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2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE简明中文教程2010基于MOE2009.102010©CloudScientificAllRightsReservedMOE:分子操作环境（MolecularOperatingEnvironment）药效团发现蛋白建模方法开发基于结构的药物设计建模与模拟QSAR/HTS化学信息学MOEMOE/GUI•MOE/batchMOE/web•MOE/smpClusterNodeClusterNodeClusterNodeClusterNodeDesktop•Cluster•PipelineWorkflowWindows•Linux•Unix•BrowserOEBClipboardFlatFileIntranetOracleSocketLocalFiles•Cut&PasteMOE/javaSystemforConnectivity▪丰富先进的药物发现工具▪集成交互式图形用户界面▪用户可自由定制开发应用功能及界面2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE应用领域MolecularSimulationsMM•QM•MDLowModeMDFlexAlignChem-InformaticsDatabaseViewerFP•RECAP2DDepictorStructureBasedDesignScaffoldReplaceBREED•PLIFDockingProteinModelingRotamerLibraryLoopDatabaseHealthCheck3DSearchPharmacophoreComplexQueriesElucidatorOEBBio-InformaticsMultipleAlignmentFoldSearchConsensusCombiChem&LibraryDesignQSAR-FocusingEnumeratorDiversity(HTS)QSAR&Descriptors400+DescriptorsModelComposerBinaryQSARMedChemDeploymentLigandInteractionsLigX•MOE/webVisualizationPSILOAntibodyModelingChimericModelsSpecialInterfaceFabDatabasePipeliningITDeploymentSDtools•SOAPKNIMEPiplinePilot®►OMEGAOEB►Corina►FlexSIS►GOLD►MOPAC2009►Gaussian►ADF►DirectFF►KNIME►PipelinePilot®►InforSense第三方软件接口2010©CloudScientificAllRightsReserved完全集成的交互式图形界面DatabaseViewer化学信息学•定量构效关系400+分子描述符SequenceEditor序列比对•生物信息学蛋白/抗体建模MOEWindow视图查看•基于结构的药物设计药效团发现•模拟2010©CloudScientificAllRightsReserved▪每月培训课程▪联系方式Tel:(021)-54975000-8003E-mail:support@cloudscientific.com▪技术资料下载技术支持2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE简明教程内容1.MOE窗口基本操作：查看/构建小分子2.分子力学和小分子构象搜索3.数据库浏览器：浏览编辑内容4.序列编辑器：观察蛋白结构5.根据PDB文件绘制蛋白-配体2D/3D相互作用2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE窗口基本操作:察看/构建小分子2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE主要窗口8SVL命令窗口(CLI)计算过程结果输出SVL命令执行MOE数据库浏览器(DBV)化学信息,构象搜索,指纹图谱,聚类,组合库的设计序列编辑器(SEQ)蛋白信息学，同源建模，序列分析MOE窗口(MOE)小分子生物信息,分子力学,小分子的可视化,力场的采用2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE窗口9应用:•构建小分子•分子力学•基于结构的药物设计•对接•SCF计算•分子动力学•柔性叠合•PH4解释•构象搜索2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE窗口结构10主菜单命令SVLCommandLine3D图形渲染操作取消按钮侧栏按钮(RBB,RHS)右键菜单转动&平移球脚注2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE菜单命令的使用11主菜单命令的调用e.g.(Compute|Simulations|Dock)or(MOE|Compute|Simulations|Dock)侧栏按钮的调用e.g.(RBB|Hide|Receptor)2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE中鼠标的使用常见鼠标使用方法：左键：‐选中目标，或菜单命令中键：‐转动‐平动‐移动目标右键：‐SE 和DBV‐弹出式菜单三键鼠标‐双键鼠标对应关系：2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE支持的输入\输出文件格式13“剪切和粘贴”，MOE支持与标准化学结构绘图软件之间拷贝和粘贴三维图形渲染可保存为出版物支持各种格式图片.MOE支持导入各种类型格式的文件：MOE、PDB、TriposMOL2、SD等.MOE可以将结果导出为各种类型的文件：MOE、PDB、TriposMOL2、SD等.2010©CloudScientificAllRightsReserved将化学结构粘贴至MOE141.使用（MOE|Edit|Paste）将ChemDraw、ISISDraw、ACDChemSketch绘制的化学结构从剪切板粘贴至MOEclipboard2010©CloudScientificAllRightsReserved练习：打开文件151.1.使用(MOE|File|Open)打开MOEOpen面板2.MOEOpen面板出现，并列出当前工作目录下所有文件2010©CloudScientificAllRightsReservedMOEOpen面板术语解释–(File|Open)16常用路径列表对选中文件的操作强制打开文件类型将当前路径设置为工作目录(CWD)当前路径在文本编辑器中打开文件在MOE中打开目录中的文件路径文本‘..’转至上层目录2010©CloudScientificAllRightsReserved练习：打开文件（续上）174.找到文件$MOE/sample/mol/sulph_quin.moe5.可以用两种方式打开该文件:a)选中文件，然后点击’OK’或‘OpeninMOE’按钮b)选中并双击此文件.3.在Open面板中，使用下拉菜单，将当前目录切换至$MOE/sample/mol2010©CloudScientificAllRightsReserved练习：打开文件（续上）186.将分子视角切换至视野中央(RBB|View).7.将分子渲染模式改为Stick模式：(Popup|Atoms|Stick).2010©CloudScientificAllRightsReserved用左键选中原子19左键拖拽：选中框Ctrl+左键：将选中范围扩展到整个残基Shift+左键：添加再次选中的原子左键点击，一次选中一个原子注意在此种情况下Ctrl+左键的选中效果：由于整个分子只包含一个残基，因此整个分子将被选中2010©CloudScientificAllRightsReservedMOESelectionMenu20高级选择保存或恢复选中集合根据属性、元素等进行选中取消选择对受体/配体复合物基于知识的任意部份选择扩展选中集合将SE中的选中状态与MOE窗口同步反选2010©CloudScientificAllRightsReserved原子的选择21选中选项：1.可及性2.手性3.连接性4.几何结构5.药效团6.蛋白质(e.g.alpha碳)逻辑操作根据元素或原子类型选择根据键、分子、残基、二级结构等选中保存或加载选中集合选中约束根据原子名称选择根据SMILES选择一般选中选项(MOE|Selection|AtomSelector)或(RBB|Select)将选中范围扩展到指定半径内2010©CloudScientificAllRightsReserved用中键移动原子22中键点击原子：选择转动中心中键拖拽：XY平动XY转动Shift+中键拖拽：Ctrl+中键：缩放Alt+中键：沿XY轴旋转移动选中原子AltShift+中键：2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE鼠标使用总结:23左键点击：一次选中一个原子中键拖拽:XY转动左键拖拽：选中框Ctrl+中键拖曳或者滑轮转动：放大/缩小右键点击:快捷菜单中键点击原子作为转动中心无原子区域点击:取消选择2010©CloudScientificAllRightsReserved练习：MOE中的分子渲染241.取消选中所有原子.2.使用左键拖拽框选中部分原子，然后用SpaceFilling模式渲染该部分：(Render|SpaceFilling)3.选中其它部分的原子，然后将渲染模式设置为：stick、ballandstick、或lineMOE渲染模式应用：当没有原子被选中时，默认应用于所有原子；当有原子被选中时，应用于选中原子.2010©CloudScientificAllRightsReservedMOE渲染菜单25视角中心隐藏或显示选中原子原子/分子的渲染蛋白质/DNA骨架渲染绘制氢键,VDW相互作用,标记原子,坐标轴,etc.立体显示模式的选择:左右，平行显示设置2010©CloudScientificAllRightsReserved练习：绘制氢键并标记原子261.使用(MOE|Render|Draw|HydrogenBonds)绘制检测到的氢键2.使用(Popup|Atoms|Name)根据原子名标记原子3.用(Popup|Atoms|X)清除已有标记2010©CloudScientificAllRightsReserved显示设置面板(VisualizationSetupPanel)271.改变默认渲染的配色、度量设置，使用(MOE|Render|Setup…)打开VisualizationSetup面板2.VisualizationSetup面板2010©CloudScientificAllRightsReserved练习:用MOE作图281.在VisualizationSetup面板中将Theme改为Schematic.2.点击SavePicture…可以打开Save面板，将当前工作区保存为图片格式2010©CloudScientificAllRightsReserved练习:用MOE作图(续上)293.键入sulph_quin.png作为图片名.4.选择inch作为Dimension的单位,大小设置为6x4.5.点击Save保存图片2010©CloudScientificAllRightsReserved练习:构建2D分子301.用(MOE|Compute|2DMolecules)将MOE里的3D分子自动绘制成2D分子2.在2DMolecules面板显示分子的2D结构2010©CloudScie