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科学网论坛：丁香园论坛：小木虫论坛主要内容第1节空间构象的研究方法第2节维持蛋白质三维结构的作用力第3节多肽链折叠的空间限制：肽单位和肽平面，α-碳原子的二面角第4节*蛋白质的二级结构：α-螺旋，β-折叠，β-转角与无规卷曲第5节*纤维状蛋白质：α-角蛋白和β-角蛋白，胶原蛋白与三股螺旋结构第6节*超二级结构与结构域第7节*球状蛋白质与三级结构第8节膜蛋白的结构第9节蛋白质折叠与结构预测第10节寡聚蛋白质的构象与四级结构X射线衍射法溶液中的蛋白质构象研究X射线衍射法X射线衍射法是一种研究晶体结构的分析方法，当X射线照射晶态结构时，将受到晶体点阵排列的不同原子或分子所衍射。X射线照射两个晶面距为d的晶面时，受到晶面的反射，两束反射X光程差2dsinθ使入射波长的整数倍时,即2dsinθ=nλ（n为整数），两束光的相位一致，发生相长干涉，这种干涉现象称为衍射。θ称为衍射角（入射或衍射X射线与晶面间夹角）晶面间距一般为物质的特有参数，对一个物质若能测定数个d及与其相对应的衍射线的相对强度，则能对物质进行鉴定。X射线衍射法紫外差光谱各种因素对吸收谱带的影响表现为谱带位移、谱带强度的变化、谱带精细结构的出现或消失等。谱带位移包括蓝移和红移。蓝移指吸收峰向短波长移动，红移指吸收峰向长波长移动。极性增大会引起蓝移，反之引起红移。荧光与荧光偏振荧光（fluorescence）是分子吸收了较短波长的光（通常是紫外光和可见光），在很短的时间内发射出比照射光波长较长的光。根据物质的荧光波长可确定其分子结构；根据荧光强度可测定物质的含量。当电子从最低激发单线态S1回到单线基态S0,发射出光子，称为荧光。荧光分析影响因素1）溶液pH值2）温度3）溶剂极性的影响4）激发光源5）器皿污染的影响6）内滤效应的影响7）稀样品溶液的影响荧光偏振与荧光探针结合常常用于测定蛋白质的疏水微区，研究酶与底物、辅因子与抑制剂结合过程中蛋白质构象的变化。荧光探针：与蛋白质或其他大分子结构非共价相互作用而使一种或几种荧光性质发生改变的小分子物质。圆二色性圆二色性：由于包含发色团的分子的不对称性，而引起左右两圆偏振光具有不同的光吸收的现象。主要用于测定蛋白质的立体结构，圆二色性对R和L两种圆偏振光吸收程度不同的现象。这种吸收程度的不同与波长的关系称圆二色谱，是一种测定分子不对称结构的光谱法。核磁共振（NuclearMagneticResonance即NMR）是处于静磁场中的原子核在另一交变电磁场作用下发生的物理现象。通常人们所说的核磁共振指的是利用核磁共振现象获取分子结构、人体内部结构信息的技术。并不是所有原子核都能产生这种现象，原子核能产生核磁共振现象是因为具有核自旋。原子核自旋产生磁矩，当核磁矩处于静止外磁场中时产生进动核和能级分裂。在交变磁场作用下，自旋核会吸收特定频率的电磁波，从较低的能级跃迁到较高能级。这种过程就是核磁共振。光谱类型λ跃迁形式紫外-可见吸收光谱200～760nm外层电子能级跃迁红外光谱2.5～50μm分子振-转能级跃迁核磁共振谱60cm～300m原子核自旋能级跃迁核磁共振波谱来源于原子核能级间的跃迁。三级结构主要靠次级键（非共价键，noncovalent）维系固定，主要有：氢键、离子键（盐键）、疏水的相互作用（疏水键）、范德华力、配位键，另外二硫键（共价键）也参与维系三级结构。广义的范德华力定向效应：极性分子之间（包括氢键）诱导效应：极性分子与非极性分子之间分散效应（狭义的范德华力），也叫London分散力，是非极性分子之间疏水作用是指水介质中球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子内部的现象。疏水作用及疏水和亲水的平衡在蛋白质结构与功能的方方面面都起着重要的作用。蛋白质溶液系统的熵增加是疏水作用的主要动力。当疏水化合物或基团进入水中时，它周围的水分子将排列成刚性的有序结构即所谓笼形结构笼形结构(clathratestructure)。与此相反的过程（疏水作用），排列有序的水分子（笼形结构）将被破坏，这部分水分子被排入自由水中，这样水的混乱度增加即熵增加，因此疏水作用是熵驱动的自发过程。蛋白质的结构具有多种结构层次，包括一级结构和空间结构，空间结构又称为构象。空间结构包括二级结构、三级结构和四级结构。在二级与三级之间还存在超二级结构和结构域这两个结构层次。蛋白质的一级结构一、蛋白质的一级结构蛋白质的一级结构（Primarystructure）又称为共价结构或化学结构。它是指蛋白质中的氨基酸按照特定的排列顺序通过肽键连接起来的多肽链结构。（一）肽键与肽链1.肽键：一个氨基酸的α-COOH和相邻的另一个氨基酸的α-NH2脱水形成共价键。如下图：肽键和肽的结构蛋白质的二级结构二、蛋白质的二级结构（一）构型与构象构型：指一个不对称的化合物中不对称中心上的几个原子或基团的空间排布方式。如单糖的α-、β-构型，氨基酸的D-、L-构型。当从一种构型转换成另一种构型的时候，会牵涉及共价键的形成或破坏。构象：指一个分子结构中的一切原子绕共价单键旋转时产生的不同空间排列方式。一种构象变成另一种构象不涉及共价键的形成或破坏。（二）蛋白质的二级结构二级结构的概念：多肽链在一级结构的基础上，按照一定的方式有规律的旋转或折叠形成的空间构象。其实质是多肽链在空间的排列方式。1.蛋白质分子构象的立体化学原则LinusPauling和RobertCorey于20世纪40年代末至50年代初，应用X-射线衍射法（X-raydiffraction）技术对α-角蛋白等研究结果，提出了蛋白质分子构象的立体化学原则，要点如下：（1）肽链空间构象的基本结构单位为肽平面或肽单位。所谓的肽平面是指肽链中从一个Cα原子到另一个Cα原子之间的结构，共包含6个原子（Cα、C、O、N、H、Cα），它们在空间共处于同一个平面。如下图所示：（2）肽键上的原子呈反式构型（除Pro的肽单位以外）顺式反式αααCCNOHCCCNOHCααγγβββααNCONHCONHNHCNOONHR（3）肽键C-N键长为0.132nm,比一般的C-N单键(0.147nm)短，比C=N双键(0.128nm)要长，具有部分双键的性质(partialdouble-bondcharacter)，不能旋转。而Cα-COOH、C-NH2，为真正单键(puresinglebond)，可以旋转。RHNHCCOCHRαα1.531.3251.001.241.455120.5111116123.5121ooooo(4)相邻肽平面构成二面角：一个Cα原子相连的两个肽平面，由于N1-Cα和Cα-C2(羧基碳)两个键为单键，肽平面可以分别围绕这两个键旋转，从而构成不同的构象。一个肽平面围绕N1-Cα(氮原子与α—碳原子)旋转的角度，用Φ表示。另一个肽平面围绕Cα-C2(α-碳原子与羧基碳)旋转的角度，用Ψ表示。这两个旋转角度叫二面角(dihedralangle)。通常二面角(Φ,Ψ)确定后，一个多肽链的二级结构就确定了。ooo=180=0ψψ呈顺式排布时呈反式排布时C2O2与αC2N1C2O2与αC2N1oφ呈顺式排布时=180=0φ呈反式排布时N1H1与C2C2αN1H1与C2C2α当φψ：：ααC2N1C2C2dihedralangle：ψφαO2O1H1N1C2C2N2C1C1C3H2αα2.蛋白质二级结构主要类型有：α-螺旋、β-折叠、β-转角(1)α-螺旋（α-Helix）:又称为3.613螺旋，Φ=-57。，Ψ=-47。结构要点：多个肽键平面通过α-碳原子旋转，主链绕一条固定轴形成右手螺旋。每3.6个氨基酸残基上升一圈，相当于0.54nm。相邻两圈螺旋之间借肽键中C＝O和N-H形成许多链内氢健，即每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残基的C＝O之间形成氢键，这是稳定α-螺旋的主要键肽链中氨基酸侧链R，分布在螺旋外侧，其形状、大小及电荷影响α-螺旋的形成。α-螺旋在许多蛋白中存在，如α-角蛋白、血红蛋白、肌红蛋白等，主要由α-螺旋结构组成。螺旋的结构通常用“SN”来表示，S表示螺旋每旋转一圈所含的残基数，N表示形成氢键的C=O与H-N原子之间在主链上包含的原子数。影响α-螺旋稳定的因素：酸性或碱性氨基酸集中的区域，由于同电荷相斥，不利于α-螺旋形成；较大的R(如苯丙氨酸、色氨酸、异亮氨酸)集中的区域，也妨碍α－螺旋形成；脯氨酸因其α-碳原子位于五元环上，不易扭转，加之它是亚氨基酸，不易形成氢键，故不易形成上述α-螺旋；甘氨酸的R基为H，空间占位很小，也会影响该处螺旋的稳定。(2)β-折叠(β-pleatedsheets)又称β-片层、β-结构，其结构要点如下：多肽链呈锯齿状（或扇面状）排列成比较伸展的结构；相邻两个氨基酸残基的轴心距离为0.35nm，侧链R基团交替地分布在片层平面的上下方，片层间有氢键相连；有平行式和反平行式两种，平行式的折叠其Φ=-119。，Ψ=+113。。反平行折叠其Φ=-139。，Ψ=+135。。这种片层在丝心蛋白里大量存在。蚕丝的主要成分是丝心蛋白，而丝心蛋白的主要二级结构是-折叠。Pauling和Corey正是依据丝心蛋白的X-射线衍射图提出了-折叠结构。丝心蛋白含有的多肽链都是反平行排列的-折叠结构，大多数丝心蛋白的一级结构含有长的重复序列片段，-Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala-。由于-折叠结构中的氨基酸残基的侧链交替地伸向折叠平面的上面和下面，所以甘氨酸残基的侧链氢都位于折叠平面的一侧，而丙氨酸和丝氨酸残基的甲基侧链和羟甲基侧链都位于折叠平面的另一面，这使得折叠片紧密地堆积在一起。丝心蛋白是很柔软的，因为堆积的折叠片只是靠侧链之间的vanderWaals力结合在一起的。(3)β-转角:又称β-弯曲，β-回折或发夹结构。指蛋白质的多肽链在形成空间构象时经常会出现180。的回折，回折处的结构就称为β-转角。一般由四个连续的氨基酸组成，第一个氨基酸的羧基与第四个氨基酸的氨基形成氢键。也有一些是由第一个氨基酸的羧基与第三个氨基酸的氨基形成氢键。（4）其它形式的二级结构无规则卷曲纤维状蛋白质的氨基酸序列很有规律，它们形成比较单一的、有规律的二级结构，结果整个分子形成有规律的线形结构，呈现纤维状或细棒状，分子轴比（轴比：长轴/短轴）大于10，轴比小于10是的球状蛋白质。广泛分布于脊椎和无脊椎动物体内，占脊椎动物体内蛋白质总量的50%以上，起支架和保护作用。1不溶性：角蛋白、胶原蛋白和弹性蛋白2可溶性：肌球蛋白和血纤维蛋白原纤维状蛋白质的结构肌球蛋白：在横纹肌中是构成粗肌丝的主要成分。由6条肽链组成的纤维状蛋白质，包括两条相同的重链和两对轻链组成。重链的大部分是α螺旋，其头部具有ATP酶活性，并与肌动蛋白结合，而轻链具有激酶活性。原肌球蛋白(tropomyosin,Tm)是细肌丝中与肌动蛋白的结合蛋白，分子量为2×35kDa,长为41nm,由两条平行的多肽链组成α螺旋构型，每条原肌球蛋白首尾相接形成一条连续的链同肌动蛋白细肌丝结合。（二）超二级结构和结构域1．超二级结构超二级结构（Super-secondarystructure）的概念是M.Rossmann于1973年提出来的。蛋白质分子中的多肽链在三维折叠中往往形成有规则的二级结构聚集体，在球蛋白中充当三级结构的构件。常见的有：αα、ββ、βαβαβ等。2．结构域（structuraldomain）在一些相对较大的蛋白质分子中，多肽链在二级或超二级结构基础上形成的三级结构局部折叠区，是相对独立的紧密球状结构，称为结构域。它的结构层次介于超二级结构和三级结构之间。如图所示：蛋白质的三级结构三.蛋白质的三级结构一条多肽链中所有原子在空间的整体排布，并具有生物学活性的完整的球蛋白的三维结构，称为三级结构，是包括主、侧链在内的空间排列。大多数蛋白质的三级结构为球状或近似球