vasp5.3安装方法

1.采用Centos6.4光盘安装系统。安装系统时，将有如下几个配置可供先择：(1)Desktop,(2)MinimalDesktop,(3)Minimal,(4)BasicServer,(5)DatabaseServer,(6)WebSever,(7)VirtualHost,(8)SoftwareDevelopmentWorkstation。任选一个选项即可。选择一个选项后，对系统进行配置。语言配置只选英语。除语言配置外，其余所有配置全部选上。选上所有其它配置之原因，是使系统文件更全面，以减少后续安装软件时由于软件依赖所带来的麻烦。所有安装软件都在/home目录下。安装目录可以任意，但在/home目录下容易管理。为使安装软件时拥有最大的系统操作权限，用root身份安装。2.安装Python。版本为Python-2.5.2。在/home下建Python文件夹，则安装命令如下：#tar–jxvfPython-2.5.2.tar.bz2’解压#cdPython-2.5.2’进入解压后的文件目录#./configure’配置文件，不要指定路径，直接覆盖#make’编译#makeinstall’安装检测是否安装成功：在任意目录下的命令行输入python，如果出现python的解析器，则表示已正确安装，如未出现，则未正确安装，需重新安装。安装Python是为了系统能够识别后续将要安装的mpich编译器。3.GCC编译器采用Centos6.4系统自带的即可，不用安装。对于Centos6.4系统，安装系统时，除语言配置外，如果选择了其余全部系统配置软件，并且第2步已正确安装Python的话，安装完Python时，在命令行输入python以检验是否安装成功时，如果Python已安装成功，则可同时显示Python和与之本匹配的GCC版本信息。对于Centos6.4系统内已预定安装的所有GCC版本中，与Python相匹配的版本为GCC4.4.7(RedHat4.4.7-3)。如果在任意目录下的命令行输入rpm–qa|grepgcc，则可列出系统内所有已安装的GCC的信息。预安装的GCC版本较多。4.安装MPI编译器。此步骤极为关键，即使已安装好MPI后，路径配置不正确的话，将会导致后续安装的VASP不能正常运行。采用mpich-3.2.1版本。首先在/home下建一个mpich的文件夹，将mpich-3.2.1.tar.gz放入mpich文件夹中。安装时，由于需要配置安装文件的路径，因此，安装后的软件不一事实上在mpich文件夹中，这由安装过程具体配置的路径确定。本安装的mpich文件配置路径为/home/mpichexe，则安装命令如下：#tar-zxvfmpich-3.2.1.tar.gz’解压#cdmpich-3.2.1’进入解压后的文件目录#exportF90=ifortFC=ifort’引入环境变量#./configure--prefix=/home/mpichexe/--enable-f90--enable-f77’指定安装路径，并指定可使用mpif90及mpi77编译器红色的是解压目录#make’编译#makeinstall’安装#vi~/.bashrc’修改环境变量，在bashrc文件的最后加入以下三行后，保存退出exportPATH=/usr/local/mpi/:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:$LD_LIBRARY_PATHulimit-sunlimited#source~/.bashrc’永久保存#exportPATH=$PATH:/opt/mpich3/bin’添加环境变量#exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/mpich3/lib#source/etc/profile然后，在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件，在里面填写上：MPD_SECRETWORD=mr45-j9z，最后保存退出#chmod600/etc/mpd.conf’增加权限安装完毕后，检查环境变量是否正确：#whichmpicc’显示路径则表示正确#whichmpirun’显示路径则表示正确以下为网上某安装mpich的方法，复制于下，以作参考：安装mpich3:将mpich3压缩包解压，然后进入，执行：[root]#./configure--prefix=/opt/mpich3--enable-fortran=all--enable-cxxF77=ifortFC=ifortFCFLAGS=-O2-xHostFFLAGS=-O2-xHost\CC=iccCXX=icpcCFLAGS=-O2–xHostCXXFLAGS=-O2-xHost\--enable-threads=multiple--enable-fast=all--enable-mpit-pvars=all[root]#make-j8[root]#makeinstall然后添加环境变量：exportPATH=$PATH:/opt/mpich3/binexportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/mpich3/lib然后在终端执行：[root]#source/etc/profile注意，安装完并行库(不论是openmpi还是mpich)后，都要设置一下：在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件，在里面填写上：MPD_SECRETWORD=mr45-j9z然后保存退出，给这个文件加上权限：[root]#chmod600/etc/mpd.conf5.安装Intel编译器。文件为parallel_studio_xe_2018_update1_composer_edition_for_fortran.tgz。安装不难，按网上各年的版本安装即可，但中间涉及的文件很长很长，不写于下。安装完毕后，配置环境变量如下：#vi~/.bashrc’修改环境变量，在bashrc文件的最后加入以下三行后，保存退出exportPATH=/usr/local/mpi/:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:$LD_LIBRARY_PATHulimit-sunlimited#source~/.bashrc’永久保存跟配置MPI的配置一样即可。安装完毕后，#rpm–qa|grepmpi’出现版本号即表示安装成功6.安装fftw傅里叶变换库。安装目录为/home/fftw。命令如下。#tar-zxvffftw-3.3.4.tar.gz#cdfftw-3.3.4#./configure--prefix=/home/fftwCC=ifortF77=ifort--enable-mpi#make#makeinstall至此，fftw安装完毕。7.编译vasp。此过程分两部分。所用vasp版本为vasp.5.3.5。此处，由于vasp编译过程繁锁，且编译文默认的引用库路径为相对路径，因此，把vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后，放在同一目录下，且目录的路径尽量浅。本安装将vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后共同放在/home/vasp下面。下面是安装过程。7.1编译vasp.lib。#tar-zxvfvasp.5.3.5.lib.tar.gz’解压，并把解压文件放在/home/vasp下面。因此，文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5.lib#cdvasp.5.3.5.lib’进入解压目录。由于文件解压后经过移动，具体进入的命令会不同#ls’显示所有文件的列表#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件，并重命名为makefile#vimakefile’修改编译文件，文件主要内容及修改如下：#C-preprocessor’此处的#是文件中的注释，不执行CPP=gcc-E-P-C$*.F$*.fFC=ifc将FC=ifc修改为FC=ifort，保存退出。#make’编译7.2编译vasp主程序。#tar-zxvfvasp.5.3.5.tar.gz’解压，并把解压文件放在/home/vasp下面。因此，文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5#cdvasp.5.3.5’进入解压目录。由于文件解压后经过移动，具体进入的命令会不同#ls’显示所有文件的列表#ls’显示所有文件的列表#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件，并重命名为makefile此时，将/hom/fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到解压后的VASP安装源代码文件夹下（/home/vasp/vasp.5.3.5）。#vimakefile’修改makefile文件。具体修改过程非常复杂，需要很细致的过程。下面是第二次安装vasp时的makefile文件。红色的为执持语句，#为注释，不是执行语句。Makefile修改完毕后，输入如下操作：#make’编译过程需要大约半小时，编译过程会出现多次错误，导致编译无法继续进行，需要不断修改makefile并不断make，直到提示make:‘vasp’isuptodate.，则表示已成功编译。编译成功后，在安装目录生成可执行的二进制文件，文件名为vasp。测试vasp是否可用：将典型物质的或正确的INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放于同一文件中，并将可执行的vasp复制后与INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放置于同一文件中，在命令行输入：#./vasp’单机单核运行或输入#mpirun–npy./vasp’y为想让vasp运行的cpu核数目，例如，mpirun–np4./vasp为单机四核运行vasp能正常运行则表明已真正成功编译。以下是第二次成功地在手提电脑安装vasp的vasp.5.3.5的makefile的全部内容：.SUFFIXES:.inc.f.f90.F#-----------------------------------------------------------------------#MakefileforIntelFortrancompilerforPentium/Athlon/Opteron#basedsystems#werecommendthismakefileforbothIntelaswellasAMDsystems#forAMDbasedsystemsappropriateBLAS(libgoto)andfftwlibrariesare#howevermandatory(whereastheyareoptionalforIntelplatforms)#ForAthlonwerecommend#)tolinkagainstlibgoto(andmklasabackupformissingroutines)#)oddenoughlinkinlibfftw3xf_intel.a(fftwinterfaceformkl)#feedbackisgreatlyappreciated##ThemakefilewastestedonlyunderLinuxonIntelandAMDplatforms#thefollowingcompilerversionshavebeentested:#-ifc.7.1worksstablesomewhatslowbutreliably#-ifc.8.1failstocompilethecodeproperly#-ifc.9.1recommended(bothfor32and64bit)#-ifc.10.1partiallyrecomm