Sybyl对接教程

Sybyl对接教程1.先建立存放需要对接的蛋白和小分子的文件夹。我建立的docking_sybyl文件夹。文件夹里面放有靶点蛋白和需要对接的小分子，如下图。设置对接文件夹路径：Options→set→DefaultDirectory找到docking_sybyl文件夹，点击OK。下面开始对接：Application→DockingSuite→DockingLigands进入Docking界面。点击define,进入Surflex-Dock界面。导入蛋白结构，点击红圈中下拉框。进入docking_sybyl文件夹。选择3dlg.pdb点击OK。这样蛋白已经导入sybyl窗口。接下来对蛋白。点击Prepare。点击ExtractLigandSubstructures（提取小配体）。选择小配体GWE999，点击OK。点击RemoveSubstructures(删去无关的水分子和离子)点击OK到此蛋白已经准备好。点击Return。点击OK。点击Generate，产生活性位点。即产生protomol,3dlg_H-L-0.50-0-protomol.mol2点击OK。在Ligandsource下拉框中有常见的小分子格式可以选择，看你要对接的小分子是什么格式就选什么格式。我的是mol2格式就选择mol2file点击红圈中下拉框，选择需要对接的小分子。选择AMD.mol2点击OK。Proc根据你的电脑的核数来确定，我的是两核，填2。四核填4。Jobname可以根据习惯自己命名。点击OK，开始对接。等待。。。对接完后出现ResultBrowser界面。View选择DockingRun1_site.mol2点击小分子AMD,出现结合模式。点击saveresult设置如下：每个配体保留3个构象点击OK。显示小分子前3个构象选择第一行，显示蓝色，点击3D。点击选择M2:3dlg,点击Specify。点击设置显示的颜色风格等。还可以保存纯蛋白和对接后的小分子，用来做分子动力学。点击AMD点击第二个点击Save这里说明一下：可以直接把删去小配体，水分子和离子的纯蛋白拿来做分子动力学。因为在对接过程中蛋白的构象并不变，所谓的半柔性对接。只有小分子的构象在变。