BrainNet Viewer Guide 使用范例

整理文档很辛苦,赏杯茶钱您下走!

免费阅读已结束,点击下载阅读编辑剩下 ...

阅读已结束,您可以下载文档离线阅读编辑

资源描述

BrainNetViewer工作流程:可分成四部分:读入文件、设置绘图格式、网络显示和结果导出。BrainNetViewer定义4中可读入的文件:1)脑曲面文件(Brainsurfacefiles):ASCII文件,后缀名为“nv”,包含了脑曲面的上的顶点和三角面片信息。2)节点文件(nodefiles):ASCII文件,后缀名为“node”,为n6的矩阵,包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息3)边文件(edgefiles):ASCII文件,后缀名为“edge”,为nn的矩阵,即节点间的相关矩阵4)三维图像文件(volumefiles):NIFTI或Analyze格式,后缀名为配对的“hdr”和“img”该文件仅用于体素到曲面的映射绘制.主要功能:(1)脑网络的多视角显示(2)显示多种由脑曲面,节点和边构成的不同组合(3)多种方式调节节点的颜色和大小(4)多种方式调整边的颜色和大小(5)自定阀值来提取相关矩阵中的边信息(6)实现体素图像到曲面的映射(7)支持输出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五种格式图片(8)支持输出图片尺寸和分辨率的调整(9)可进行放大和缩小,旋转等交互式操作功能和使用:(1)Installation打开matlab,把BrainNetViewer添加当前路径(注意全是英文路径,否则出现读取错误),在matlab工作区内输入BrainNet即打开如下图片:Fig1.BrainNetViewer界面(2)picture:产生的组合图片。(提供参考)Fig.2各种组合(3)LoadFiles点击File-LoadFile出现以下图片:Fig.3加载界面1.点击Browse(Surfacefile)选择.\Data\SurfTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv(BrainNetViewer提供2中不同类型的大脑模板CH2\ICBM152,根据自己所需,选择不同模板)2.点击Browse(node)选择.\Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node(可以选择不同节点模板,一共提供ALL90、Brodmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40,在这其中进行选择)3.点击Browse(edge)选择.\Data\ExampleFile\AAL90\Edge_AAL90_Binary.edge4.点击Browse(volume)选择双样本t检验结果。点击OK:(4)Visualizeoption1Layoutpanel(如下图)Fig4.BrainNet选择Fig5.不同选择产生不同结果2.GlobalpanelFig6全脑控制面板和各种全脑样本3.SurfacepanelFig7表面面板和双脑模型4.NodepanelFig8节点控制面板5.EdgepanelFig.9边控制面板和边、节点表面的组合6.VolumepanelFig.10三维控制面板和三维脑表面现象表示7.ImagepanelFig.11图像控制面板操作实例:(1)BrainSurfaceFig.12大脑表面直接在Browse(Surface)中输入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv,其他默认设置,点OK。(2)Nodes在Browse(node)中输入.\Date\ExampleFiles\AAL90\Node_ALL90.node在Node选项中Label选AboveThreshold设置大小为1.94,;在color中选取Colormap,点OK。图像如下:Fig.13节点(3)Surface&Nodes1.Browse(Surface)加入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv。2..Browse(Node)中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node。3.在Node选项中Color选取中选取Modular选项,其他不变点OK,图像产生如下:Fig14.节点和表面(4)Nodes&Edges1.Browse(Node)中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Node_AAL90.node。2.Browse(edge)中加入.Data\ExampleFiles\AAL90\Edge_AAL90_Binary.edge。在Node选项中选取Color的Modular;在Edge中选取Nodemodule。图像如下:Fig15.节点和边(5)Surfacemapping1点击Browse(Surface)加入.\Date\SurTemplate\BrainMesh_ICBM152.nv,2.1选择Browse(Voluse)加入mark_user_Resliced\Resliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果(55-56区))Fig.16感兴趣区3.在Global中的ObjectMaterial选择Shiny;在Surface中选取0.70,其他不变。2.2选择Browse(Voluse)加入t-two\spm_0001.img(此为注意和非注意实验下产生双样本检验的结果:Fig.17注意区2.3选择Browse(Voluse)加入mark_user_Resliced\Resliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果(55-56区))在layout中选取Axial;在Surface中选取0.70在Volume中选取ROIdrawing,Fig.18感兴趣区

1 / 17
下载文档,编辑使用

©2015-2020 m.777doc.com 三七文档.

备案号:鲁ICP备2024069028号-1 客服联系 QQ:2149211541

×
保存成功