SYBYL-SiteID靶点寻找教程

源资信息科技上海有限公司表面体积限制条件显示蛋白和配体小分子找到蛋白质中的结合位点显示结合位点附近的MOLCAD表面定义配体和受体结合位点定义部分匹配限制条件定义UNITY表面体积限制条件运行UNITYSearch本教程展示如何使用SiteID找到蛋白质中的结合位点，并且基于这个位点创建一个依据MOLCAD表面的UNITY表面限制条件，二氢叶酸还原酶(DHFR)其配体用于演示。1.1.1.展示蛋白质和配体1.首先清空屏幕和重置显示DeleteEverything点击重置所有旋转和移动2.导入蛋白质配体(orFileImportFile)设定FilesofType为SYBYLMol2选择书签列表中的[$TA_DEMO]，然后选择4dfr.mol2和mtx.mol2，并点击OK蛋白质和配体分别导入到了M1和M2区域中3.显示配体分子为棍状模型并取消其分子标签的显示使用改变M2中配体的显示方式，由DspAs改变为CappedSticks，设定AtmLbl为Off1.1.2.找到蛋白质当中的结合位点1.指定溶剂化方法OptionsTailor选择SITEID作为Subject设定ALGORITHM为SOLVATION源资信息科技上海有限公司点击Apply然后Close2.使用SiteID找到蛋白质中的结合位点BiopolymerAnalyzeProteinSiteIDFindPockets在SiteIDFindPockets对话框，确定包含蛋白质4dfr的M1区域被选中，并点击OK片刻SideID会生成24个球填补蛋白质的活性位点，SiteIDFindPockets对话框也显示出来如下图所示3.创建活性位点5Å范围内所包含的子结构集在SiteIDPockets对话框，移动滑块为5DHFR被着色水分子口袋附近的氨基酸残基显示为黄色暴露在溶剂分子内的蛋白质原子和口袋内溶剂分子5Å范围内的原子显示为红色Cα上带着氨基酸残基名称的标签点击Createsubstructureset输入pocket_5作为set_name并点击OK1.1.3.显示蛋白质结合口袋为MOLCAD表面1.给结合口袋周围的原子加上MOLCADConnolly表面在SiteIDPockets对话框，点击MOLCADsurfaceCreate源资信息科技上海有限公司点击Close关闭SiteIDPockets对话框点击OK关闭信息提示框2.隐藏MOLCAD表面使用取消对M1中背景的显示3.改变水分子的显示大小点击点击OtherSubstructures复选框然后点击OK点击，然后清除选择1.1.4.定义受体和供体位点通过SYBYL识别氢键位点可以指导生成氢键供体和受体的选择用于生成UNITYquery。1.找到蛋白质中的氢键受体UNITYDefineQueryFromProteinAcceptor选择M1:4dfr并点击OK扩展AtomExpression对话框的层级，显示在链中的氨基酸残基选择蛋白质中被SideID着色的、存在于被SYBYL识别的氢键结合位点中的氨基酸残基ILE5,ASP27和ILE94点击AtomExpression对话框中的OK一旦UNITY识别了潜在的受体/供体相互作用两个对话框将会显示出来PickUNITYFeature信息对话框告诉你如何继续选择特征以及如何取消选择Pick按钮可以终止选择若干个蛋白质供体/配体小分子受体原子对以黄线显示并在末端带了一个星号，源资信息科技上海有限公司碰撞，一些原子对被删除。点击与氨基酸残基ASP27相连的两个位点，如下图中的箭头所示点击如下图所示的与ILE94相连的单一位点点击Pick对话框中的EndSelect点击M4作为包含searchquery的显示区域并点击OK回答Yes当显示提问Createspatialconstraints?为空间限制条件输入tolerance为0.5并点击OK1.1.5.定义部分匹配限制条件不是所有识别到的受体/供体都会在结构搜寻中被找到，部分匹配限制条件可以引导UNITY搜寻器至少找到这些位点中的一些。使用取消对M1区域中4dfr蛋白质的显示UNITYEditQueryDefineConstraintsPartialMatchDialog在PartialMatchConstraint对话框,设定MolArea为M4源资信息科技上海有限公司点击Add选择位点RA_200_ASP27,RA_201_ASP27,和RA_713_ILE94(这三个位点是本教程之前按顺序生成的三个球状空间限制条件)点击Pick对话框中的EndSelect选择MatchatLeast为1选择MatchatMost为2设定ConstraintColor为Orange并点击OK1.1.6.定义UNITY表面体积限制条件1.重新显示MOLCAD表面使用重新勾选M1中与4dfr相关的背景(BkgVis)的选择2.创建限制条件UNITYEditQueryManageFeatures在ManageUNITYFeatures对话框,设定Class为CONSTRAINT和Type为SURFACE_VOLUME点击AddUNITY-definevolumeconstraintfromMOLCADsurface对话框出现默认值Tolerance(1.0Å),Overlap(0.5Å),以及vdWscaling(0.1)设定MoleculeAreaforQuery为M4点击OK3.查看结果表面透明表面朝一个方向扩展或者朝MOLCAD表面的另一个方向延伸，如果表面方向看起来正确，那么当提问Expandinthedirectionandbytheamountshown?出现时，回答Yes如果不正确则回答No,也可以改变扩展方向,或者改变tolerance,扩展方向应该符合在扩大之后能为配体腾出更多空间的原则。本例中，扩展方向正确，所以点击Yes当提示文件名称时，点击OK接受默认的选择在ManageUNITYFeatures对话框,点击Done4.隐藏蛋白质、配体和表面使用取消对M1、M2(MolVis)以及相关背景(BkgVis)的勾选源资信息科技上海有限公司搜寻UNITYStartUNITYSearch在UNITYSearch对话框,选择M4作为包含提问结构的显示区域设定QueryType为FlexSearch勾选Specify单选按钮并点击Options在UNITYFlexSearchOptions对话框,找到theMaximumNumberofHits，勾选第二个单选按钮并输入3点击OK关闭对话框在UNITYSearch对话框的Search部分，确定Databases被激活并且仅有SAMPLE数据库被选中点击OK提交搜寻2.显示命中目标化合物UNITYSearchManagement在UNITYSearchManagement对话框，点击Refresh如果任务还没有全部完成，会显示完成进度高亮显示对应于搜寻任务的一行并点击LoadintoTable一个分子表单被创建，包含有提问结构的3个目标化合物第一个目标化合物与口袋匹配并符合空间限制条件，两个配体/供体原子对被找到使用更清楚的显示配体小分子在M3一行，设定DspAs为CappedSticks勾选M2显示区域中的分子，然后取消勾选，这个是已知结合构象源资信息科技上海有限公司观察搜寻结果如何满足空间限制条件在ShowSelectedRows对话框，点击向上箭头和向下箭头按钮显示命中的目标化合物供体/受体原子对、空间限制条件以及表面体积找到与已知结合位点相似的三个目标化合物观察结束后，点击Close关闭ShowSelectedRows对话框3.关闭搜寻结果分子表单MSS:FileClose点击No，当提示保存分子表单时，因为这个表单很容易从搜寻结果中重新生成4.关闭UNITYSearchManagement对话框点击Done关闭UNITYSearchManagement对话框5.关闭SYBYL屏幕并重置DeleteEverything点击重置所有旋转和移动