Lammps VMD

Lammps计算与VMD显示简介1.模型格式转化（data文件）2.编辑输入文件（in文件）3.使用Lammps开始计算4.VMD实时显示LammpsLammps-Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator大规模原子分子并行模拟器一套分子动力学模拟编码系统，C++语言可以模拟各种液体，晶体以及高聚物的微观系统在Linux环境下运行的，它本身没有可视化后的图形界面模拟计算的过程都是在Linux终端执行Car格式模型结构：由MS导出Lammps工具包中msi2lmp.exe工具Cvff力场文件计算开始—分子建模（1）MS建立所需模型，通过Discover指定力场（2）导出.car和.mdf文件（3）使用msi2lmp.exe工具转化打开终端terminal打开终端terminalmsi2lmp.exe转换data文件格式得到lammps计算所需结构模型data文件：data-NaCl.lammps05Lammps计算结构模型data文件此处为势函数参数系数计算中通常在in文件内设置此处删除！然后保存得到data文件Lammps计算结构模型data文件输入文件：in文件Lammps执行程序复制输入in文件和lammps执行程序到计算目录中Lammps计算输入文件in文件周期性边界条件势函数设置读入模型数据势函数参数设置同种类型原子定义为一个group，便于数据后处理终端实时输出热力学信息数据设置imd接口，与vmd实时通讯，显示结构变化输出轨迹到文件选择系综NVT开始模拟指定in文件，使用lammps开始模拟指定in文件，使用lammps开始模拟等待VMD接口连接打开VMD加载初始模型结构等待VMD接口连接设置VMD接口连接imd连接成功计算开始计算开始Lammps自带例子演示Lammps自带例子演示Lammps自带例子演示Lammps自带例子演示Lammps自带例子演示Thankyou!