OLEX2使用方法

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OLEX2Tips2009.08.05....1.关于OLEX2的安装、引用和更新........................................................................................22.快捷键操作...............................................................................................................................23.历史记录...................................................................................................................................34.背景文字的显示.......................................................................................................................35.原子标签显示...........................................................................................................................46.Q峰显示...................................................................................................................................47.删除Q峰..................................................................................................................................48.显示晶胞...................................................................................................................................59.pack模式显示..........................................................................................................................610.截图.......................................................................................................................................711.显示wilsonplot....................................................................................................................712.查看空间群信息...................................................................................................................713.坐标数据显示.......................................................................................................................814.倒反操作...............................................................................................................................915.显示点线面距离和夹角(sel)........................................................................................1016.选择平面及二面角.............................................................................................................1117.原子傅立叶转换分析(检查原子种类).........................................................................1118.GUI问题............................................................................................................................121.关于关于关于关于OLEX2的安装的安装的安装的安装、、、、引用和更新引用和更新引用和更新引用和更新1.1OLEX2的安装可以在网站免费下载安装程序,运行此程序后可自动通过网络下载OLEX2并安装()。也可以直接下载()后将这两个文件放在一个目录下,并运行installer.exe。1.2如何引用OLEX2O.V.Dolomanov,L.J.Bourhis,R.J.Gildea,J.A.K.HowardandH.Puschmann.OLEX2:acompletestructuresolution,refinementandanalysisprogram.J.Appl.Cryst.2009,42,339-341.1.3OLEX2的更新OLEX2可以自动通过互联网更新。点击Help-Updateoptions(图1),可以在弹出菜单中选择自动寻找更新频率和关闭自动更新功能。图12.快捷键操作快捷键操作快捷键操作快捷键操作F2切换背景颜色F3显示/隐藏原子标签F4显示梯度变化的背景颜色F5激活work标签F6激活view标签F7激活tools标签F8激活info标签ESC取消选择或退出当前MODE操作Ctrl-A选择所有Ctrl-G进入grow模式Ctrl-H显示/隐藏H原子Ctrl-Q切换“不显示Q峰/显示独立的Q峰/显示连接的Q峰”显示模式(见4.Q峰的显示)Ctrl-R精修Ctrl-T切换“显示/隐藏分子和背景文字”模式Ctrl-Z撤销操作3.历史记录历史记录历史记录历史记录在work-History中可回到对当前数据的每次求解和精修历史状态。不必手动保存insorres文件。图24.背景文字背景文字背景文字背景文字的显示的显示的显示的显示点击tools菜单下Settings,可以看到Linesoftext选项(图3)。在此可以选择背景文字显示行数。选择1即为不显示背景文字。图35.原子标签显示原子标签显示原子标签显示原子标签显示按F3可以在原子标签显示与隐藏之间切换。输入labels–qi可以显示Q峰强度。输入labelo1将生成一个可移动标签o1。6.Q峰峰峰峰显示显示显示显示在图4左图的状态下,按Ctrl+Q可以隐藏Q峰(图4中图);再按Ctrl+Q可以显示Q峰(图4右图),但是没有显示Q峰连接;第三次按Ctrl+Q可以显示Q峰连接,回到与左图相同的状况。图47.删除删除删除删除Q峰峰峰峰在命令输入行处(见图标识处)输入kill$q可以删除所有Q峰。这与Ctrl+Q不同,Ctrl+Q只是显示/隐藏Q峰,kill$q是删除Q峰。图58.显示晶胞显示晶胞显示晶胞显示晶胞在命令输入行处输入cell可以显示晶胞。输入basis可以显示方向。红-a绿-b蓝-c图69.pack模式显示模式显示模式显示模式显示输入modepack可以显示堆积模式(图7)。每个红色四面体代表一个分子,单击它可以显示此处分子(图8)。按ESC键退出pack模式。图7图810.截图截图截图截图在命令输入行输入pictname.jpg3–pq可截图为name.jpg文件并保存在当前数据目录下。Pict的格式为,pictname.jpgresolution–pq。Name.jpg为输出文件名,resolution为1到10,10为最大分辨率。-pq为设定输出图像质量。11.显示显示显示显示wilsonplot输入wp,将弹出显示wilsonplot的窗口。图中箭头所指为当前数据的︱E2-1︱。图912.查看查看查看查看空间群空间群空间群空间群信息信息信息信息sg可以显示当前空间群选择信息。可通过text命令用记事本来查看输入文字(即背景文字)(图10)。也可以通过Pageup和pagedown来对背景文字进行翻页。图10sginfospacegroup可以查看选定的空间群信息。如sginfop212121。(图11)图1113.坐标数据显示坐标数据显示坐标数据显示坐标数据显示单个原子选定后,输入echoccrd(sel)可显示所选原子坐标(图12)。图12选定两个原子后,输入echoccrd(sel)可选择两个原子中心坐标(图13)。图1314.倒反倒反倒反倒反操作操作操作操作输入inv可以对中心对称空间群结构进行倒反操作。inv–f可强制对非心空间群结构进行倒反操作(图14)。inv–f前inv–f后图1415.显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角显示点线面距离和夹角((((sel))))选定两个原子,输入sel,即可显示两个原子之间距离(图15左)[或将鼠标放在其中一个原子上(图15右)]。图15选定三个原子,输入sel,即可显示三个原子形成的角度(图16左)[或将鼠标放在其中一个原子上(图16右)]。图16选择四个原子,输入sel可显示出所构成的所有角和原子间距离数据(图17左)[或将鼠标放在其中一个原子上(图17右)]。图1716.选择平面选择平面选择平面选择平面及二面角及二面角及二面角及二面角选择三个原子,输入mplnsel,即可构成一个平面(图18)图18当构建两个平面后,同时选择这两个平面(变绿),输入sel,即可得到两个平面间夹角(图19)图1917.原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析原子傅立叶转换分析((((检查原子种类检查原子种类检查原子种类检查原子种类))))输入fata可对原子进行傅立叶分析。如将一个O改为S(S0aa)后,运行fata()(对所有原子检查),发现得到较大负值数据,说明此处原子序数应该比S小。反之,正值说明此处原子序数应该比S大。此项功能仍在测试阶段。图2018.GUI问题问题问题问题如果出现如图21所示错误,并且work、view、tools和info等按钮消失,请输入panel命令,回车,即可修复。如果您使用的是2493及更新版本的Olex2,主界面的右上角有RefreshGUIimages连接(如图22),请直接点击此链接修复上述错误。图21图22

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