Local-Blast序列比对教程

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资源描述

BLAST序列比对BioEdit使用简要介绍BioEdit安装打开BioEdit7.0.9.0-setup.exe,next,直到选择安装目录BioEdit安装选择完安装目录,next到最后一步,完成安装。导入query序列打开BioEdit,导入Query_sequence.fasta文件。File→Open…注意文件类型选择AllFiles(*.*)创建比对数据库导入nirS_nucleotide.fasta核酸数据库和nirS_protein.fa蛋白数据库,分别创建本地的nirS的核算数据库和蛋白数据库。AccessoryApplication→BLAST→Createalocalnucleotidedatabasefile/CreatealocalproteindatabasefileLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLASTProgram:blastn:核酸→核酸blastp:蛋白→蛋白tblastn:蛋白→翻译的核酸tlastx:翻译的核酸→蛋白tblastx:翻译的核酸→翻译的核酸导入待比对的序列,如Query_sequence.fasta选择本地核酸/蛋白数据库定义一个输出文件,txt文件即可Blast的所有使用说明,命令行格式期望值,e-valueLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。选择blastn在相应的输出文件目录下,找到blastn的相应结果,可以直接打开,查看比对结果LocalBlastBlastn比对结果评分最高,E值最低的结果排在第一LocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。选择blastx在相应的输出文件目录下,找到blastx的相应结果,可以直接打开,查看比对结果LocalBlastBlastx比对结果

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