PDB数据库

ProteinDataBank取材自葉雅玲PDB(ProteinDataBank)•蛋白質資料銀行，收集了全世界利用核磁共振、X-ray繞射實驗、理論模擬所解出來的蛋白質和DNA的三度空間立體結構•此資料庫所提供的資訊是全球最重要的蛋白質結構資料來源。主要的資訊有，原子的空間座標、引用文獻、形成α-helix和β-sheet的胺基酸序列、雙硫鍵連結模式、與蛋白質結合的ligand、參與生化功能的residueFirstlineoftheentry,containsPDBIDcode,classification,anddateofdeposition.Descriptionofmacromolecularcontentsoftheentry.Listofkeywordsdescribingthemacromolecule.Experimentaltechniqueusedforthestructuredetermination.Literaturecitationthatdefinesthecoordinateset.REMARKrecordspresentexperimentaldetails,annotations,comments,andinformationnotIncludedinotherrecords.胺基酸序列232個胺基酸的序列胺基酸序列的來源─UNIPROTdatabaseIdentificationofhelicalsubstructures.Identificationofsheetsubstructures.Identificationofturnsandothershortloopturnswhichnormallyconnectothersecondarystructuresegments.胺基酸位置X軸的座標Y軸的座標Z軸的座標胺基酸出現的原子Chainterminator.StructureDetails→Description、PolymerType、FormulaWeight、LigandsProteinDetails→UniProtInformation、ECnumber、AssociatedPathwaysandCatalyticSites、PFAMFunctionalDomainsGeneDetails→GeneticSourceX-RAYMaterialsandMethodsReport下載胺基酸序列及二級結構的資訊以fasta下載胺基酸序列BondLength、BondAngle、DihedralAnglePractice:pleasefind1by3andpointout:•1.ExperimentalMethod•2.Classification•3.Source•4.Ligand•5.Aminoacidsequence•6.secondarystructure•7.Disulfidebond