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其明生物信息AffymetrixGlueGrantHumanTranscriptomeArray——真正的系统生物学芯片李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年选择性剪切编码基因表达长链非编码RNAmiRNASNP0510152025303531.5268.75.20.15外显子+可变剪切位点=33万种基因表达产物1041111121002468101214同一区域多探针分布，避免交叉杂交表达产物1表达产物2miRNAlncRNAlncRNA其明信息Ensembl数据库6个外显子，2个UTR5个外显子，全部为UTR3个外显子，全部为UTR4个外显子，远距离3’UTR4个外显子，近距离3’UTR4个外显子，中距离3’UTR4个外显子，全部为UTR3个外显子，全部为UTRIL1B001IL1B006PF02394PF00340PF0239412331123GeneGeneProductAGeneProductB外显子探针外显子连接探针(Junction探针)其明信息包含长链非编码RNA和microRNA123AFEDC41234C5512354ED转录抑制诱发染色质重组组蛋白修饰致转录激活可变剪切诱发Dicer酶活性，生成内源siRNAmiRNA前体，合成miRNA激活蛋白功能构成细胞骨架影响蛋白细胞内定位3’5’BB稳定mRNA或阻止mRNA翻译123AFEDC451513个lncRNA518个miRNA(miRbase18v)B53’5’其明信息123外显子连接部SNP位点5’UTR3’UTR4.12.42.10.70.40.027800.511.522.533.54SNP数量(万个)•SNP影响基因表达5’UTR和3’UTR•SNP影响lncRNA对mRNA的结合同义变异•SNP影响蛋白结构非同义变异•SNP影响可变剪切外显子连接部SNP•SNP影响lncRNA功能未知转录本SNP其明信息M110.990.990.98M20.9910.990.99M30.990.9910.99M40.980.990.991M1M2M3M4M110.960.950.96M20.9610.960.96M30.950.9610.96M40.960.960.961M1M2M3M4RNA-Seq4600万条RNA序列HTA芯片样本样本样本05001000150020002500300035004000450050000-2020-100100-1k1k-20k10k+HTAArraySequencingForExampleTNFIL1BNFKB…其明信息•组织样本•同类型样本的个体数量多SNP与基因表达关系•组织/细胞样本•同类型样本数量3次重复基因表达与选择性剪切•组织/细胞样本•同类型样本数量5次以上重复ncRNA的调控作用RNA总量500ng其明信息价格构成信息分析价格SNP620元/chipLncRNA1500元/chipmiRNA400元/chip选择性剪切1800元/chip基础价格含芯片检测与差异基因6700元/chip