outdockvina分子对接操作手册

英文标题:40-48pt颜色:R218G240B252使用字体:Arial中文标题:36-42pt颜色:R218G240B252字体:黑体英文副标题:24-32pt颜色:R218G240B252使用字体:Arial中文副标题:24-30pt颜色:R218G240B252字体:黑体客户或者合作伙伴的标志放在左上角.虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial主要内容1、对接理论部分a/分子对接介绍。b/靶点的选择、结合位点的确认；c/虚拟筛选的一般流程；2、对接实战部分a/小分子数据库的建设；b/软件AutoDockVina的介绍；c/实例演示。获得受体PDB文件和3D小分子数据库；受体对接前处理；受体结合位点的确定；晶格的生成；对接操作；结果查看与软件分析（蛋白文件准备、小分子文件准备、建盒子、对接）3、后续分析流程常用的后续小分子分析方法介绍；2虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial虚拟筛选3虚拟筛选实例分析是计算机辅助药物设计的核心技术之一。狭义上讲，基于分子对接的数据库搜索方法称为虚拟筛选。广义地讲，只要是基于某种问题形式的数据库筛选方法都可以称为虚拟筛选。虚拟筛选的目标是从几十到上百万个分子中，发现具成药性的先导化合物，降低实验筛选化合物数量，缩短研究周期，节约研究经费。配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial虚拟筛选基本方法4虚拟筛选实例分析LBVSSBVSLBVS是根据已知药物活性的一系列化合物的结构、理化性质与生物活性的分析，建立合适的查询结构，进而进行小分子库的搜索，如基于药效团模型的虚拟筛选。基于药效团模型的虚拟筛选是应用最多的LBVS方法之一。SBVS主要是指基于分子对接的虚拟筛选方法。虚拟筛选方法可分为基于配体结构的虚拟筛选(1igand-basedvirtualscreening，LBVS)和基于受体的虚拟筛选(structure-basedvirtualscreening，SBVS)两种形式。配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial5分子对接的最初思想起源于FisherE提出的“锁和钥匙模型”。即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配。配体受体复合物受体－配体的锁和钥匙模型虚拟筛选实例分析分子对接配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial6perfectmatch！虚拟筛选实例分析这类方法首先要建立大量化合物（例如几十至上百万个化合物）的三维结构数据库，然后将库中的分子逐一与靶标分子进行“对接”（docking），通过不断优化小分子化合物的位置（取向）以及分子内部柔性键的二面角（构象），寻找小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用及结合能。在库中所有分子均完成了对接计算之后，即可从中找出与靶标分子结合的最佳分子（前50或前100名）配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial分子对接的基本方法（1）刚体对接：指在对接过程中，研究体系（受体和配体）的构象不发生变化。适合考察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。（2）半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。（3）柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化，所以计算耗费最大。7虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial8配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial虚拟筛选流程9虚拟筛选实例分析(A)准备工作蛋白靶标化合物数据库分子对接结果(B)虚拟筛选对接软件：Autodockvina、Gold,Dock,Discoverstudio等。化合物数据库：pdbqt格式2D-3D软件openbabel蛋白靶标：来源PDB数据库结构分析软件MGLTOOLS配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial化合物数据库10虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial•PubChem()是由美国国家卫生研究所（NIH）建立的关于小分子生物活性的公共数据库.11PubChem•Pcsubstancecontainsabout120millionrecords.•Pccompoundcontainsnearly48millionuniquestructures.•PCBioAssaycontainsmorethan717,000BioAssays.•支持文本检索和结构检索虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial•PubChem检索可得到的结果包含了分子式、SMILES、2D和3D结构、InChI和InChIKey、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质，除此以外，还有该化合物作为药物的剂型和商品信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息，并通过文献分类副标题可以查看相关文献。12虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:ArialDrugBank•DrugBank（）是1个包含药物的结构、药效、作用靶标等信息的综合数据库，是由Alberta大学计算机科学和生物学系的DavidWishart博士最初建立的。13主要应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等方面。迄今，drugbank包含了6811种药物，1528种FDA批准的小分子药物，150种FDA批准的生物技术药，87种营养药和5080种实验药。每一种药物都有一个drugcard,每个drugcard包含150种数据字段，其中一半描述了药物信息，另外一半描述了药物靶标信息。虚拟筛选实例分析配色参考方案：建议同一页面内不超过四种颜色，以下是3组配色方案，同一页面内只选择一组使用。（仅供参考）英文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:Arial内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:Arial中文标题:18-24pt颜色:R89G89B89使用字体:黑体内文:12-16pt颜色:R137G137B137字体:黑体网址：14pt颜色:R0G91B172使用字体:Arial•药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药