寻找启动子区域和预测转录因子结合位点PPT

目的：•寻找promoter区域•预测Transcriptionfactorbindingsite举例：预测人基因ANKH上游2000bp启动子区域中NF-kB的结合位点寻找promoter区域1.用NCBI：用UCSC：用Ensembl：用公司信息（只包含公司拥有promoterclones的信息）：寻找promoter区域•NCBIttp://•选择Gene,输入ankh,点击search•选择第一项，人类Homosapiens的ANKH•Chromosome5location14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887到-14704909为基因范围此例中选取-14873887到-14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域寻找promoter区域图形显示FASTA格式显示的核苷酸序列输入序列可以查询染色体位置ANKHgene在反义链上，所以用负数表示可以查询具体核苷酸序列•点击Graphics----Tools------SequeceTextView寻找promoter区域•点击GoToPosition,输入-14873887，点击PrevPage找到具体位置•复制白底黑色区域即为promoter区域。白底黑字为启动子区域紫底黑字为基因区域粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子寻找promoter区域•在前两张幻灯片中选择FASTA•在右边Changeregionshown输入14871887到14873887•Displayoptions选择Showreversecomplement•可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）寻找promoter区域•选择genomes•在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH•点击Tables•在track中选择RefSeqGenes，在outputformat中选择sequence•点击getoutput。选择genomic。寻找promoter区域•选择Promoter/Upstreamby2000bases•Exonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写寻找promoter区域•选择Promoter/Upstreamby2000bases•Exonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写寻找promoter区域小写字母为promoter区域大写字母为基因区域，与NCBI结果相同ATG为CDS区起始密码子寻找promoter区域•选择human输入ankh•选择Gene，点击GeneIDENSG00000154122•点击左边的Exportdata寻找promoter区域•5Flankingsequence输入2000•OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence，•deselectall•点击Next（不管正反此法都适用）寻找promoter区域•得到2000bases的核苷酸序列寻找promoter区域••点击searchproduct，选择promoterclones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN•选择目的基因寻找promoter区域•点击clickheretoviewthepromotersequence•得到promoter信息预测Transcriptionfactorbindingsite1.用Jaspar用PROMO=TF_8.33.用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库）用商业数据库TRANSFAC（要付费）预测Transcriptionfactorbindingsite点击JASPARCOREvetebrata左边转录因子选择MA0061.1NF-kappaB，右边输入ANKH启动子区域，点击SCAN结果得到5个Transcriptionfactorbindingsite，其中Strand-1没有特殊意义，另外三个GGGAAATACC得分最高预测Transcriptionfactorbindingsite=TF_8.3Step1selectspecies选择humanStep1SelectFactors选择NF-kappaB[T00590]Step2SearchSites输入ANKH的promoter区域结果中有一个位点TGGGAAATACCT，与JASPAR结果中得分最高的相同预测Transcriptionfactorbindingsite:输入基因名字ANKHEnteryourDNAsequence输入ANKH的promoter区域点击submit结果中有2个NF-kap位点，其中正义链GGGAAATACC，与JASPAR结果中得分最高的相同