BRCA数据解读中国专家共识

参与编写的临床专家　中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院（吴晰、姚方）参考文献［１］ＤｉｘｏｎＭＦ，ＧｅｎｔａＲＭ，ＹａｒｄｌｅｙＪＨ，ｅｔａｌ．Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｇｒａｄｉｎｇｏｆｇａｓｔｒｉｔｉｓ．ＴｈｅｕｐｄａｔｅｄＳｙｄｎｅｙＳｙｓｔｅｍ．ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎｔｈｅＨｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙｏｆＧａｓｔｒｉｔｉｓ，Ｈｏｕｓｔｏｎ１９９４［Ｊ］．ＡｍＪＳｕｒｇＰａｔｈｏｌ，１９９６，２０（１０）：１１６１⁃１１８１．［２］ＪａｐａｎｅｓｅＧａｓｔｒｉｃＣａｎｃｅｒＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ．Ｊａｐａｎｅｓｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｇａｓｔｒｉｃｃａｒｃｉｎｏｍａ［Ｍ］．１４ｔｈｅｄ．Ｔｏｋｙｏ：Ｋａｎｅｈａｒａ＆Ｃｏ．Ｌｔｄ，２０１０．［３］ＢｏｓｍａｎＦＴ，ＣａｒｎｅｉｒｏＦ，ＨｒｕｂａｎＲＨ，ｅｔａｌ．ＷＨＯｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｕｍｏｕｒｓｏｆｔｈｅｄｉｇｅｓｔｉｖｅｓｙｓｔｅｍ［Ｍ］．４ｔｈｅｄ．Ｌｙｏｎ：ＩＡＲＣＰｒｅｓｓ，２０１０．（收稿日期：２０１６⁃１２⁃２７）（本文编辑：常秀青）ＤＯＩ：１０．３７６０／ｃｍａ．ｊ．ｉｓｓｎ．０５２９⁃５８０７．２０１７．０５．００２基金项目：科技部卫生行业科研专项基金（２０１４０２００１）执笔人：吴焕文（中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科）；叶丰（四川大学华西医院病理研究室／病理科）通信作者：梁智勇，１００７３０中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：[e-mail]；步宏，６１００４１四川大学华西医院病理研究室／病理科，Ｅ⁃ｍａｉｌ：[e-mail]数据解读中国专家共识《ＢＲＣＡ数据解读中国专家共识》编写组　　乳腺癌易感基因（ｂｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙｇｅｎｅ，ＢＲＣＡ）是重要的抑癌基因与肿瘤易感基因，包括ＢＲＣＡ１及ＢＲＣＡ２。ＢＲＣＡ在ＤＮＡ修复的同源性重组（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）机制中扮演重要角色，ＢＲＣＡ基因突变会导致基因组不稳定性显著增加。胚系ＢＲＣＡ１／２突变（ｇＢＲＣＡｍ）将显著提高女性乳腺癌、卵巢癌以及其他癌症的发病风险。近年来的研究发现，在一小部分无胚系ＢＲＣＡ基因突变患者的乳腺癌或卵巢癌肿瘤组织中也可以检测到ＢＲＣＡ基因体细胞突变（ｓＢＲＣＡｍ）。ＢＲＣＡ基因也是与精准治疗密切相关的生物标志物，具有ＢＲＣＡ１／２突变的卵巢癌患者对铂类化疗非常敏感，预后良好，并可获益于聚二磷酸腺苷核糖聚合酶（ｐｏｌｙＡＤＰ⁃ｒｉｂｏｓｅｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ，ＰＡＲＰ）抑制剂的治疗［１］。随着精准医学和靶向治疗的进展，对相关肿瘤患者血液和／或肿瘤组织进行ＢＲＣＡ突变检测将有助于更好地判断预后、选择靶向药物、选择化疗方案、在适当的条件下对家族遗传史患者亲属的患病风险进行评估，帮助医师根据患者的基因状态来选取更精准的治疗方案。ＢＲＣＡ１／２基因序列较长，变异形式多样，变异位点分散遍布于２个基因的全长［２］，并且不是所有的ＢＲＣＡ变异都会损伤蛋白质功能，因而，变异的解读是ＢＲＣＡ检测中一个关键的环节。ＢＲＣＡ基因变异解读需要依据各类信息（包括来自群体数据库、疾病数据库、文献和患者病史的信息）进行综合评判。近年来国外多个权威机构先后发布了ＢＲＣＡ基因变异数据解读的标准或指南。目前，我国在ＢＲＣＡ基因变异数据解读领域尚缺乏规范性指导。因此，中华医学会病理学分会特组织分子病理学领域的相关专家进行了充分讨论，并形成共识发布，以指导与规范我国ＢＲＣＡ基因检测数据的解读，推动ＢＲＣＡ检测在我国的临床应用。一、ＢＲＣＡ变异类型、检测区域及检测方法ＢＲＣＡ变异类型主要包括点突变、小片段插入／缺失和大片段重排（ｌａｒｇｅｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）等。除ＢＲＣＡ基因编码区的变异外，内含子发生的一些变异亦可能会通过干扰ＲＮＡ剪切等方式影响蛋白质功能，因此ＢＲＣＡ检测必须同时覆盖编码区和相邻边界区（以±２０ｂｐ为佳）。Ｓａｎｇｅｒ测序是检测ＢＲＣＡ基因点突变和小片段插入缺失的传统技术，也可以作为其他检测方法的补充或结果验证手段。多重连接依赖性探针扩增（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｌｉｇａｔｉｏｎ⁃ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｐｒｏｂｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎａｓｓａｙ，ＭＬＰＡ）、定量聚合酶链反应（ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎ，ｑＰＣＲ）和长片段聚合酶链反应（ｌｏｎｇｒａｎｇｅＰＣＲ，Ｌ⁃ＰＣＲ）是目前用于检测ＢＲＣＡ基因大片段重排的三个主要技术平台。近年来，随着二代测序（ｎｅｘｔｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ，ＮＧＳ）技术的飞速发展，国内外越来越多的实验室已将ＮＧＳ技术应用于ＢＲＣＡ基因变异的临床检测。除应用于点突变和小片段插入缺失的检测外，在测序策略和生物信息学工具方面有着特殊设计的ＮＧＳ也可用于大片段重排的检测。·３９２·中华病理学杂志２０１７年５月第４６卷第５期　ＣｈｉｎＪＰａｔｈｏｌ，Ｍａｙ２０１７，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．５表１　ＢＲＣＡ１和ＢＲＣＡ２外显子交界区域变异基因选择性剪切事件变异位点ＢＲＣＡ１Δ８ｐ［８］ｃ．４４２⁃１，ｃ．４４２⁃２Δ９，１０［８］ｃ．５４８⁃１，ｃ．５４８⁃２，ｃ．５９３ｔｏｎｏｎ⁃Ｇ，ｃ．５９３＋１，ｃ．５９３＋２，ｃ．５９４⁃１，ｃ．５９４⁃２，ｃ．６７０ｔｏｎｏｎ⁃Ｇ，ｃ．６７０＋１，ｃ．６７０＋２Δ１３ｐ［８］ｃ．４１８６⁃１，ｃ．４１８６⁃２Δ１４ｐ［８］ｃ．４３５８⁃１，ｃ．４３５８⁃２ＢＲＣＡ２Δ１２［９］ｃ．６８４２⁃１，ｃ．６８４２⁃２，ｃ．６９３７ｔｏｎｏｎ⁃Ｇ，ｃ．６９３７＋１，ｃ．６９３７＋２　　注：除非另有证据，上述位点发生的变异应考虑为３类（意义未明），这些变异可以产生自发框内ＢＲＣＡ１／２ＲＮＡ异构体，后者可能恢复ＢＲＣＡ１／２基因功能　　二、ＢＲＣＡ基因变异命名规则推荐使用人类基因组变异协会（ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＶａｒｉａｔｉｏｎＳｏｃｉｅｔｙ，ＨＧＶＳ）命名法作为基因变异命名的主要指导原则以规范基因序列变异的命名。同时参考序列必须包含在内以确保基因变异命名的准确无误。ＨＧＶＳ命名法的首选ＤＮＡ编码参考序列是基因座参考基因组序列（ＬｏｃｕｓＲｅｆｅｒｅｎｃｅＧｅｎｏｍｉｃｓｅｑｕｅｎｃｅ，ＬＲＧ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ􀆰ｌｒｇ⁃ｓｅｑｕｅｎｃｅ􀆰ｏｒｇ／），但ＬＲＧ尚未被广泛应用在解读的数据库和文献里。因此根据目前的情况，推荐使用最常用的２个转录本序列，分别为ＮＭ＿００７２９４􀆰３（ＢＲＣＡ１）和ＮＭ＿００００５９􀆰３（ＢＲＣＡ２），相应的蛋白质参考序列为ＮＰ＿００９２２５􀆰１（ＢＲＣＡ１）和ＮＰ＿００００５０􀆰２（ＢＲＣＡ２）。同时推荐使用命名工具（ｈｔｔｐｓ：／／ｍｕｔａｌｙｚｅｒ􀆰ｎｌ）对基因变异的ＨＧＶＳ命名进行校验。三、ＢＲＣＡ变异分类根据国际癌症研究机构（ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＡｇｅｎｃｙｆｏｒＲｅｓｅａｒｃｈｏｎＣａｎｃｅｒ，ＩＡＲＣ）［３］、美国医学遗传学与基因组学学会（ＡｍｅｒｉｃａｎＣｏｌｌｅｇｅｏｆＭｅｄｉｃａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＧｅｎｏｍｉｃｓ，ＡＣＭＧ）［４⁃５］和胚系突变等位基因解读实证联盟（Ｅｖｉｄｅｎｃｅ⁃ｂａｓｅｄＮｅｔｗｏｒｋｆｏｒｔｈｅＩｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎｏｆＧｅｒｍｌｉｎｅＭｕｔａｎｔＡｌｌｅｌｅｓ，ＥＮＩＧＭＡ，ｈｔｔｐｓ：／／ｅｎｉｇｍａｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ􀆰ｏｒｇ／）［６］的分类系统，将ＢＲＣＡ基因变异按照风险程度由高至低分为以下５类：致病性（５类，致病可能性＞０􀆰９９）、可能致病性（４类，致病可能性在０􀆰９５～０􀆰９９之间）、意义未明（３类，致病可能性在０􀆰０５～０􀆰９４９之间）、可能良性（２类，致病可能性在０􀆰００１～０􀆰０４９之间）和良性（１类，致病可能性＜０􀆰００１）。受试者的总体ＢＲＣＡ状况应为其所有ＢＲＣＡ１／２基因变异中风险程度最高的类别。四、ＢＲＣＡ变异解读目前，ＢＲＣＡ变异解读最权威的指南或标准包括：ＡＣＭＧ和美国分子病理学会（ＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｆｏｒＭｏｌｅｃｕｌａｒＰａｔｈｏｌｏｇｙ，ＡＭＰ）序列变异解读标准和指南（２０１５版）［４］，欧洲分子基因诊断质量联盟（ＥｕｒｏｐｅａｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＧｅｎｅｔｉｃｓＱｕａｌｉｔｙＮｅｔｗｏｒｋ，ＥＭＱＮ）遗传性乳腺癌／卵巢癌分子遗传分析最佳实践指南（２００８版）［７］和ＥＮＩＧＭＡＢＲＣＡ１／２基因变异分类标准（１􀆰１版）［６］。ＡＣＭＧ于２０００年发布了第１版变异解读总体指南，并于２００７年进行了修订，２０１５年ＡＣＭＧ和ＡＭＰ联合发布了该变异解读指南的最新版本。ＥＭＱＮ是一家为全球实验室提供室间质量评估（ｅｘｔｅｒｎａｌｑｕａｌｉｔｙａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ）服务的非营利性机构，致力于提高临床分子遗传学检测质量。１９９９年ＥＭＱＮ起草了第１版遗传性乳腺癌／卵巢癌分子遗传分析最佳实践指南，并于２００７年ＥＭＱＮ研讨会讨论，后在２００８年更新了该指南。ＥＮＩＧＭＡ是一个国际研究者联盟，致力于确定ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２和其他已知或可疑乳腺癌基因序列变异的临床意义。基于已发表的指南（包括ＡＣＭＧ２００７版）和各成员制定的分类标准，ＥＮＩＧＭＡ于２０１５年发布了专门针对ＢＲＣＡ１／２的变异分类标准。在其标准里，ＥＮＩＧＭＡ根据已知的对功能域的认知，总结了ＢＲＣＡ１／２的功能域以及可能恢复ＢＲＣＡ１／２基因功能的自然存在的框内ＲＮＡ异构体（ｎａｔｕｒａｌｌｙｏｃｃｕｒｒｉｎｇｉｎ⁃ｆｒａｍｅＲＮＡｉｓｏｆｏｒｍｓ；表１）。除此之外，ＥＮＩＧＭＡ还发表了一些针对临床意义未明变异的研究。这些都是变异解读非常有用的资源。同一变异依据不同的解读指南或标准所得到的解读结果可能会略有差异，因而我们建议在变异解读时具体指明所依据的指南或标准名称。综合以上指南解读规则以及ＢＲＣＡ基因的特征，我们总结出以下解读规则：１．致病性（ｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ）⁃５类。包括以下几种情况：（１）编码提前终止密码子的序列变异，即ＢＲＣＡ１第１８５５位氨基酸和ＢＲＣＡ２第３３０９位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。（２）发生在剪切位点即外显子上下游第一或第二个碱基的变异，但是，需除·４９２·中华病理学杂志２０１７年５月第４６卷第５期　ＣｈｉｎＪＰａｔｈｏｌ，Ｍａｙ２０１７，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．５表２　ＢＲＣＡ变异解读常用数据库名称网址群体数据库　ｄｂＳＮＰｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐ　ＥｘｏｍｅＶａｒｉａｎｔＳｅｒｖｅｒｈｔｔｐ：／／ｅｖｓ．ｇｓ．ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ．ｅｄｕ／ＥＶＳ／　ＥｘｏｍｅＡｇｇｒｅｇａｔｉｏｎＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍｈｔｔｐ：／／ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／　１０００ＧｅｎｏｍｅｓＰｒｏｊｅｃｔｈｔｔｐ：／／ｂｒｏｗｓｅｒ．１０００ｇｅｎｏｍｅｓ．ｏｒｇ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌＢＲＣＡ相关数据库　ＣｌｉｎＶａｒｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｌｉｎｖａｒ／　ＢｒｅａｓｔＣａｎｃｅｒＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＣｏｒｅ（ＢＩＣ）ｈｔｔｐ：／／ｒｅｓｅａｒｃｈ．ｎｈｇｒｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｉｃ／　ＢＲＣＡＥｘｃｈａｎｇｅｄａｔａｂａｓｅｈｔｔｐ：／／ｂｒｃａｅｘｃｈａｎｇｅ．ｏｒｇ／　ＬｅｉｄｅｎＯｐｅｎＶａｒｉａｔｉｏｎＤａｔａｂａｓｅ（ＬＯＶＤ）ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｌｏｖｄ．ｎｌ　ＨｕｍａｎＧｅｎｅＭｕｔａｔｉｏｎＤａｔａｂａｓｅ（ＨＧＭＤ）ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｇｍｄ．ｏｒｇ　Ｕｔａｈｄａｔａｂａｓｅｈｔｔｐ：／／ａｒｕｐ．ｕｔａｈ．ｅｄｕ／ｄａｔａｂａｓｅ／ＢＲＣＡ／Ｖａｒｉａｎｔｓ／ＢＲＣＡ１，ｈｔｔｐ：／／ａｒｕｐ．ｕｔａｈ．ｅｄｕ／ｄａｔａｂａｓｅ／ＢＲＣＡ／Ｖａｒｉａｎｔｓ／ＢＲＣＡ２　ＢＲＣＡＳｈａｒｅｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｍｄ．ｂｅ