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Sample&AssayTechnologies全面的PCR阵列技术参考关注您的通路RT2ProfilerPCRArray：聚焦疾病与通路研究2：聚焦疾病与通路研究04/2015RT2ProfilerPCRArrayRT2ProfilerPCRArray是什么?RT2ProfilerPCRArray是一种高度可靠且灵敏的基因表达谱分析技术，它利用实时定量PCR分析信号转导、生物过程或疾病研究通路中聚焦的一组基因。目录上的每个RT2ProfilerPCRArray都包含一列通路聚焦的基因以及5个看家（参考）基因。此外，每个阵列还包含一组专利的对照，以监控基因组DNA污染（GDC）以及第一链合成（RTC）和实时定量PCR的效率（PPC）。为什么要使用RT2ProfilerPCRArray?n简约：RT2ProfilerPCRArray的简约让常规的表达谱分析可在任何科研实验室的实时定量PCR仪上实现n性能：RT2ProfilerPCRArray具有灵敏度、重复性、特异性和可靠性，可准确地以96和384孔板、100孔盘管和96×96芯片形式同时分析多个基因n关联：RT2ProfilerPCRArray着重分析对您的研究很重要的通路或疾病状态相关的基因图1.RT2ProfilerPCRArray中的每孔测定了与通路或疾病状态相关的基因的表达。Atypical96-wellformatisshown.Thisisalsoavailableina384-wellplate,100-welldisc,and96x96chipformat.RT2ProfilerPCRArray：聚焦疾病与通路研究04/2015Sample&AssayTechnologies3图2.可比的生物学结果。*GeneexpressionanalysiswascomparedbetweenRT2ProfilerPCRArrays(SYBR®Green-based)andtheTaqMan®platform.Regressionanalysisoffolddifferences,withdatanormalizedagainstPOLR2A,demonstratethatbothplatformsyieldsimilarbiologicalresults.图4.StressandToxicityPathwayFinderRT2ProfilerPCRArray揭开了不同的基因表达谱，它们与3种PPARγ拮抗剂引起的肝毒性相关。RNAfromHepG2cellstreatedwiththreedifferentglitazonePPARγagonistsfortype2diabetesmellituswascharacterized,andtheresultswerecomparedtothatofavehicle(DMSO)control.Thedrugwithdrawnduetoidiosyncraticlivertoxicity(Rezulin®),inducesverydifferentchangesintheexpressionofstress-relatedgenesthantwosaferdrugsstillonthemarket(Avandia®andActos®).图5.CommonCytokineRT2ProfilerPCRArray鉴定出PBMC刺激后23个上调的基因和6个下调的基因。TriplicatetotalRNAsamplesfromhumanperipheralbloodmononuclearcells(eitheruntreatedorstimulatedwith50ng/mlPMAand1mg/mlionomycinfor6hours)werecharacterizedwiththehumanCommonCytokineRT2ProfilerPCRArray.Twenty-threecytokinegenesareup-regulated(5-fold,p0.0005)includinginterleukins,colonystimulatingfactors,andTNFligandsafter6hoursofstimulation.SixinterleukinandTNFligandgenesaredown-regulatedunderthesameconditions.图6.利用AngiogenesisRT2ProfilerPCRArray发现的无序和有序克隆之间的相对倍数变化。†RNAisolatedfromunorganizedT4-2cellstreatedwithacontrolantibody(IgG)orrevertedtoanorganizedcolonybyblockingEGFRsignaling(mAb225)wasreversetranscribedandrelativegeneexpressiondatawasobtainedusingthehumanAngiogenesisRT2ProfilerPCRArray.Theexpressionprofileof84genesrelevanttoangiogenesisaswellas5housekeepinggeneswereassayed.FoldchangecalculationsweredoneusingSABiosciences’dataanalysissoftwarewhichautomaticallycalculatesthefoldchangeingeneexpressionbetweenthetreatedandcontrolgroups.图3.RT2SYBRGreenvs.TaqMan试剂的灵敏度。*PCRampliconsdetectedusingthesameprimerpairwithorwithoutTaqManprobesineitherSYBRGreenorTaqManchemistry.SYBRgreenchemistryyieldsearlierCTsforeachdilution,demonstratingbettersensitivitythanTaqManchemistry.*Arikawa,E.,etal.(2008)Cross-platformcomparisonofSYBRGreenreal-timePCRwithTaqManPCR,microarraysandothergeneexpressionmeasurementtechnologiesevaluatedintheMicroArrayQualityControl(MAQC)study.BMCGenomics9,378.†Chen,A.,etal.(2009)Endothelialcellmigrationandvascularendothelialgrowthfactorexpressionaretheresultoflossofbreasttissuepolarity.CancerResearch69,6721.4：聚焦疾病与通路研究04/2015RT2ProfilerPCRArray系统RT2ProfilerPCRArray系统如何工作RT2ProfilerPCRArray是一个完整的系统，适用于通路聚焦的基因表达分析。从样品制备到数据分析，RT2ProfilerPCRArray系统包含了四个组分，可保证高质量、重复可靠的基因表达数据。作为RT2ProfilerPCRArray系统性能中不可缺少的一部分，一组专利的对照元素可增强数据的可靠性，且随着时间的推移，可充当性能的保证。这些对照让研究人员能够确定样品是否被基因组DNA（gDNA）所污染，逆转录反应的质量和实时定量PCR的效率，从而快速评估数据的质量。RT2ProfilerPCRArray系统中的每个组分都融入了一个联锁系统（interlockedsystem），有助于这些质量对照元素，以便全面监控过程中的每一步。nRT2ProfilerPCRArray每个通路聚焦的RT2ProfilerPCRArray都包含89个实验室验证过的RT2qPCRPrimerAssay（包括5个看家基因）和7个质控反应孔。nRT2SYBRGreenqPCRMastermixes随引物设计算法而演化的缓冲液独特配方带来了高的扩增效率。目前有参考染料可供选择（ROX™、Fluorescein或不含）。nRT2FirstStrandKitRT2FirstStrandKit用于cDNA合成，此外它还特有一款专利的基因组DNA去除缓冲液，这对去除残留gDNA、确保mRNA的特异检测很关键。n免费的数据分析软件RT2ProfilerPCRArray评估一组通路聚焦的基因表达产生了大量的数据。有了我们免费的RT2ProfilerPCRArray数据分析工具，原始CT值到倍数变化的结果（散点图、火山图、聚类图）都能在几分钟之内获得。RT2ProfilerPCRArray：聚焦疾病与通路研究04/2015Sample&AssayTechnologies5什么是定制的RT2ProfilerPCRArray?定制的RT2ProfilerPCRArray采用一种高通量的方法对您感兴趣的基因进行表达谱分析。您可以选择人、小鼠、大鼠、狗、恒河猴、猪、鸡、牛、马、兔、CHO细胞、果蝇、斑马鱼等物种中的几乎任何基因（最多384个不同基因）。无论您的兴趣是生物标志物发现、芯片后续研究、药物开发、疾病鉴定，还是信号转导通路，定制的RT2ProfilerPCRArray都能实现您感兴趣基因的聚焦表达分析。为什么要定制RT2ProfilerPCRArray?n性能：定制的RT2ProfilerPCRArray中的每个分析都是利用一套严格的参数设计的，并经过实验室验证，以确保您样品中宽动态范围内的基因都能重复识别和定量n灵活性：定制的RT2ProfilerPCRArray有多种易于使用的形式可供选择，便于快速上样和数据分析图7.nA基因组DNA污染的去除。RNAfromHEK293Tcells,mousespinaltissue,mousebraintissue,orratbraintissuewascharacterizedonRT2ProfilerPCRArraysbefore(lightbluebars)andafter(darkbluebars)treatmentwithgDNAEliminationBufferfromtheRT2FirstStrandKit.nB监控逆转录中的抑制。HumanuniversalRNAwasaddedwithmagnesiumsalttosimulateRNAdegradationoraddedwithTRIzol®reagenttosimulatecontaminationthatinhibitsenzymeactivity.RT²FirstStrandKitwasusedforcDNAsynthesis.定制的RT2ProfilerPCRArray：平板形式6：聚焦疾病与通路研究04/2015图8.MECP2小鼠模型中下丘脑的基因表达变化。Validationofexpressionchangesfor66genesbyqPCRanalysis.GeneexpressionlevelsfrommicroarrayanalyseswerevalidatedinfourMECP2-TgmalesandfourMecp2-nullmales.Dataisplottedasrelativeup-regulat