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SNP及检测方法黄宝福2011-5-11SNP•SNP（Singlenucleotidepolymorphism)单核苷酸多态性•包括单碱基的转换、颠换，以及单碱基的插入／缺失等ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCGTGCATGCATGCSNP•SNPs作为第三代遗传标记（已知性、可遗传性、可检测性），用于疾病基因的定位、克隆和鉴定•SNP是人类基因组DNA序列中最常见的变异形式。并非所有的SNP都有临床意义，对疾病和药物治疗有重大影响的SNP，估计只占数以百万计SNP的很小一部分SNP•SNP可直接影响个体间对疾病的易感性、外源物质的代谢差异和药物不良反应表现因此对SNP的研究在个体化用药、个体化治疗中具有重要的指导作用SSCP•单链构象多态性（SSCP）分析，是一种基于DNA构象差别来检测点突变的方法。相同长度的单链DNA，如果碱基序列不同，形成的构象就不同，这样就形成了单链构象多态性•空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同.因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开DGGE•变性梯度凝胶电泳法（DGGE）依据首要的一点是：DNA双链末端一旦解链，其在凝胶中的电泳速度将会极剧下降。第二个根据是，如果某一区域首先解链，而与其仅有一个碱基之差的另一条链就会有不同的解链温度，因此，将样品加入含有变性剂梯度的凝胶进行电泳就可将二者分开。DHPLC•变性高效液相色谱分析（DHPLC）：在部分变性的条件下，通过杂合与纯合二倍体在柱中保留时间的差异，发现DNA突变•在部分变性条件下，异源双链因有错配区的存在而更易变性，在色谱柱中的保留时间短于同源双链，故先被洗脱下来，在色谱图中表现为双峰或多峰的洗脱曲线等位基因TaqmanMGB探针基因芯片测序•双脱氧法•焦磷酸法•454•Solid•Solexa-Illumina理想的检测SNPs的方法——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs(1)灵敏度和准确度的要求(2)快速、简便、高通量(3)费用相对低廉DNA熔解分析•紫外吸收•样品量：几微克•升温速率：0.1~1℃/minDASH•Dynamicallele-specifichybridizationHRM•Highresolutionmeltingcurve高分辨率熔解曲线•饱和染料：LC-Green,Eva-Green,SuperGreen•温度:升温和信号采集，温度均一性•LighterScannerHRMThankYou!