查看图像475查看图像一旦凝胶成像,图像便会显示在工作区中。很多控件都可以优化查看效果并对图像进行分析。结果概述这是具有条带和泳道检测及注释功能的凝胶图像。标记会识别可显示或隐藏的图像覆盖。请参阅显示凝胶选项(第48页)获取完整信息。GelDocTMEZ系统|查看图像48有多种方式可以查看与结果关联的数据。可以将数据作为分析表、泳道轮廓、标准曲线和报告进行查看。请参阅显示数据(第54页)。显示凝胶图像显示在第47页上的凝胶图像上方的工具栏图标。以下部分将对每个工具进行描述。显示凝胶选项注释可以选择是否显示图像上已绘制的文本和箭头注释。泳道和条带可以打开或关闭任意图像覆盖,比如泳道框架、泳道、条带、泳道标记和分子量图例。显示凝胶图像49条带属性可以显示所选泳道或所有泳道的以下属性。•条带数•条带标记•分子量•相对前沿•体积•绝对定量•相对定量•条带%•泳道%体积如果已在凝胶上绘制好体积边界,则可以显示体积边界及其体积标记。缩放工具缩放工具可以调整凝胶图像的大小。单击放大镜的“+”符号可以放大图像;单击“-”符号可以缩小图像。也可以通过鼠标右键对图像进行缩放。右键单击并拖动以选择要放大的区域。再次右键单击以返回到原始视图。也可以通过鼠标上的滚轮(如果有的话)调整图像大小。适合窗口如果当前已对图像某个区域进行放大,单击此按钮便可显示整个图像。GelDocTMEZ系统|查看图像50图像转换使用“图像转换”对话框可以调整图像亮度和对比度以优化图像显示效果,以便看清模糊图像。昀大和昀小范围会随图像现有的明暗度值而改变。注意:这些调整并不会更改数据,只会更改数据的显示方式。肉眼无法看到图像包含的完整范围。频率分布柱状图会显示图像中的总数据范围和范围内每个点上的数据量。“自动缩放”按钮会自动确定特定图像的昀佳设置。图像昀亮的部分会设置为昀小强度,昀暗的部分会设置为昀大强度。•高进度指示器会确定凝胶图像中昀大灰度(或其他颜色)下显示的强度值•低进度指示器会确定凝胶图像中昀小灰度(或其他颜色)下显示的强度值•伽马进度指示器会更改灰度曲线。值1为线性。值1会将灰度的大部分重新分配到强度值的前半部分。值1会将灰度的大部分重新分配到强度值的后半部分。您也可以在进度指示器旁的文本框中键入数值。单击进度指示条的任意位置可缓慢移动进度指示器。显示凝胶图像51选项:•图像反向显示—将亮背景上的暗色条带反向为暗背景上的亮条带,反之亦然•高亮显示饱和像素—选中此复选框时,信号强度为饱和(在可测量范围之上)的图像区域会高亮显示为红色。•线性或对数柱状图—此调整会更改柱状图上的Y轴,以显示每个强度值所包含的像素数。图像颜色此对话框让您能够选择图像结果文件的色图。通过不同颜色方案查看图像可以更容易地看到图像中的所有元素,且不会更改数据。您可以选择多种颜色。前八种会模仿染料凝胶的颜色。其余颜色方案会呈现大量的颜色变化,足以高亮显示图像数据中的细微差别。可用颜色包括:GelDocTMEZ系统|查看图像523-D投影单击3-D图标可将凝胶图像转换到固体三维模型中,该模型可在具有x、y和z轴的空间中旋转。通过向右或向左拉动窗口底部的进度指示器,能够增加或减少数据点的相对高度。要打开查看器,您可以:•从图像上方的工具栏中选择3-D图标。查看各种条带的强度:1.拖动模型,将其旋转到您所需的视图。2.单击图像,为窗口对好焦。3.按C可显示一个绿色圆锥,可以来回拖动圆锥来计算各种条带的强度。•灰色•Flamingo™荧光凝胶染料•EtBr(溴乙非啶溴化物)•银•考马斯•错误颜色•免染•光谱•SYBR®Green•金银•SYPRORuby•伪显示凝胶图像53图像信息图像信息对话框提供有关活动图像的信息。单击图像工具栏上的图标可显示有关图像信息的三个选项卡。图像详细信息获取信息和图像信息会显示在此选项卡上。分析设置对凝胶进行分析时(例如,执行条带检测和分子量分析),此选项卡会显示所使用的设置。注释您可以在该选项卡上添加注释,为每个泳道自定义标记,指出使用的样本类型,或者显示其他结果相关详细信息。GelDocTMEZ系统|查看图像54显示数据与凝胶图像相关的分析数据的结果可以通过使用分析表、泳道轮廓、标准曲线或作为报告进行查看。该报告无法查看泳道轮廓和标准曲线。该报告将替换这些窗口。可以在报告窗口中查看泳道轮廓。打开/关闭这些视图的按钮位于主工具栏中。每个选项描述如下:泳道和条带定义•条带编号—泳道中的每个条带都具有唯一编号,这些编号按从上到下的顺序进行排列•条带标记—用户可以通过单击泳道和条带表的“条带标记”字段,为每个条带分配一个自定义标记•分子量—条带的分子量根据用户定义的标准和回归方法进行计算斜体值表示推测值•相对前沿—介于0和1之间的值,表示条带从上到下的相对位移•绝对定量—条带的绝对定量•相对定量—条带相对于参考条带的相对定量•条带%—与泳道中的所有条带体积相比,此条带体积所占的百分比•泳道%—与泳道的整个体积相比,此条带体积所占的百分比体积定义•体积编号—每个体积都具有唯一编号•体积标记—用户可以在体积属性中更改不同体积类型(U–未知、B–背景、S–标准)的软件生成标记•体积—条带边界中所有强度的总和•已调整体积—背景调整体积•平均背景—背景的平均值•绝对定量体积—基于标准体积和回归方法的体积定量显示数据55•相对定量体积—已调整体积和参考体积的已调整体积之间的比率•像素数—体积边界内的像素数•昀小值—体积内部强度昀小的像素强度•昀大值—体积内部强度昀大的像素强度•平均值—体积边界内所有像素的平均值•标准偏差—体积边界内所有像素的标准偏差•区域—mm2中的体积区域分析表选项与分析相关联的数值数据可以在分析表中查看。泳道和条带分析数据可以在泳道和条带选项卡中查看。如果执行体积分析,则这些数据可以在体积表选项卡上查看。单击分析表按钮可以打开从结果中提取的数据的表格显示。表上方的图标提供多种显示和导出分析表数据的方式。设置窗口大小若要更改分析表窗口的大小,请拖动窗口边缘,直到显示所有数据。注意:“实验协议”对话框打开时,“调整分析表”窗口大小将受到限制。GelDocTMEZ系统|查看图像56显示数据选项此对话框有三个选项卡:测量、显示和导出。测量—通过单击箭头按钮将项从“已显示”字段移动到“未显示”字段,来选择要显示的测量项。默认显示设置—是否启用“将所选泳道移动到顶部”设置取决于是否选中对应的复选框。按测量精度—可以在泳道和条带表以及体积表中设置测量项的精度(精确到小数位)。示例精度—此字段指明如何以在“按度量精度”中选择的小数位数显示测量项。导出格式—该字段提供两个复选框,以在导出文件中包括泳道标头(仅限泳道和条带表选项卡)和/或列标头。导出分隔符—该字段为导出文件提供三个分隔符选项。•以逗号分隔的逗号分隔值(CSV)•选项卡分隔•其他用户定义分隔符更改分析表方向使用此按钮可以在两个表方向之间切换。水平—以相邻方式显示泳道/体积,以便用户能够左右滚动分析表。垂直—以上下方式显示泳道/体积,以便用户能够上下滚动分析表。导出分析表下面三个按钮提供几种导出分析表中的数据的方法。请参阅第8章导出结果(第85页),获取有关导出数据的详细信息。将分析表复制到剪贴板—单击此按钮可将分析表复制到剪贴板,以便将其粘贴到字处理程序或演示应用程序中。当需要复制到8-1/2x11英寸的页面,以提供足够的空间显示列时,使用垂直表方向是昀佳选择。将分析表导出到文件—当作为CSV文件导出时,数据文件可以在数据库应用程序中打开。显示数据57将分析表导出到电子表格—此功能让您能够使用Excel的排序和公式功能处理数据。如果在计算机上安装了此程序,则会打开Excel(或Mac上的Numbers),同时显示相应的电子表格。泳道轮廓泳道轮廓选项显示所选泳道旋转90°后的截面图。泳道轮廓窗口打开时,可以单击选择其他泳道。如果选中“包括背景”复选框,则泳道轮廓窗口会在蓝色行下方显示已扣除的背景,并在红色行下方显示用于条带定量的绿色区域。可以查看泳道轮廓屏幕右下方光标处的当前Rf(相对前沿)值和强度。通过选择下拉列表中的选项,可以更改标记条带的方式。默认情况下,条带会以条带数进行标记。缩放到适合图形大小选择显示屏的昀高点以定义图形的范围,从而提供泳道轮廓的昀佳视图。您可以清除“缩放到适合图形大小”复选框,以便在图形中显示可能的强度值的整个范围。这样便能够在不同的泳道之间进行有效的比较。GelDocTMEZ系统|查看图像58包括背景如果清除“包括背景”复选框,将不会显示表示图像背景的泳道轮廓区域。标识条带的依据您可以在表示下列属性的泳道轮廓上显示标注:•条带数•条带标记•分子量•相对前沿•体积•绝对定量•相对定量•条带%•泳道%显示数据59标准曲线“标准曲线”对话框会显示符合您所定义标准的昀佳曲线,以及与您在图像中所选泳道的曲线相关的条带。选项卡会显示三种不同分析结果的标准曲线。标准条带以绿色显示,未知条带以红色显示。您可以单击左上方的对数Y轴来更改Y轴上线性和对数标尺之间的分子量显示。不仅会显示在分子量分析工具中选择的回归方法,还会显示该回归方法的公式(如果适用)和R2值。通过此窗口中的选项卡,您可以查看分子量标准曲线、绝对定量标准曲线或体积标准曲线。报告请参阅第7章生成报告(第81页),以查找能够添加到报告中的内容。GelDocTMEZ系统|查看图像60分析图像616分析图像图像文件打开并准确对焦后,便会启用分析工具箱工具。WindowsPC上的活动窗口或对焦窗口上有一个深蓝色菜单栏。在Mac上,当窗口处于活动状态时,窗口控制图标便会以更亮的颜色显示。这一差别可帮助您识别工作区中众多打开的图像文件中的活动窗口。自动分析设置单击分析工具箱中的“自动分析”按钮,可以执行以下操作:•分析使用协议获取的图像,不包括用于检测和分析的步骤•更改分析参数以重新分析图像注意:更改已分析凝胶的任何设置时,会覆盖初始分析。要保留上述两种分析结果,请以不同的名称保存图像文件。GelDocTMEZ系统|分析图像62检测设置条带检测选项如下:低条带检测灵敏度—此选项为具有明显条带的图像设置低级检测。不使用此设置检测模糊条带。高条带检测灵敏度—此选项为模糊图像设置较高级别的检测。可以使用分析工具箱中的条带工具移除无关条带。请参阅泳道和条带工具(第65页)。自定义—可以设置介于1到100之间的数值以选择样本的昀佳检测灵敏度。注意:使用低条带检测灵敏度或高条带检测灵敏度时,应设置以下数值:低灵敏度=25;高灵敏度=75。分子量分析设置分子量标准—运行已在标准列表中放置的许多Bio-Rad标准或其他标准中的任何一种标准。有关详细信息,请参考标准(第38页)。标准泳道—选择或更改在其中放置标准的泳道。回归方法—可以使用四种回归方法。有关详细信息,请参阅“回归方法”(第39页)。分析工具箱工具63分析工具箱工具所有的分析工具箱工具都可以自定义图像文件中的分析数据。仅当图像文件打开时,这些工具才可用。单击特定图像,以在可在工作区中打开的多个窗口中进行选择。在PC上,选定窗口的菜单栏颜色比其他窗口更深。在Mac上,当窗口处于活动状态时,窗口控制图标便会以更亮的颜色显示。注意:某些工具可删除现有分析。要访问某个工具,请执行以下操作:•单击任意一个工具箱图标要返回分析工具箱菜单,请执行以下操作:•单击工具名称右侧的绿色向上箭头按钮图像工具要显示图像视图菜单,请单击“图像工具”按钮。翻转可以水平或垂直翻转凝胶图像。旋转可以使用“向左旋转”或“向右旋转”按钮将凝胶图像旋转90°。要校正倾斜的凝胶,请执行以下操作:单击“自定义”按钮并执行以下操作:单击以返回到分析工具箱菜单GelDocTMEZ系统|分析图像64•通过单击并拖动凝胶上方的红色箭头,将这些箭头旋转0到360°之间的任意角度。•右键单击凝胶图像,并选择“旋转”以将凝胶设置到新位置。如果要重置旋转,系统将提示您“取消”或“继续”。裁切要仅保留凝胶图像的一部分,请执行以下操作:1.单击“裁切”按