细菌的分类及命名

第六章细菌的分类及命名一、细菌的分类地位二、细菌的命名三、细菌分类鉴定的标准四、细菌的分类体系五、细菌的鉴定一、细菌分类学——对细菌进行分类，命名与鉴定的一门学科。任务：•在全面了解细菌生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源，演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统，并将细菌加以分门别类。细菌分类学包括分类，命名和鉴定1、细菌分类：根据细菌各自的特征，并按照亲缘关系分类，以不同等级编排系统。分类有两种：①细菌的生理生化分类法，包括有传统分类法和数值分类法。②细菌核酸、蛋白质结构的同源程度进行分类法，称种系分类或自然分类。2、细菌命名：在分类基础上，给每种细菌一个科学名称，便于交流并保证所有的科研工作者给予同样名称。3、细菌鉴定：将未知细菌按分类原则，确定细菌的分类地位。二、细菌的分类地位1、过去属于植物界，现在划为：原核生物•在兽医微生物中，古细菌不占重要地位古菌细菌2、细菌还包括–衣原体、立克次氏体、霉形体、螺旋体、放线菌等→对动物和人具有致病作用–蓝细菌、紫色光合细菌等界Kingdom(拉：Regnum)门Phylum(拉：Phylum))纲Class(拉：Classis)目Order(拉：Ordo)科Family(拉：Familia)属Genus（拉：Genus）种Species（拉：Species）3、细菌的分类单元细菌的分类单元与动植物一样，依次为科及科以上的划分在细菌不太完善，且随着研究的深入科属的划分会发生变动1、属（genus）性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属，与其他属有明显差异。2、种（species）是细菌学分类的最基本单元，生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种。3、菌株（strain）是不同来源的某一种细菌的纯培养物。三、细菌的命名1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(TheInternationalCodeofNomenclatureofBacteria)•学名用拉丁文，遵循“双名法”。•每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分组成如：产气荚膜梭菌（Clostridiumperfringens）–属名在前，字首字母要大写，其余小写–整个属名及种名在出版物中应排成斜体–中文译名，种名在前，属名在后2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。–一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。–如：Escherichiacoli•例如–大肠埃希菌的学名全名是：Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmersl919指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillucoli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名。–金黄色葡萄球菌的学名为：StaphylococcusaureusRosenbach1884属名葡萄球菌种名金黄色命名人的姓命名年份金黄色葡萄球菌的学名为Peptostreptococcusfoetidus（Veillon）Smith属名消化链球菌种名恶臭原命名者改名者恶臭消化链球菌的学名恶臭消化链球菌是由Veillon首先发现和定名的，后Smith重新定为现名。3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用第一个字母，为避免混肴，也可用2个字母。大肠杆菌(E.coli)5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp．(species的缩写，sp.表示单数，spp.表示复数)，–如Micrococcussp.表示微球菌属的一个种，–Micrococcusspp.表示微球菌属的一些种。6、如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp.nov。”，nov是novel的缩写。–例如Lawsoniaintracellularisgen．Nov.sp.Nov.，译为：胞内劳森菌，新属新种。7、亚种用subsp.(正体字)表示，这是subspecies的缩写，–例如Pasteurellamultocidasubsp．septica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。四、细菌分类鉴定的标准1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是其表型(phenotype)特征这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有应用价值。形态染色培养细胞壁结构生理生化抗原特性2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据是细菌的种系发生关系(phylogeneticrelationship)，即分析其基因特征从而确定分类地位。•研究细菌的种系发生关系主要采用三种方法：–1）测定DNA碱基(G+C)mol％–2）核酸分子杂交–3）16SrRNA寡核苷酸编目1）DNA碱基G+C%比例的测定亲缘关系相近的种ＧＣ比也相近，ＧＣ比差别大亲缘关系必然远（G+C）%=—————×100%A+T+G+CG+C简称GC比种内差距2.5~4.0％,种间5%,属间差距10%2）核酸分子杂交法DNA-DNADNA-rRNArRNA-rRNA方法:待测菌株dsDNA------ssDNA参照菌株，同位素标记的ssDNA检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自身为DNA复性的放射性强度100%DNA-DNA杂交同源性性60%为同种70%同一亚种20~60%为同一属3）rRNA寡核苷酸编目分析rRNA是细胞中的“活化石”原核生物：23s、16s、5s真核生物：28s、18s、5.8s16s或18s用作系统分类：（提出三域学说）生理功能重要又恒定、含量高易提取、核苷酸序列保守、分子质量适中、信息量大易于分析五、细菌的分类体系细菌分类体系主要是“伯吉氏系统细菌学手册”，Holt（美国）编共4卷。及“伯吉氏细菌鉴定手册”–国际系统与进化微生物学杂志是细菌分类命名世界公认权威为期刊。–国际公认的菌种保藏权威机构是“美国典型培养物保藏中心(ATCC)”以及“德国微生物及细胞保藏中心(DSM)”等。我国兽医微生物菌（毒）种由中国兽药检察所鉴定保存。五、细菌的鉴定纯培养细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室；常规细菌鉴定沿用表型特征检测方法；•有成套检测指标的快速诊断试剂盒•商品化的细菌鉴定试剂盒有Enteotube系统、API系统、Vitek系统等。有条件的单位可用PCR技术检测鉴定•1、分类方法•数值分类法：根据细菌的各种性状的数值分析，借助计算机，将拟分类的细菌按其性状的相似程度归类定位。•在进行数值分类时•需要选择分类单位（菌株、种或属）→将性状编码→按公式计算出相似度（S矩阵）→进行系统聚类→画出相似矩阵图→最后转绘树状普（dendrogam）•计算相似度的公式为：•S%=NS/（NS+ND）其中S为相似度，NS为相似性状，ND为相异性状。•此法应用时所选性状必须要多，越多准确性越高，至少高达100个，否则易误判。•2、常见动物致病菌的鉴定已形成固定的程序。革兰氏阳性细菌革兰氏阴性细菌革兰氏阳性细菌球菌杆菌丝状或树枝状葡萄球菌链球菌粪肠球菌微球菌MZN染色阴性MZN染色阳性牛放线菌粘性放线菌星形奴卡菌刚果嗜皮菌产芽胞无芽胞抗酸染色阳性抗酸染色阴性梭菌芽胞杆菌炭疽杆菌分支杆菌牛分支杆菌和禽分支杆菌鼠麻风杆菌副结核分支菌棒状杆菌化脓放线菌马红球菌产单核李氏杆菌猪丹毒杆菌革兰氏阴性细菌球菌/球杆菌杆菌MZN染色阴性MZN染色阴性弧状杆菌中等大小杆菌螺旋状菌丝状菌弯曲菌弧菌耐瑟菌生摩拉菌不动杆菌肠杆菌科假单胞菌波氏杆菌放线杆菌嗜血杆菌巴氏杆菌拟杆菌钩端螺旋体蛇形螺旋体密螺旋体疏螺旋体坏死杆菌布氏杆菌属鹦鹉热衣原体