vectorNTI中文使用说明书

VectorNTI7.0User'sManual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学），记住这个伟大的人物吧！前言（Introduction）1.程序附带的数据库（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（DatabaseExplorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter1Tutorial:DisplayWindows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作1.登录VectorNTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelmarkers将组成NTI的数据库。并出现下列两个窗口。2.观察出现的VectorNTI工作窗口和DatabaseExplorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为exlporing——localvectorNTIdatabase,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporing——localvectorNTIdatabase窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口：4.观察pBR322显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。5.显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）6.转换pBR322’s图形区：在工具栏左边的activepane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphicspane）7.对pBR322’s结构图进行操作：用户可以尝试点击、、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Edit——setselection,输入100bp–1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3’端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的——或——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。8.检查pBR322’snucleotide序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击（DisplaySetup）按钮，显示moleculardisplaysetup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restrictionmap下面的RMapsetup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点selectall，然后OK。点sequence下面的sequencesetup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（TranslateDirect）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到了）：9.对pBR322’stext文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中RestrictionMap文件夹，然后找到工具条中的ExpandBranch按钮，点它。其实这和双击restrictionmap文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到FeatureMap文件夹，然后按按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。10.将pBR322’s文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）激活文本区，然后找到（LinkPanes）按钮，点它。完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，不用急，先点文本区的RestrictionMap文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。现在看看，酶切标记又重新显示出来了。激活图形区，找到（StandardArrangement）按钮了没，点它。会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了，这是标准方式。在文本区中选中featuremap文件夹，点打开，发现图形又变了。依次关掉featuremap中的其他文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标记了。最后别忘了再点一下链条，发现图又回到原样。如下图：（看看上面的时钟都23：12了，该睡觉了），明天继续。11.打印pBR322’s文本description,图形map,和序列sequence打印文本：先激活文本区，（就是activepane右边的第一个按钮，或者直接用鼠标在本文区点一下），然后按expandbranch按钮打开文本区内的所有文件夹，然后点打印。同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然后按打印机图标即可。12.为41BB_HUMAN创建显示窗口点击窗口下面的exploring——localvectorNTIdatabase图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选ProteinMolecules(MAIN)数据库。找到41BB_HUMAN’s并双击。打开窗口如下：窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部分。菜单和工具条也基本一样。在文本区中双击Analysis文件夹，则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。下面我们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在出现的对话框中可以看到序列的range中的selection已被选中，点Copy.，然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整的拷贝到word文档中了。如下所示：Length255aaMolecularWeight27897.66m.w.1microgram=35.845pMolesMolarExtinctioncoefficient112501A[280]corr.to2.48mg/mlA[280]of1mg/ml0.40AUIsoelectricPoint8.13ChargeatpH73.72AminoAcid(s)Numbercount%byweight%byfrequencyCharged(RKHYCDE)8336.6832.55Acidic(DE)2510.859.80Basic(KR)2914.4311.37Polar(NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic(AILFWV)6727.0626.27AAla113.024.31CCys259.339.80DAsp114.514.31EGlu146.345.49FPhe168.146.27GGly214.858.24HHis20.960.78IIle72.832.75KLys135.855.10LLeu218.488.24MMet31.381.18NAsn124.884.71PPro186.387.06QGln125.404.71RArg168.586.27SSer227.128.63TThr176.246.67VVal113.974.31WTrp10.630.39YTyr21.120.78BAsx239.399.02ZGlx2611.7410.20XXxx00.000.0013.为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploring——localvectorNTIdatabase窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。如下图：注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。操作方法和DNA分子一致。关闭窗口，结束，当最后一个窗口关闭是屏幕提示thiswillendyourvectorNTIsession,点确定（OK）关闭。第二章：Chapter2Tutorial:MoleculeOperations分子操作目的：对pBR322的generaldata,featuremap,andsequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1.登录VectorNTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）2.打开pBR322的显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vectorNTI——ExploringlocalvectorNTIDatabase——DNA/RNAMolecules(MAIN)——PBR322，双击。）3.对pBR322’s的常用数据（generaldata）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR322名字，弹出下面窗口：1st：给PBR322加关键词：点keywords,在弹出的关键词窗口中输入Myownplasmid，点Add。回到DNA/RNAMolecular窗口，将最下面的description中的内容替换成MypBR322。点OK（确定）。注意屏幕的左上角pBR322*，在PBR322的后面有一个星号，说明现在显示的是PBR322的修饰形式。现在我们要在数据库中保存这一结果：菜单molecular——saveas，在弹出的对话框中输入序列的名字MypBR322，点OK。这时发现星号不见了，说明结果已保存到数据库中，这时数据库中关于PBR322的DNA分子有两个，一个是原始的PBR322（就是最初打开的那个），另一个就是我们保存的那个myPBR322。3.编辑MypBR322’s序列激活序列区，菜单edit——setselection,在对话框中输入范围21-40，点OK。会发现序列选区内含有ClaI和HindIII两个酶切位点。点击菜单edit——new——ReplaceSequence21bp–40bp，将窗口中第23和24位的TC删除分别用AA代替，窗口将显示如下：注意该窗口左下脚显示有：inserted2,delete2，什么意思都不用说了。点OK，注意序列中的ClaI位点立刻消失了。如下图所示：5.将MypBR322的修改结果取消，不保存到数据