计算ECD操作方法

量子计算ECD操作方法计算步骤：初始构象（NOESY,单晶结构,Chemdraw优化）Sybyl2.0Randomresearch结构优化（量子计算）能量计算（ECD光谱）图谱拟合（波兹曼能量分布公式）初始构象化合物PBAB-8NOESY（ROESY）：重要的相关信号参考类似化合物单晶结构Chemdraw优化类似化合物单晶结构化合物结构Chemdraw优化——构型导入Chem3D1、先在chemdraw里画好结构，并确定好构型。另存为mol格式。2、将mol格式导入到Chem3D里。如果导入之后构型没有发生变化，则直接进行能量最小化操作；若导入之后构型发生了变化，选中那个需要改变的手性碳，然后使用structure里的invert功能，变成想要的构型。3、能量最小化操作。Chemdraw优化——构型导入Chem3D后invertstructureChemdraw优化——能量最小化Chemdraw优化——能量最小化1、如上张幻灯片进行参数设置，然后点击run。2、待能量最小化结束之后，另存为sybyl2(*mol2)格式。8Sybyl2.0Randomresearch文件导入。File—importfile—mol2格式—OK。注意使用英文的文件夹，要不然显示乱码。Randomresearch参数设置。注意jobname是自动生成的文件夹，需要更改。结果分析Sybyl2.0RandomresearchSearch之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成mdb文件（文件名为之前设置的jobname名字），mdb文件夹里生成很多构象的mol2格式的文件。Search之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成tbl文件（文件名为之前设置的jobname名字），tbl文件在后面的结果分析analyzesearch中会用到。结果分析结果分析，打开tbl文件。结果分析tbl文件打开之后按能量排序。结果分析——使用chem3D软件1、根据能量由小到大排序，从能量小的开始逐个检查（用chem3D软件将mdb文件夹里的mol2结构打开），扣除不符合最初导入构型的构象。然后再看下能量差值，选择那些能量≤最小能量+6的构象，但是如果构象不是很多，可以把能量大于6的也加进去。2、利用NOESY相关关系，特别是一些远程相关信号，排除一些不符合NOESY相关关系的构型。3、将符合最初导入构型的构象另存为GaussianInput（*gjf）格式。gjf文件放在mdb文件夹里。结构优化能量计算量子计算1、结构优化打开gaussianview软件，打开gjf文件。Calculate—Gaussiancalculationsetup。参数设置按下面ppt设置。参数设置JobTitle里要有opt。“%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决定的。北医计算机的一个节点能够承受的“%nproc=”的总数为7。AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白。参数设置完成之后，点击edit—save——overwriteit。保存完之后，再打开此gjf文件参数可能会更改，所以保存完之后不要再打开。如果需要打开修改，一定要注意有些参数有没有改变。将存储路径：C:\Users\Administrator\CD-4.mdb\删除最终提交格式：%chk=CD-400016-opt.chk北医计算机结构优化按照1-7的步骤进行北医计算机结构优化北医计算机结构优化北医计算机结构优化最后生成的log文件一定要有normal提示，否则的话重新计算。2、能量计算1、将北医拷贝回来的log文件用gaussianview软件打开，然后点击file—save保存为gjf文件。2、再Calculate—Gaussiancalculationsetup。参数设置按下面ppt设置。2、能量计算AdditionalKeywords不填任何信息，保留空白。Title、Link0、Solvation的设置跟前面结构优化时参数规则一致。3、图谱拟合使用gaussVieW软件打开能量计算后的log文件，将E值写在excel中图谱拟合（波兹曼能量分布公式）•ΔG=-RTInK;•K=exp(-ΔG/R/T)•ΔG×627.5095(kcal/mol);•R=0.0019858955;T=298.15K•所有K值相加，取比例在0.01以上的-1543.4525790-1543.4473230.00525577-1543.4492140.0033642430用此软件打开最后能量计算得到的log文件Origin软件