PubMed中文使用手册

.Word资料PubMed中文使用手册（一）PubMed简介：PubMed是美医学图书馆(NLM)下属的生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于的查询系统。PubMed是NCBIEntrez数个数据库查询系统下中的一个。PubMed是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据等等。PubMed提供与综合分子生物学数据库的与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。（二）页面介绍:（更新很快，但其容变化一般不大）.Word资料在你的浏览器中的URL地址框中健入.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图：1.主页面左侧框的介绍（注：Cubby和tutorial为最新加入的）MeShBrowser你可以用它来分层浏览MesH表SingleCitationMatcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的容。BatchCitationMatcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。ClinicalQueries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个围：治疗、诊断、病原学与预后。OldPubMed(使用以前的PubMed查询方式)关于每一项的具体使用方法,后面将会有详细介绍。RelatedResourcesOrderDocuments提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。GratefulMed是对另一个NLM基于网络的查询系统的。GratefulMed也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。ConsumerHealth提供与MEDLINEplus的，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的医学图书馆的网络节点。ClinicalAlerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。2.主页面底部的介绍Disclaimer在这里可以得到的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。WritetotheHelpDesk发e-mail给NLM消费者服务部。NCBI|NLM|NIH这里是对创建和维护PubMed的机构网页。.Word资料下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。假如我们这次的工作是查找与gallstone、pain有关的文献。在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是gallstonepain，然后单击“go”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。你可以随时向查询框输入查询词，点击“go”按钮开始新的查询。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的容，然后开始一个新的查询。在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。Structure搜索分子结构数据库(MMDB)TheMolecularModelingDatabase，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。Genome提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。PopSet这个数据库中的容是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。下面我们将详细介绍查询结果屏幕。DisplayOption（显示选项）在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。Summary（简要格式）：在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，他所显示的容包括以下几项：作者：纪录中的所有作者都奖杯显示出来。相关：列出相关容，如文章、蛋白质、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式显示）。.Word资料文章题目：英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。来源：提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种（针对非英语文献），出版类型。没有摘要的文献将显示“Noabstractavailable”标识数字：提供PubMed标示（PMID）与MEDLINE唯一标识（UI）。Brief（简报格式）：显示的条目容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识。Abstract（摘要格式）：将会显示以下几项容：文献题目、作者、第一作者单位（地址）、期刊来源（期刊名简写、出版日期、卷、页数）、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。Legend（图例格式）：显示文献出处、名称、作者、第一作者单位（地址）、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。Citation（引证格式）：提供如下信息：文献出处、文献题目、作者、第一作者单位（地址）、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、（如果存在）化学物质、（如果存在）巨大数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识。MEDLINE格式（MEDLINE）：用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。RetrievalSummary（查询概要）：查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。Page（选择页数）：PubMed根据你的选择而显示不同页的容，所选中的页数以红色显示，单击〉〉或〈〈显示其他页码。Details（详细容）：1)单击Details按钮可以显示你正在进行的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；错误信息，比如禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。.Word资料2)你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search”按钮进行新的查询。3)Result下的数字是查询结果，并且可以到现今的查询结果。PubMed实际上是一个更大数据库PubRef的子集，PubMed的查询一般不包括PubRef中的条目，除非你在编辑框中将“ANDnotpubref[sb]”删除。4)在Details中保存一个查询方案：单击URL按钮，PubMed将返回到查询结果窗口，经过修改的查询方案将显示在对话框中，并且查询方案也被嵌入URL中，然后使用你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签，保存后，可以编辑书签功能将此书签改为比较容易记忆的名字，使用方法与其他的书签相同。5)定期查找功能：如果你想每隔一段时间进行一次同样的查询，以找到最新的文献，可以这样作：第一步如保存查询方案，通过选择书签的方式重新运行查询方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜单将时间限定在搜索围。Addtoclipboard（加入剪切板）剪切板可以帮你保存察看你在一个或多个查询里所查到的容；剪切板中最大的保存数目是500条；如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进行任何操作达1小时，剪切板中的容将会消失。要将条目加入剪切板，先将所需要的条目前的复选框选中，然后单击“Addtoclipboard”按钮，一旦你将一条容加入剪切板，纪录数字的颜色将会改变。Save（保存）功能是保存查询到的条目。如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save”按钮。如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save”按钮。最大的保存的数量是5000，如果你想保存超过这个书目的容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。Text（文本）使用文本功能可以将条目以纯文本的方式重新显示，把那些Web与HTML的容去除，当看完纯文本的容后，按浏览器的“Back”回到以前的Web页面。你可以使用此功能将PubMed侧框与按钮除掉，在用打印机打印。纯文本版本将会显示你所选中的条目的容，如果没有选中任何条目，所有的条目容都江北显示出来。.Word资料Order（定购）通过一些中间商得到文献的全文。3.特征栏特征栏可以选择一些其他的功能Limit单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：i)将搜索围设定在一个特定的域。ii)将搜索围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学围。iii)也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。iv)设定只搜索包含摘要的文献。v)设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。vi)设定搜索围为PubMed数据库的某一子数据库（如AbridgedIndexMedicus或AIDS相关的条目）。下面将逐一进行介绍：FieldSelection（域选择）你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；打开下拉菜单选择你所需的域名。Onlyitemswithabstract（只搜索包含摘要的条目）如果将这个复选框选中，将只搜索包含摘要的文献。PublicationType（出版类型）其后的下拉菜单是常用的出版类型列表。Language（语言）将近40种语言列在此菜单里，都是在搜索时经常用到的。Age（年龄）选择人类学研究的年龄组。Gender（性别）在此下拉菜单选择人类学研究的性别组。HumanorAnimal（人类或动物）在此下拉菜单选择研究对象。.Word资料Subset（子集）你可以将自己的搜索限制在下列4个组中的一个条目处理阶段。Publisher：出版商发送来的原样PreMEDLINE：正要往MEDLINE中加入的纪录MEDLINE：所有MeSH表索引的纪录主题词过滤AIDS：NLM’SAIDS数据库期刊组AIM：AbridgedIndexMedicus（120种英文期刊）Dental：牙医学期看的子集Nursing：护理学期刊的子集PubRef：这是一项将搜索词围扩大的服务，选择此项将会搜索更广围的科学期刊（如物理、天文等）而不是限定在PubMed中，这个选项也可以帮用户搜索到出版商网址上的文献全文。Date:(日期)PubMed中包括自1966年来出版的文献，新条目周二到周四加入。在PubMed中有两种日期表示方式：Entrez日期是条目最初被加入PubMed的日期，Publication（出版）日期是文献出版时的日期。PubMed已Entrez日期顺序来显示你的查询结果的，最新被加入的纪录第一个被显示出来。LimitingbyDate（日期限定）使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有PublicationDate与EntrezDate两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索围。使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期（月和日可不填）LimitIndicatorLimit旁边的复选框如果处于选中状态则表示限定条件生效，如果开始搜索，生效的限定条件将会以黄色框Display按钮的上面。注意再进行其他搜索前将Limit前的复选框去掉，以消除限定条件。Preview/Index（预览/索引）使用特征栏的Preview/Index可以做到：①在显示条目之前显示所查到的文献数。②随时通过增加查询单词来修改查询方案。③在特定的搜索域中向方案里加入查询词。④从Index中查看并选择词语来修改查询方案。.Word资料⑤在你修改查询时查看方案。下面将详细加以介绍：Preview(预览)：使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。通过增加一个或多个单词来修改查询方案。向查询框中加入另一个词语点击Preview，你可以继续向框中加入多个词语，点击Pr