如何使用pubmed进行 文献检索

PubMed文献检索天津医科大学图书馆刘娟[e-mail]教学内容一、PubMed简介二、检索规则与常用检索技术三、检索方式与途径四、检索结果处理五、注册六、练习题1.PubMed基本情况2.PubMed的由来3.PubMed的特点4.PubMed的数据收录范围5.PubMed主页一、PubMed简介1.PubMed基本情况PubMed是美国NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个以Web方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是继MEDLINE数据库国际联机检索和光盘检索之后推出的一种网络免费检索方式。一、PubMed简介包括2,100多万篇来自MEDLINE和其他生命科学期刊的生物医学文献最早可回溯到1948年提供部分全文和其他相关资源的链接一、PubMed简介2.PubMed的由来创刊:最早可以追溯到1879年美国NLM编译出版的医学文献检索刊物《医学索引》（IndexMedicus,IM）。一、PubMed简介1964年:为了实现IM的自动化编辑出版，NLM开发了“医学文献分析与检索系统”（MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystem,简称MEDLARS）.目前MEDLARS已拥有40多个数据库，其中最重要、最大、且发展最早的为MEDLINE(MEDLARSONLINE)生物医学数据库一、PubMed简介1971年:MEDLINE正式建成联机数据库，并通过MEDLARS开展国际联机检索服务。自MEDLINE投入联机检索服务以来，一直成为MEDLARS最大的使用频率最高的数据库。一、PubMed简介1983年：随着光盘技术的发展，MEDLINE光盘数据库建成，并得到了广泛的应用。1997年9月26日，MEDLINE网络版开通，取名PubMed，并向全球免费开放。一、PubMed简介很多医务工作者宁可在每次检索时都花上成倍的时间，却不愿花上几个小时去认真研究一下PubMed。君欲善其事，必先利其器，PubMed就好像一把功能强大的枪，你决不能仅仅满足于知道扣动扳机就可以发射子弹，更重要的是，你要知道如何利用准星瞄准，如何把这把枪的功能发挥到及至。一、PubMed简介3.Pubmed的特点收录生物医学权威期刊最多世界上70多个国家的7000多种权威期刊多种检索方法，多条检索途径时效性极强(每周更新)回溯年代久远（1948年至今）利用MeSH作为转换词表，标引质量高部分文献可以免费获取全文检全率、检准率高一、PubMed简介Publishersuppliedcitations（出版商提供的书目信息）PreMedlineMEDLINE与NCBI其它数据库的链接4.PubMed的数据收录范围一、PubMed简介4.1MEDLINE基本情况出版：美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine,NLM）。印刷版1879联机版1971光盘版1983网络版1997MEDLINE数据库简介收录范围：收录7538种（2009.10.11）权威期刊，包含50种语言，涉及70多个国家（其中中国48种），约40万篇/年，已经累计2100余万篇。内容涉及生物医学各个领域；85%原文为英语。回溯年代：1948年至今每条记录标有[indexedforMEDLIEN]标记学科范围：基础生命科学临床生命科学生物科学解剖学组织学化学与药物心理学社会医学农业医技设备学医技工业学医学信息学使用词表：MeSH（医学主题词表）MEDLINE数据库简介4.2PreMEDLINE是一种由正在加工处理中的文献记录组成的数据库，这些新记录还未被标引，暂时存放在PreMEDLINE数据库中。每天更新，经过标引（增加主题词、文献类型、数据库存取号等字段）以后转入Medline，一旦记录被转入到Medline数据库，就被从PreMEDLINE数据库中删除。每条记录标有[inProcess]标记。Pre-Medline最新信息MedlineNewDataCollectPubMedProcess一周以后（出版商提供的书目信息）出版商直接向PubMed提供的非Medline收录的电子刊物，如：Science或Nature中的地质学文献等。每条记录标有[assuppliedbypublishers]标记。4.3Publisher-SuppliedCitation[PubMed-indexedforMEDLINE][PubMed-assuppliedbypublisher][PubMed-inprocess]PubMed与MEDLINE的区别4.4与NCBI其它数据库的链接Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库PMC:PubMed中心，免费全文期刊检索与NCBI其它42个数据库的链接页面介绍PubMed主页高级检索入口基本检索输入框个人空间检索指南检索工具：特定文献检索临床咨询专题咨询其他资源：主题词数据库期刊数据库临床试验等Pubmed简介二、检索规则及检索技术检索规则1、自动转换匹配PubMed具有对检索词的自动转换匹配功能。对于输入检索框的检索词，PubMed按4个转换表进行对照、匹配和转换，然后进行检索。①MeSH表：包括MeSH的主题词、副主题词、款目词。②期刊刊名表：所收录的刊名全称、缩写和ISSN③短语表：文献篇名或文摘中出现的短语。④著者索引表：PubMed所收录的的作者姓名组成。1、自动转换匹配如果在4个词表的任何一个中找到匹配的内容，则匹配结束。例如：如果输入的检索词在主题词转换表中找到与其相匹配的主题词，则使用该主题词进行检索并结束匹配，不会在其他词表中进行匹配。检索规则1、自动转换匹配检索规则如果输入的单个词在4个词表中都未找到匹配的内容，其将被在Allfields中进行检索；如果输入的词组未找到匹配的内容，该词组将被拆成单词并分别对其进行匹配后将匹配结果以AND连接。输入的检索词被自动匹配后的具体检索式可通过检索结果页面右侧的Searchdetails栏中查看。如：renalfailurerenalinsufficiency[MeSHTerms]OR(renal[AllFields]ANDinsufficiency[AllFields])ORrenalinsufficiency[AllFields]OR(renal[AllFields]ANDfailure…结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词检索规则2、短语检索：如果在短语上加双引号，PubMed将不执行自动转换功能，也不进行MeSH词的扩检。例：“lungcancer”常用的检索技术1.布尔检索1.布尔检索2.截词检索（又称通配符检索）2.截词检索3.字段限制检索Pubmed常用字段文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期常用字段标识符电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号4.扩展检索＊5.加权检索（主要用于Mesh主题词检索）加权检索的基本方法是：在每个提问词后面给定一个数值表示其重要程度，这个数值称为权，在检索时，先查找这些检索词在数据库记录中是否存在，然后计算存在的检索词的权值总和。权值之和达到或超过预先给定的阈值，该记录即为命中记录。加权检索的侧重点于判定检索词或字符串在满足检索逻辑后对文献命中与否的影响程度。运用加权检索可以命中核心概念文献，因此它是一种缩小检索范围提高检准率的有效方法。三、检索方式与途径1、基本检索2、高级检索3、主题词检索4、期刊检索5、题录检索6、临床咨询7、临床试验在检索栏中输入:一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索）例：aloepsoriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）1、基本检索1.1自由词检索对于输入PubMed的多词词组，PubMed会查询词组索引，如果查到相应词组则将其作为一个检索词来检索。如果未查到相应词组，则将其拆分成单个词，分别进行检索并以逻辑和（AND）进行组配。1、基本检索1.2词组检索如：singlecell相当于检索singleANDcell。可通过如下方式强制将其作为一个词组进行检索：1.加双引号：“singlecell”2.加标段标识[tw]:singlecell[tw]3.使用短横线“-”将两词连接起来：single-cell4.使用截词符*：singlecell*1、基本检索1.2词组检索1、基本检索1.3字段限制检索常用字段标识符Affiliation[AD]：第一作者所属单位和地址Author[AU]：作者姓名Language[LA]：原文语种chinese[la]或chi[la]（前3个字母）MeSHTerms[MH]：主题词自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使[mh:noexp]MeSHSubheadings[SH]：副主题词自动扩展下位副主题词；如需关闭该功能，使用[sh:noexp]常用字段标识符PublicationDate[DP]：出版时间1998/03[dp];1998[dp];1996:1998[dp];1998/01:1998/04[dp]PublicationType[PT]：出版类型review[pt]Title[TI]：文章题名TextWords[TW]：文本词包括Title,Abstract,MeSHTerms,MeSHSubheadings,ChemicalSubstanceNames,PersonalNameasSubject等字段Title/Abstract[TIAB]：题名摘要刊名:Source[SO]、Journal[Jour]、JournalTitleAbbreviation[TA]1、基本检索1.3字段限制检索（标题、语种）在检索栏中输入:例：livercancer[ti]ANDchinese[la]1、基本检索1.3字段限制检索（刊名）在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[so]例：JAMA[so]1、基本检索在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[jour]例：JAMA[jour]1.3字段限制检索（刊名）1、基本检索1.3字段限制检索（刊名）在检索栏中输入:刊名输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式,[ta]例：JAMA[ta]1、基本检索1.4著者检索作者书写格式西方人姓名书写格式：Firstname、MiddleName、Lastname。如：美国肯尼迪总统名为：JohnFrankKenedy，Kenedy为Lastname（姓）。Frank为Middlename，比较少看到，多看到JohnF.Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,Jo