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1Cytoscape2.6使用手册郑国毅译目录目录..................................................................................................................................................1一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：...............................................................................2Cytoscape2.6的新特点.........................................................................................................2Cytoscape的安装...................................................................................................................3系统性能的要求......................................................................................................................3安装过程..................................................................................................................................3开始应用..................................................................................................................................3内存的消耗说明......................................................................................................................4栈的大小分配..........................................................................................................................4Cytoscape的界面...................................................................................................................5菜单..........................................................................................................................................6File（文件）..................................................................................................................6Edit（编辑）..................................................................................................................7View（视图）..................................................................................................................7Select(选择)..................................................................................................................7Layout（布局）..............................................................................................................7Plugins（插件）............................................................................................................8Help（帮助）..................................................................................................................8二、入门Cytoscape.......................................................................................................................9三、Cytoscape中基本的数据表达分析.....................................................................................162一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。它可以通过插件扩展的，为了适应快速发展的附加的计算分析和和其他功能。他最先用于生物学，为了整合分子间相互作用的网络（高复杂的，和其他的分子状态信息）。虽然适应任何分子系统的结构和相互关系。他是非常强大的，在于联合大的数据库（蛋白质，DNA，和对人类和生物日益重要的遗传）。Cytoscape允许可视化的网络与文件，显型，其它分子状态信息，和链接网络到功能注释。Cytoscape的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也就是边Cytoscape的发展Cytoscape软件是由以下的机构联合完成的：InstituteforSystemsBiology(LeroyHoodlab),theUniversityofCaliforniaSanDiego(TreyIdekerlab),MemorialSloan-KetteringCancerCenter(ChrisSanderlab),theInstitutPasteur(BennoSchwikowskilab),AgilentTechnologies(AnnetteAdlerlab)andtheUniversityofCalifornia,SanFrancisco(BruceConklinlab).可以访问(LesserGeneralPublicLicense)保护的。它是这个使用手册的附属品，但是可以在线找到。Cytoscape包括许多的开源库，详细的解释在这个使用手册/Acknowledgements下。Cytoscape2.6的新特点Cytoscape2.6包含了许多新的特色，增加改进软件的执行性和可用性。这些新增功能包括：WebServiceClientManagerframeworktointegratewebserviceclientsintoCytoscape.网络客户服务管理ٛWebServiceclientpluginsfordownloadingnetworksfromPathwayCommons,IntAct,andNCBIEntrezGene.网络客户服务插件从路径命令。IntAct和NCBIEntrezGene下载ٛAnnotationimportwebservicepluginforBioMart.ThisismainlyforIDtranslation/synonymmapping.注释进入BIoMart，这是一个主要的ID翻译/同义映射。ٛCytoscapethemes.Cytoscape主题ٛDynamicfilters.动态过滤ٛNetworkManagersupportsmultiplenetworkselection.网络管理支持多个网络的选择。ٛLabelPositioninghasbeenimproved.标签位置的改进ٛSessionsavingoccursinmemory.节的保存记录ٛXGMMLImprovements.改良的XGMMLٛNetworkloadingimprovements.改良的网络加载。ٛLinkoutintegratedwithattributebrowser.Linkout与属性浏览器整合。ٛExtrasampleVisualStylesusingnewvisualpropertiesintroducedin2.5.新的可视化道具。ٛMany,manybugfixes!很多的嗅探器。3Cytoscape的安装首先要安装Java程序，才能够在Linux,Windows,andMacOSX系统上运行。虽然没有职位上的支持关系，其它的UNIX平台例如SolarisorFreeBSD需要高于Java5以上的版本。系统性能的要求Cytoscape的系统性能要求主要取决于它要处理的网络的大小、视图和操作。小型网络的可视化大型网络的分析和可视化主频1GHz尽可能的快内存512MB2GB以上显卡集成显卡专业的显卡显示器XGA（1024×768）宽或双安装过程第一步:安装Java程序Cytoscape2.5willno如果你的计算机没有安装，请下载JavaSE5或6.Cytoscape2.5不能再运行在低于Javaversion1.4x的版本下。你必须安装JavaSE5或6。一般说来，JavaSE6比5快。如果你的机子兼容6系列，请应用version6。第二步：安装Cytoscape软件Cytocape的下载和安装有很多方案。所有的方法都可以从、自动安装适合Windows，MacOSX和Linux系统2、你可以通过压缩包安装3、你可以利用源代码建立Cytoscape4、你可以升级你的软件Cytoscape安装（不包括平台）包括以下文件和目录文件描述cytoscape.jar主要的Cytoscape应用文档（Java文档）cytoscape.sh通过控制命令运行Cytoscape(Linux,MacOSX)cytoscape.bat手动运行Cytoscape（Wingdows）LICENSE.txt/htmlCytoscapeGNULGPL许可lib/库文件docs/不同版本的使用手册licenses/Cytoscape不同库分布许可证plugins/在.jar格式中，目录包含插件sampleData/galFiltered.gml--样本分子交互网络文件galFiltered.