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质谱数据分析资源1数据库（1）蛋白质序列数据库：://=Protein（2）实验数据：://bioinformatics.icmb.utexas.edu/OPD/://::::::数据分析工具（1）蛋白质组专家系统：提供的工具链接：Aldente：利用PMF数据鉴定蛋白质，使用了Hough变换来处理图谱，对图谱进行再校正和异常值排除。提供单机版下载。FindMod：利用PMF数据鉴定蛋白质中存在的修饰，考虑的修饰是Swiss-Prot数据库中包含的注释。FindPept：利用PMF数据鉴定蛋白质，处理非特异性酶切的数据，考虑了化学修饰，翻译后修饰等因素。GlycoMod：利用PMF数据预测蛋白质中可能发生的糖基化修饰，鉴定糖肽。Mascot：商业化的数据库搜索软件，提供PMF搜库，PFF搜库以及混合搜库的功能，网站有大量的背景知识介绍。网址为：。PepMAPPER：PMF数据搜索软件。PFMUTS：从PMF数据中寻找可能的肽段突变（1~2个）。ProFound：基于贝叶斯模型的搜库软件。ProteinProspector：系列搜库软件，包括MS-Fit,MS-Pattern,MS-Digest等。Popitam：从图谱数据中寻找未知修饰。Phenyx：商业化串联质谱数据搜库软件。OMSSA：开放源码的搜库软件，由NCBI提供。PepFrag：搜库软件。SearchXLinks：搜索修饰、cross-linked的特殊搜库软件。（2）系统生物学研究所：提供的连接：SEQUEST：搜库软件SEQUEST的使用资料，十分详细。还同时提供extractms，2to3，MS2，SQTSort，DTASelect，DaughterDB，RelEx等工具的使用说明，可以向网站维护者索要这些工具。PeptideProphet：肽段鉴定结果验证工具，新的版本已经整合在TPP中，开放源代码，能够处理现在主流搜库软件SEQUEST、Mascot，Phenyx，X!Tandem等软件的结果。SBEAMS：数据库管理系统，开放源码。（3）蛋白质组共享平台：提供了包括数据整理、数据格式转换、搜库、搜库结果分析、数据共享等74个工具:INTERACT::::::://mippi.ornl.govIntegratedPost-GenomicDataResource::::(JavaWebStart):::::::=2%26SEARCH=PMFAldente::(GFS)::(Human):(Prokaryotes):(PlantUniGene):://(Xenopus):(T.brucei)::=2%26SEARCH=MISTheOpenMassSpectrometrySearchAlgorithm(OMSSA):(PWI)::::high-throughputidentificationofpeptidemassspectra::!4.0Online::::(GAPP):(IPP):::Perlscriptsformassspectraldataanalysisandsorting::://:::ANewToolforMassSpectrometry-BasedProteomics:::::!Hunter：：