搜索
VectorNTIUserManual-1-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003AllrightreservedVectorNTIUser'sManual前言（INTRODUCTION）....................................................................3第一章DISPLAYWINDOWS..............................................................4一.顯示DNA序列及圖形...........................................................5二.顯示蛋白質序列的方式.......................................................10第二章MOLECULEOPERATIONS................................................13一.對PBR322’S的常用資料（GENERALDATA）進行編輯....13三.插入新的序列片段..................................................................15四.編輯TC(R)圖示.................................................................16五.刪除P2_P標示，並加入新的序列特徵標示....................17六.修改MYPBR322的起始座標.............................................18第三章GRAPHICALREPRESENTATION....................................19一.爲PBR322圖形建立一個展示視窗....................................19二.修改圖形的自動排列設置...................................................19三.修改圖形的編碼區信號（CDSSIGNALS）設置...............19四.打開圖片編輯方式...............................................................20五.修改TC(R)圖形....................................................................20六.加入註解注釋.......................................................................22七.將PBR322分子顯示結果保存到文檔文件中...................22第四章BLASTSEARCHANDBLASTVIEWER..........................24一.簡介.......................................................................................24二.BLAST搜尋視窗..................................................................24三.BLASTSEARCHRESULTS.......................................................28四.SAVINGBLASTSEARCHRESULTS..........................................29VectorNTIUserManual-2-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003Allrightreserved第五章ALIGNX..................................................................................31一.開啟與執行：.......................................................................31二.參數設定與調整：...............................................................35三.資料輸出與列印...................................................................39第六章ALIGNX-BLOCKS................................................................40一.開啟與執行：.......................................................................40二.參數設定與調整：...............................................................42三.資料輸出與列印......................................................................44第七章BIOPLOT................................................................................45一.開啟與執行：.......................................................................45二.資料輸出與列印...................................................................49第八章CONTIGEXPRESS................................................................50一.INTRODUCTION........................................................................50二.PROJECTEXPLORER.................................................................50三.WORKINGINFRAGMENTWINDOW..........................................54四.WORKINGINTHECONTIGWINDOW.........................................60第九章MISCELLANEOUSVECTORNTITOOLS......................63一.INTRODUCTION........................................................................63二.PUBMED/ENTREZSEARCH.......................................................63三.CITATIONVIEWER....................................................................66附記：如何執行反安裝……………………………………………….69VectorNTIUserManual-3-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003Allrightreserved前言（Introduction）程式附帶的資料庫（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA序列、蛋白質序列、限制酶、寡核苷酸、電泳marker。此外程式還提供資料庫開發（DatabaseExplorer）功能，使用者可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類資料庫。建立新序列資料（有四種方法）用GenBank/GenPept，EMBL/SWISS-PROT或FASTA、ASCII等格式輸入DNA或氨基酸序列。以Copy/Paste方式貼入，然後存到資料庫中。從其他序列檔、linker、載體中剪切、拼接而成新序列從DNA或RNA序列轉譯成蛋白質序列關於新序列的內部特徵圖譜(例如CDS、motif等資訊)，若是利用GenBank/GenPept，EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式輸入的序列，因為內含註解，所以都能直接顯示，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯VectorNTIUserManual-4-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003Allrightreserved第一章DisplayWindows目的：建立顯示視窗，並對載體圖、序列及註解進行操作1.登錄VectorNTI安裝後首次登錄，系統將提示是否允許將新資料填入VectorNTI資料庫中，點OK。這樣DNAmolecules，proteins，enzymes，oligos，andgelmarkers將組成NTI的資料庫。並出現下列兩個窗口。2.觀察出現的VectorNTI工作視窗和DatabaseExplorer視窗這個視窗爲工作視窗，由功能表欄和工具列兩欄，移動滑鼠到工具欄任意選項處，滑鼠將會自動顯示每個工具列的功能。VectorNTIUserManual-5-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003Allrightreserved這個視窗爲DatabaseExplorer視窗——localvectorNTIdatabase，顯示的是上次打開的DNA/RNA或蛋白分子。一.顯示DNA序列及圖形1.CreateaDisplayWindowforpBR322打開DatabaseExplorer視窗——localvectorNTIdatabase視窗中的DNA/RNAMolecules(MAIN)資料庫，找到pBR322分子並雙擊打開。顯示如下視窗：VectorNTIUserManual-6-源資國際生物科技股份有限公司Copyright2003Allrightreserved2..觀察pBR322顯示視窗上面的視窗由註解區（對該分子資訊的文字描述，雙擊文件夾可以看到）、圖形區（標住限制酶位置等）和序列區（序列本文及限制限制酶切位位）三個部分組成。3.顯示視窗的管理（透過拖拉尺規，改變視窗、或每個顯示區的相對大小）4.轉換pBR322’s圖形區：在工具欄左邊的activepane右側有三個按鈕，用滑鼠點當中那個（graphicspane）5.對pBR322’s結構圖進行操作：使用者可以嘗試點選、、，此時圖形的大小會發生變化。選取設定功能表Editsetselection，輸入100bp–1000bp，然後按OK.可以看到所輸入的選取區間在圖形中以扇型框圈了起來.將滑鼠移到選取的5’端，可以看到，通過拖拉可以延長或縮短選區範圍，同樣在3’端也能做到。如果使用者一次只想移動一個鹼基用直接拖拉就可能不方便，假如使用者想在5’端移動一個鹼基，首先將滑鼠放到處，然後按住shift和鍵盤右側的或箭頭，則可以按一次箭頭移動一個鹼基距離。如果一次想移動10個鹼基，則同時按住shift+ctrl+箭頭。如果使用者只是粗略選擇，可以直接將滑鼠移到圖中，用十字花拖動。將滑鼠移到圖的TCr處，此時滑鼠箭頭變成，並顯示TCr代表的含義，如果使用者