信息学实验报告姓名：__黄栋_______学号：___030940119____指导老师：___宋晓峰____南京航空航天大学2011年11月2实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：网址：网址：蛋白质序列数据库：SwissProt、ExPASy网址：网址：蛋白质结构数据库：PDB网址：（2）检索练习：ThespikeproteinofSARS-CoronaVirus在NCBI中的核酸记录序列：LOCUSCS2444393897bpDNAlinearPAT17-JUL-2006DEFINITIONSequence3fromPatentWO2005118813.ACCESSIONCS244439VERSIONCS244439.1GI:84659113KEYWORDS.SOURCESARScoronavirusORGANISMSARScoronavirusViruses;ssRNApositive-strandviruses,noDNAstage;Nidovirales;Coronaviridae;Coronavirinae;Betacoronavirus.REFERENCE1AUTHORSAltmeyer,R.,Nal-Rogier,B.,Chan,C.,Kien,F.,Kam,Y.W.,Siu,Y.L.,Tse,K.S.,Staropoli,I.andManuguerra,J.C.TITLENucleicacids,polypeptides,methodsofexpression,andimmunogeniccompositionsassociatedwithsarscoronavirusspikeproteinJOURNALPatent:WO2005118813-A2315-DEC-2005;INSTITUTPASTEUR(FR);HongKongPasteurResearchCentreLimited(CN)FEATURESLocation/Qualifierssource1..38973/organism=SARScoronavirus/mol_type=unassignedDNA/db_xref=taxon:227859CDS44..3847/note=unnamedproteinproduct/codon_start=1/protein_id=CAJ56183.1/db_xref=GI:84659114/translation=MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDAVDCSQNPLAELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEILDISPCSFGGVSVITPGTNASSEVAVLYQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQTQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASYHTVSLLRSTSQKSIVAYTMSLGADSSIAYSNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNRALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLFNKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDDMIAAYTAALVSGTATAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKQIANQFNKAISQIQESLTTTSTALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQAAPHGVVFLHVTYVPSQERNFTTAPAICHEGKAYFPREGVFVFNGTSWFITQRNFFSPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIINNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYVWLGFIAGLIAIVMVTILLCCMTSCCSCLKGACSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYTGPGGDYKDDDDKORIGIN1ctatagggcgaattgggtaccgctagcggatccgcgcgccaccatgtttattttcctgct61gtttctgactctgaccagcggcagtgacctggaccggtgcaccacttttgatgatgtgca121ggctcctaattacactcagcatacttcctctatgaggggcgtgtactatcctgatgaaat181ttttagatccgacactctgtatctgactcaggatctgtttctgccattctattctaatgt241gacaggctttcatactattaatcatacctttggcaaccctgtgatcccttttaaggatgg301catctattttgctgccacagagaagtccaatgtggtgcggggatgggtgttcggctctac361catgaacaacaagtcccagtccgtgattattattaacaattctactaatgtggtgatccg421agcctgtaactttgaactgtgtgacaacccattctttgctgtgtctaagcccatgggcac481acagacacatactatgatcttcgataatgcctttaattgcactttcgagtacatctctga541tgccttttccctggatgtgtccgaaaagtccggcaactttaagcacctgcgagagtttgt601gtttaagaataaggatggctttctgtatgtgtataagggctatcagcctatcgacgtggt661gcgcgatctgccttctggctttaacactctgaagcctatttttaagctgcctctgggcat4721taacattacaaattttcgggccattctgacagcctttagccctgctcaggacatttgggg781cacctctgctgccgcctattttgtgggctatctgaagccaactacctttatgctgaagta841tgatgaaaatggcacaatcacagatgctgtggattgttctcagaatccactggctgaact901gaagtgctctgtgaagagctttgagattgacaagggaatctaccagacctctaatttccg961cgtggtgccctctggagatgtggtgagattccctaatattacaaacctgtgtccttttgg1021agaagtgtttaatgctactaagttcccttctgtgtatgcctgggagagaaagaagatttc1081taattgtgtggctgattactctgtgctgtacaactccacattttttagcacctttaagtg1141ctatggcgtgtctgccactaagctgaatgatctgtgcttctccaatgtgtatgccgattc1201ttttgtggtgaagggagatgatgtgagacagatcgccccaggacagactggcgtgattgc1261tgattacaattataagctgccagatgatttcatgggctgtgtgctggcttggaatactag1321gaacattgatgctacttccactggcaattataattacaagtatcggtatctgagacatgg1381caagctgaggccctttgagagagacatctctaacgtgcctttcagccctgatggcaagcc1441ttgcaccccacctgctctgaattgttattggccactgaatgattatggcttttacaccac1501tactggcattggctaccagccttacagagtggtggtgctgtcttttgaactgctgaatgc1561ccctgccacagtgtgtggaccaaagctgtccactgacctgattaagaaccagtgtgtgaa1621ctttaactttaatggactgactggcactggcgtgctgactccttctagcaagagatttca1681gccatttcagcagtttggccgggatgtgtctgatttcactgattccgtgcgagatcctaa1741gacatctgaaatcctggacatttccccttgctcttttggcggcgtgagcgtgattacacc1801tggaacaaatgcttcctctgaagtggctgtgctgtatcaggatgtgaactgcactgatgt1861gtctacagccatccatgccgatcagctgacaccagcttggcgcatctattctactggaaa1921caatgtgttccagactcaggccggctgtctgatcggagctgagcatgtggacacttctta1981tgagtgcgacattcctattggagctggcatttgtgctagttaccatacagtgtctctgct2041gcggagtactagccagaagtctattgtggcttatactatgtctctgggcgctgatagttc2101cattgcttactctaataacaccattgctatccctactaacttttccattagcattactac2161agaagtgatgcctgtgtctatggctaagacctccgtggattgtaa