CTAB法提取RNA

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资源描述

CTAB法提取植物总RNA一、操作步骤:1.先在65oC水浴中预热适量的CTAB提取液(加入2%B-巯基乙醇);2.液氮中迅速研磨新鲜的(或-70oC保存的)植物组织样品,充分研磨成均匀的粉末后取0.05-0.1g置于1.5mL离心管中(离心管中预先加入1mLCTAB提取液),迅速涡旋混匀30-60s,然后65oC水浴4-5min;3.加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)涡旋混匀,10000xg离心15min沉淀蛋白质;4.将上清液转移至新的离心管,重复抽提一次,沉淀蛋白质;5.将上清液转移至新的离心管,加入等体积的4mol/LLiCl,4oC条件下沉淀2h以上使RNA变性。6.4oC,12000xg离心10min沉淀RNA,弃上清去除DNA,然后分别用500uL70%和100%的乙醇洗涤沉淀除去杂质;7.倒掉乙醇,瞬时离心,吸干离心管中的液体,超净工作台晾干沉淀,10min。Tips:缓缓倒掉乙醇,避免倒掉沉淀。尽量吸干残留液体,适当调整晾干沉淀的时间,确保乙醇完全挥发。晾干沉淀的时间不宜过长,否则不利于RNA的溶解。8.加入50μLmixture(44μLDEPC-H2O,5μL10×DNaseⅠbuffer,1μLDNaseⅠ),37°C孵育30min。Tips:配置mixture时应先加DEPC-H2O,再加buffer,最后加DNaseⅠ,配制好的mixture应充分混匀后再分装。样品较多时,应计算好mixture的需求量,并适当增加配制量,因为分装mixture时会有损耗。9.加入500μLDEPC-H2O稀释RNA样品,加入200μL氯仿/异戊醇(24/1),缓慢摇匀10min。Tips:需稀释RNA样品,以利于在氯仿/异戊醇抽提后转移上清液。10.4°C,12000×g,离心10min。将上清液转入新离心管,加入1/10体积的2molL-1醋酸钠(pH4.0)和2/3体积的异丙醇,轻柔混匀,静置10min。Tips:需加入醋酸钠,否则可能导致RNA不沉淀。-20°C至室温静置均可,低温可提高RNA得率。11.4°C,12000×g,离心10min,弃上清。加入1mL75%乙醇,颠倒离心管数次,静置10min。Tips:75%乙醇使用量等于Trizol使用量。应使沉淀从离心管壁解离。12.倒掉乙醇,瞬时离心,吸干离心管中的液体,超净工作台晾干沉淀,10min。Tips:缓缓倒掉乙醇,避免倒掉沉淀。尽量吸干残留液体,适当调整晾干沉淀的时间,确保乙醇完全挥发。晾干沉淀的时间不宜过长,否则不利于RNA的溶解。13.加入50μLDEPC-H2O,室温溶解10min。琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性,紫外分光光度计检测RNA纯度和浓度。检测合格的RNA样品用于后续分析,或深冷冰箱保存备用。Tips:电泳时应更换新鲜的电泳缓冲液,可使用分子量标准D2000初步判断RNA浓度。合格的RNA样品至少有28S、18S和5S三条带,带型清晰,亮度依次减弱。OD260/OD280指示蛋白质或酚类物质的影响,应约等于2.0;OD260/OD230指示碳水化合物、多肽或苯酚的影响,应略大于2.0;OD320指示溶液的浑浊度和其它干扰因子,应约等于0。OD260指示RNA浓度,1OD260相当于RNA的浓度为40ngμL-1。二、试剂的配制1mol/LTrispH=8.0(25mLSSTE用0.25mL,200mLCTAB提取液用20mL):100mL蒸馏水中加12.114gTris碱,再加DEPC处理过的水至80mL,盐酸调pH至8.0。SSTEbuffer:1.0MNaCl,0.5%SDS,10mMTris-ClpH8.0,1mMEDTA。0.5mol/LEDTA(200mLCTAB中加10mL,25mLSSTE中加0.05mL):50mL蒸馏水中加入9.3gEDTA,然后加入NaOH约1g,加DEPC-H2O40mL,调pH至8.0,定容后加50uLDEPC-H2O。注意:EDTA较难溶,溶解时需要加热。10%SDS(每25mlSSTE加1.25ml):50ml中加入5gSDS,用DEPC-H2O定容至50ml。SDS很难溶,可稍加热。4mol/LLiCl:200mL蒸馏水中加入33.912g无水氯化锂,定容后再加200uLDEPC-H2O,然后灭菌备用。CTAB提取液:2%CTAB,2%PVP,25mMEDTA,100mMTris-Cl(pH8.0),2.0mol/LNaCl,0.5g/LSpermidine(亚精胺),灭菌后加入2%B-巯基乙醇。氯仿/异戊醇(24:1):将氯仿和异戊醇按体积24:1的比例混匀,置棕色瓶中,4℃保存。酚:氯仿:异戊醇(25:24:1):按饱和酚、氯仿、异戊醇体积比为25:24:1比例混匀,置棕色瓶中,4℃保存。

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