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索引•数据分析界面简介（第2-6页）•内标法定量–建立校正曲线（第7-15页）–样品定量（第16-18页）•一些常用功能–信噪比计算（第19、20页）–谱图比较（第21页）–谱图复制（第22、23页）–谱图平滑、重绘（第24-27页）–手动积分（第28、29页）–背景扣除（第30、31页）•色谱峰的识别（第32-33页）数据分析界面简介数据浏览色谱窗口质谱窗口定量窗口工作界面切换，包括数据分析，校正曲线，数据比较，批处理等辅助工具栏数据分析界面之数据浏览依次为：数据文件、方法文件、报告文件、批处理文件、所有文件目录选择文件路径预览窗口：可通过浏览窗口右键快捷菜单（如右图）DataPreview实现切换（显示/不显示）数据分析界面之色谱窗口右键快捷菜单常用功能介绍：1)FragmentTable：根据需要选择只显示部分检测离子的流出曲线（MIC）2)DisplaySetting：TIC与MIC两个窗口的显示比例调整3)Zoom系列：谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化4)Copy：将视图复制到剪贴板（具体见“谱图复制”）5)Properties:色谱视图显示内容的选择（包括流出线的颜色等），在复制、导出色谱图时很有用！DisplaySetting-SampleInformation数据分析界面之质谱窗口将鼠标移动到某个离子碎片上可看到该碎片的相对丰度及响应右键快捷菜单常用功能介绍：1)Zoom系列：质谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化2)Copy：将视图复制到剪贴板（包括窗口内显示的所有信息，具体见“谱图复制”）3)Regist：建立化合物列表注册时用4)Properties:视图显示内容的选择（包括颜色、网格线、图例说明等），在复制、导出谱图时很有用！数据分析界面之定量窗口Param’s窗口Edit状态可对化合物列表各参数进行编辑；返回View状态确定（具体见“建立校正曲线”）Results窗口可查看定量结果（具体见“样品定量”）右键快捷菜单常用功能介绍：1)Zoom系列：谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化2)Copy：将视图复制到剪贴板（包括窗口内显示的所有信息，具体见“谱图复制”）3)ManualPeakIntegrate：手动积分（具体见“样品定量”）4)DisplaySetting&Properties:视图显示内容的选择（包括色谱峰各种属性、网格线、图例说明等），在复制、导出谱图时很有用！建立校正曲线1、在数据分析（DataAnalysis）窗口下打开一个中等浓度的标样文件2、左边栏快捷菜单Createcompoundtable（若无，则点击Top至看到），窗口版面会有所改变3、鼠标左键拖动，局部放大某个色谱峰，对准谱峰中心双击，则在质谱窗口显示该峰质谱图。4、质谱图空白处右键单击，选中快捷菜单“Registtospectrumprocesstable”，完成对该化合物的注册5、按纸质版标准谱图上的顺序，依次完成所有目标化合物的注册总色谱图（总离子流，无分组）分组色谱图（包括各单扫离子色谱曲线，不同颜色表示）6、保存化合物列表：savecompoundtable，注意选择合适的路径另存为一个标准曲线的文件名，不要覆盖了原进样程序的文件名。每完成一个步骤最好都保存一下，以免数据丢失保存化合物列表7、建立完整化合物列表化合物列表向导（新建）单击“下一步”注意检查数目是否与目标物相同，若否，参考“特殊情况处理”第三个（3/7）对话框中可删除不需要的化合物，继续“下一步”进入基本参数设定（4/7）定量方法，默认为内标法。外标法为externalstandard计量单位峰面积（area）或峰高（height）定量浓度梯度数目曲线拟合方式，默认为线性，一般不改曲线是否强制过零（一般不强制，梯度少于3个可考虑强制）是否加权，一般不需要浓度表达格式：十进制decimal，有效数字significantfigure。框内数字为相应位数以默认即可，不必改动按实际浓度梯度键入数值内标浓度默认MC即可，TIC为总离子流参考离子数目，即协助定性的离子数，一般为1即可质量数（m/z）小数位数：必须与进样方法中设定的一致，否则可能导致自动积分找不到相应离子按照纸质版谱图依次为已注册的化合物设定名称及定量（参考）离子输入化合物名称Type栏下拉菜单可分别选择相应离子为目标离子、参考离子或不使用该离子定量若化合物为内标，则下拉菜单选择ISTD，其余均为Target（包括回收率指示物）上下翻动选择要设定参数的离子，ID号按照注册先后排序点击“下一步”完成化合物列表设置。注意保存！！另外，在定量窗口右侧可在edit状态下对化合物所有参数进行手动设置，效果与之前所述相同。建立标线过程出现1）某数据文件中已有部分化合物列表；或2）注册化合物过程重复注册或漏注册，均可通过手动设置化合物参数修正。编辑完成需回复到view状态，才能保存。8、进入校正曲线窗口，打开已保存的方法文件，进行下一步操作Edit状态下设置化合物相应的内标归属。注意检查浓度梯度是否如实填写，特别是回收率指示物的浓度左侧浏览窗口切换到数据文件浏览模式，分别将各个浓度梯度的数据文件拖到相应level下点击辅助菜单栏中积分按钮对所有数据文件进行自动积分对每个化合物都先进行Multi的手动积分（色谱图空白处右键快捷菜单），再逐个浓度检查是否正确积分（切换到Single界面），并根据线性情况调整积分。时刻注意保存！！！单个浓度single/多浓度叠加multi色谱图切换按钮积分结果显示。如果线性（R值）在调整积分后仍不理想，可根据实际情况选择适用的浓度梯度内标化合物没有标线图至此，完成标准曲线建立！！R值大于0.999，R^2值0.99以上即可样品定量1、在数据分析dataanalysis窗口下打开一个样品数据文件2、辅助菜单中选中定量分析Quantitative4、辅助菜单中选中峰积分，一般参数无需调整，确定即可3、辅助菜单中加载定量方法：选择之前建立的校正曲线方法若样品与标样比较错位的程度超出默认保留时间偏差以致目标物无法定量，可设置此处调整定量时间窗口大小5、自动积分后再对每个化合物进行手动积分，操作为：1）色谱图中空白处右键“手动积分”2）左键选中峰起始处，拖拽至终结处，松开左键，弹出右图对话框3）通常选用水平基线，确定即完成手动积分基线类型：起始点间连接线/水平线/新建基线6、将视图右下方窗口切换至“result”状态可查看定量结果（Conc.）。从表格中复制数据与excel类似，选中后右键快捷菜单有copy选项。注意有时内标浓度为1，计算时注意折算成实际检出浓度。可直观看出目标物浓度在标线中处于什么位置，若超出线性范围很多，则应考虑稀释样品，否则定量不准确至此，完成样品定量分析！信噪比计算1）打开数据文件，选择“工具-计算信噪比”2）选择“S/NCalc.”下参数设定Parameter，在下图对话框输入相应参数上行：目标化合物色谱峰起始时间下行：目标物附近一段基线的起始时间进行信噪比计算的化合物的特征离子3)确定后对话框中S/NRatio即为所选色谱峰的信噪比1）打开最低浓度标样，其浓度假设为S2）根据前述方法计算目标物信噪比，设为N3）设仪器检出限定义为3倍信噪比时可检测的化合物浓度，则一定进样量下化合物的仪器检出限=(S/N)*3计算时注意单位转换！！！仪器检出限计算方法检出限计算1）当方法检出限定义为5（或10）倍信噪比时可检测的化合物浓度时，按上述方法计算出目标物的信噪比后，按以下公式求算方法检出限：一定样品量下的方法检出限=(S/N)*5*进样量/样品质量2）当方法检出限定义为方法空白均值+3倍标准偏差（3SD）时，与信噪比计算无关，直接将检出限=方法空白均值+3SD折算到样品质量或脂肪含量里即可计算时注意内标校正和单位转换！！！1）切换工作界面至“数据比较datacomparison”谱图比较2）从数据浏览窗口打开要比较的谱图可通过输入质量数进行总离子（TIC）或单个离子色谱图的比较左键双击此空白处可使下方质谱图显示/不显示对指定的谱图（右边1-8）进行上下/左右拉伸以及上下/左右平移：在样品与标样有错位时便于比较谱图复制在任一窗口右键菜单中“copy”均可用于复制该窗口显示内容至剪贴板，显示内容的所有属性均可在相应菜单的“properties”选项中设置。有兴趣可以一项一项的试O(∩_∩)O~背景横纵坐标显示选项前两个为视图右方放大按钮及Y轴滚动按钮，最后一个为特征离子标签视图右上方关于色谱峰一些信息的显示标记在色谱峰顶端的信息，有用的有：ID#：在注册化合物时可从峰ID了解已注册的色谱峰，避免重复注册或漏注册的情况RT：显示保留时间Area/Height：显示峰面积/峰高，简单手动积分时可通过该选项快速查看峰面积/峰高谱图平滑打开数据文件，平滑前谱图局部如下图所示：注意：谱图平滑会造成一定程度的失真，可以正常进行数据处理的谱图不必进行平滑，谱图平滑仅限于噪音极其严重已影响到正常数据处理的情况！！平滑后：点击快捷菜单栏QualitativeParameters（图a）或辅助工具栏Qualitative下峰积分选项（图b）（a）（b）Smoothingmethod:standard标准平滑次数：2-3次，不宜太多，否则失真太厉害平滑峰宽：1秒即可谱图绘制1.打开要绘制谱图的数据文件2.在“File”菜单下选择“ExportData”输出为txt文件，课在此选择其存放位置输出TIC或者MIC色谱图输出所有单个离子的色谱图然后将txt文件导入excel中，再从excel拷入作图软件中作图即可质谱图的绘制可用如下方法：对质谱图右键，选择“MassTable”复制后粘贴到excel中，即可将所需数据拷入到作图软件中作图手动积分1）将要积分的色谱峰局部放大2）“Qualitative定性”菜单下“ManualPeakIntergrate手动积分”，并选择要进行积分的离子（左下图）3）按照“样品定量”中手动积分的操作对目标色谱峰进行积分并选择基线类型(图a)4）积分效果如图b(a)（b）5）色谱窗口空白处右键菜单选择“ShowQualitativeTable显示定性表格”可查看积分结果保留时间，色谱峰起始时间峰面积按特征离子显示积分结果背景扣除常用于全扫模式对化合物的定性，可通过扣除杂质质谱，使得目标物质谱图更清晰。在单扫模式下一般用处不大。单点背景扣除：1）将要扣背景的色谱峰放大，左键双击峰顶获得该峰色谱图a2）右键菜单SubtractSpectrum或快捷菜单栏单点扣除功能（图c）3）左键双击色谱峰附近某一点基线，则扣除该点质谱图，得到扣除背景后的目标峰质谱图b(a)(b)(c)一段基线背景扣除：1）将要扣背景的色谱峰放大，左键双击峰顶获得该峰色谱图a2）右键菜单SubtractAveragedSpectrum或快捷菜单栏扣除平均质谱功能（图c）3）左键拖曳选中色谱峰附近某一段基线，则扣除该段基线的平均质谱，得到扣除背景后的目标峰质谱图b(a)(b)(c)色谱峰的识别如何认峰？•自动积分识别的峰可能出错，特别是基质复杂时，因此有必要对人工识别色谱峰。•基本原则：经过谱图比较后与标样重叠良好，则认为该峰为目标化合物。•特征离子的选择：NCI源检测离子相对单一，谱图比较时可用总离子图（TIC）进行比较；但EI源检测离子复杂，为免错认峰，推荐使用单一特征离子进行比对（特征离子在纸质版的标样谱图上均已给出）•实际样品错位：一些基质复杂的样品的色谱峰与标样比较可能发生错位现象。此时应首先关注离目标物最近的内标物的保留时间与标样中内标保留时间的差别，并以此为参照认峰（即若样品的内标与标样偏差在+0.1min，则样品中与相应目标物偏差在+0.1min左右的峰为目标物，偏差过大一般不认）。下图为示例标样样品图a为内标，图b为目标物；样品偏差在-0.05min左右，若样品在正偏差（+）处有峰，则不认为是目标物。(b)(a)常见色谱峰型的积分积分原则：1、从基线到基线，通常情况下以水