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MAFFT多重序列比对图解教程2014年07月14日⁄Bioinformatics⁄字号小中大⁄暂无评论⁄阅读793次[点击加入在线收藏夹]【絮语】一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（MuscleMAFFTClustalWT-Coffee），还是比对准确性（MAFFTMuscleT-CoffeeClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。PS:不同比对软件的比较，有兴趣的童鞋可以下载这篇文章看看：Alignmentuncertaintyandgenomicanalysis.Science,2008MAFFT官方网站：支持平台：MacOSX、Linux、WindowsWindows32位版本：位版本：请根据自己操作系统选择相应版本下载图1MAFFT主界面简明操作流程：1.载入序列文件将FASTA格式的待比对序列文件（如：TMV.fas）复制MAFFT的根目录下（当然也可以放任意位置，只有找得到），双击“mafft.bat”启动MAFFT，此时提示输入文件（Inputfile?），在@后面输入示例的TMV.fas，也可以直接将文件拖入窗口（注意有个+，说明当前是拖放状态），如下图所示：加载后回车，当显示“OK”时说明载入文件成功。2.设置输出信息输出文件名称自定义，扩展名任意，这里保留原扩展名，输出文件名为TMV-out.fas，确定后回车。输出文件格式，建议用3或4，这里在@后输入4后回车，此时出现MAFFT三种主要比对策略的5个选项，如下图：当你无法确定时候，建议用第1种的--auto模式，让MAFFT根据序列的特点自动选择相应的比对策略，输入1后回车。当不需要附带参数时，直接回车。3.开始多重比对一切设置完毕，输入“Y”回车，程序自动开始比对。当出现输出文件名，说明比对完成。4.后续着色美化详见附录，不再赘述附：多重序列比对的后期着色渲染（1）Boxshade（黑白着色），在线网址：相关使用教程，请网上搜索高老师写的《序列着色软件Boxshade图解教程（byraindy）》；（2）ESPript彩色着色，在线网址：，效果图：（3）TeXShade自定义着色，详见日志：