R语言-差异表达分析

差异表达分析（用R语言和Matlab）1、首次安装要打红色两行的命令首次安装要选“a”2、以后再用时只需从以下命令开始打：3、在Excel中，将Mapping后的两组分析数据的readcount留下，rpkm等删去，制成三列的表格，然后将readcount设置为大于等于10，复制粘贴成文本文档（.txt，用记事本），保存。在R语言中调入txt文件：4、分组如果是有生物学重复，则group-factor(c(1,1,1,2,2,2))5、计算归一化参数6、输入散步值须实验做得很精确才是0.4.(原核0.1，真核0.4)7、计算P值Log正数是上调，负数是下调，PValue是要的P值8、输出命令到相应文件夹找到文件。.csv文件可用Excel打开，打开文件后将P值升序排序9、将logFC和PValue输入到Matlab中：logfc=[。。。。。]；p=[。。。。。]；出现表格如图10、做火山图先算logP：再作图：得图：如若两基因差异小，则点多数集中在U的下面。