MOE-2013.08-新功能介绍

2013©CloudScientificAllRightsReservedMOE2013.08新特性加拿大化学计算集团(CCG)公司新发布MOE(MolecularOperatingEnvironment)软件2013.08版本，此文档概述了一系列新特性、改进以及变化。分为三个部分——应用、康昱盛定制版本改进以及核心系统来详细介绍过去一年中CCG以及康昱盛对于软件所做的功能改进。现在Linux、Windows和MacOSX默认MOE版本均已升级到64位。由于近些年Biologics研发进展非常迅速，因此在新版本中，你会发现一系列新的Biologics设计应用。同样在药物化学领域，你也可以看到相当数目的改进，包括：构象搜索、建模、药效团、对接等——这些功能可以帮助药化学家加速他们的新药发现进程。应用新!LoopModelerandBrowser用于蛋白loop模建、浏览和嫁接的新功能。它使用基于知识的方法或从头建模方法来进行loop建模，可以用于融合蛋白linker设计或单链抗体设计。ProteinDesignProteinDesign应用功能目前有了如下改进:平面系统(如TRP,TYR,PHE)作为刚体处理;可以针对某条特定的链进行蛋白属性计算;使用loopmodeler数据库.ProteinAlignmentandSuperpositionProteinAlign目前使用STOVCA打分方法[Slater2013]来改进多序列匹配及结构叠合.引入新的模板指认方法来改进序列比对.ProteinSuperpose新增选项来进行仅基于结构的两两比对和叠合.DomainMotifSearchDomainMotifSearch中的二级结构定义目前基于C-alpha几何，取代原先的DSSP.PharmacophoreQueryEditor新!EHTscheme.EHTscheme提供受体-配体相互作用强度信息.新!R-Strength.使用R-Strength选项可以在药效团模型以及随后的搜索过程中包含受体强度信息.新!Undo/Redo.Undo/redo键可以在药效团建模中使用了.新!Renderpopup.新的渲染控制，方便选择渲染类型、透明度和材料性质.2013©CloudScientificAllRightsReservedPharmacophoreConsensusPharmacophoreConsensus应用目前可以按列排序.只对相似药效特征的原子进行聚类.PharmacophoreSearch加入了使用EHTscheme评估受体和配体作用强度的功能.新!MogulAnalysis这项新功能可以交互浏览、修改并监控部分或整体结构.它调用CDC’sMogul程序，基于CambridgeStructuralDatabase获取键长、键角以及二面角的最适分布.DihedralProfile通过调用Mogul,DihedralProfile目前可以注释选中键的最适二面角分布.DiverseCombinatorialLibrarySelectionQuaSAR-CombiDesign应用diverselibrarygeneration被DiverseSelection替代.MOEvieMOEviemaker功能增强:x264codec;可定义帧渲染大小;增强所有视频格式的渲染质量.SketcherThe2Dsketcher界面已经更新.GaussianMOE目前支持GaussianB.01和GaussianC.01.SiteView现在可以从MOE|Settings|LigX中定义活性位点残基范围的距离阈值..ConformationalSearchLowModeMD构象搜索目前支持刚体计算.通过这套程序,可以定义分子的刚性区域，然后这部分就会按照刚性部件方式来移动.SolventAnalysis计算全蛋白或蛋白-蛋白界面的水密度.新！SolventAnalysis增加了水分子放置功能，可以依据RSIM计算的密度来精确预测水分子位置，或者验证结晶结构中的水分子位置.Dock目前Dock面板新增了DescriptorFilter文本框，允许对输入配体进行筛选.可以选择输入数据库中具体哪一列分子作为配体.可以输入包含受体结构的数据库，以便进行柔性对接.EnergyMinimize目前此应用新增选项可在整体结构优化前预先对羟基氢原子位置进行优化.新!chEMBLLibrary从ChEMBL14版类药小分子数据库出发，使用MOE2013©CloudScientificAllRightsReservedSDPipelineCommandTools生成片段构象数据库,chemblr14_frag.mdb,包含大约830,000片段,适用于ScaffoldReplacement或者组合化学应用.2013©CloudScientificAllRightsReserved康昱盛定制版改进功能新!SaturationRingConformationalSearch搜索给定结构中的饱和环构象(MOE|Compute|Conformations|RingConformationalSearch).标准的构象搜索方法例如随机构象搜索，无法很好解决这类问题.多个饱和环和杂环也可以用此程序处理.新!FukuiIndices调用GAMESS来计算fukuiindices(f+andf-)以便评估小分子中每个原子的反应活性.原子根据fukuiindices来着色.有机化学家可以使用此工具来确定化学反应中regioselectivity起因.MedChemApplication在右侧菜单栏（RHS）提供一系列按钮方便药化学家进行交互式的基于结构的药物设计.PocketPreparation:自动集成工作流进行结合口袋准备;Ghost/Unghost:惰化/激活选中原子;LigandStrain:计算选中配体的应力能，显示无环境条件下最小能量结构以便比较;新!LigandScore:调用Dock优化修饰后结构并计算GBVI/WSA结合自由能.同时给出考虑应力能修正的结合自由能打分.新!RingConfExplorer:对配体中选中饱和环进行构象采样.这些构象可以嫁接到原先分子骨架上并进行能量优化和打分.可以通过此程序寻找最适合环构象.LigandNearby:显示选中配体原子及特定距离范围内受体原子，以及它们之间的距离.AntibodyEngineering集成一系列功能方便抗体建模及人源化抗体设计(SE|AntibodyEngineering).AnnotateAntibody:用三种方法:Kabat,Chothia,CCG注释抗体序列;BuildAntibodyModel:调用AntibodyModelermodule抗体的三维原子结构;IdentifyCanonicalResidues:通过分析溶剂可及表面积、相互作用以及结合界面确定抗体中经典保守残基.IdentifyPotentialN-glycosylationSite:通过序列样式规则确定N-glycosylation位点.SearchFabSequenceDatabase:搜索HumanGermlineVGene数据库寻找人源化模板.数据库已更新至最新版IMGThumanVgene2013©CloudScientificAllRightsReserveddatabase(2013.08).PairwisedAlignmentofFabSequence:通过特定比对算法和打分函数进行抗体序列比对.GenerateHumanizedSequence:在序列比对基础上生成人源化序列.2013©CloudScientificAllRightsReservedCoreSystem新!64-bitPortMOE在Linux,Windows,以及MacOSX上的默认版本均已升级到64位.本次发布版本同样包括了每种架构的32位.MacOSXEnhancementsOSX对接按钮改进新的设置菜单OutputContinuity新!Amber10EHTForcefield新增力场参数Amber10EHT,适用于蛋白.新!SelectionLanguageandPrompterMOE现在提供SelectionPrompter方便选中原子、残基和链.SystemManagerMOE中的SystemManager已经升级:新!Groups.可以对分子进行分组.Sets.Namedsets现在可以显示在SystemManager.RSLpopup.Up/downkeys.DatabaseViewerDatabaseViewer做了如下改进:新!DatabaseFieldColoring.现在DatabaseViewer单元可以按照规则来着底色.新!DatabaseFind/Select.新面板用于数据库搜索和选择.新!PopupMarkers.单元右上角提供三角按钮可方便访问弹出菜单.新!CornerButton.每列或每行的右上角都有下拉三角，可以方便列或行的选择，或是快捷访问弹出菜单.SketchOptionforEditingMoleculeCell.现在允许在单元中用2DSkecher编辑分子.MoleculeAtomLabelVariableFontSize.原子标签可以随分子缩放而缩放.TextZoom.DatabaseViewer底部新滚轮允许增大或缩小文本字体.CellResizing.DatabaseViewer增加了新的单元格缩放控制.单元格可以通过拖拽列和表的宽度而缩放.单元格显示的宽度和高度目前存储于数据库文件中，前提是数据库必须可写.PlotNumericField.数值列现在可以通过DBV|NumericFieldPopup|Plot绘图.NumericFieldPrecision.数值列精度显示信息现在存储于数据库文件中.DisplayStates.显示信息现在存储在数据库文件中.ScrollingUsingKeyboardKeys.现在支持上2013©CloudScientificAllRightsReserved下键滚动查看数据.MoveField/Entry.列或是行可以通过鼠标中键移动.DatabaseBrowserDatabaseBrowser目前具有以下更新:Coloredheteroatomsin2D.DatabaseBrowser2D分子显示时，自动为非碳原子着色.Currententryhighlighted.DatabaseViewer滚动到当前列时，会自动用蓝色边框来高亮显示.SequenceEditorMOE中的SequenceEditor进行了如下改进:新!ResidueRenumbering.新面板可以修改选中残基和链的UID/INS.TagandChainRenaming.除重命名chains,tag,header外，还可以设置grouplabel标签,方便重新组织整个系统.新!StructurePropensityAnnotation.残基现在可以在SequenceEditor进行二级结构倾向性注释.MoveResiduesUsingArrowKeys.选中残基可以通过左右键而移动.RMSDplot.SequenceEditor中给定列的RMSDplot目前计算此列中的所有两两CαRMSD数值，而不是和平均位置的均方根距离.ClipboardWindows平台上MOE剪贴板现在支持PNG图片格式.注意剪贴板不再支持GIF格式.Contacts显示MOE中的非键相互作用功能MOE|Footer,现在多了一个新特性：Tag选项.使用此选项时，相互作用只显示在同一标签内，以及不同类之间，例如受体、