引物设计

PCR引物设计汕大医2009级闫银侠13750406468PCR引物设计PCR的基本原理PCR引物设计的基本原则常用PCR引物设计软件PrimerPremier5.0介绍PCR的基本原理引物引物的概念引物是一段寡聚核苷酸序列，它是PCR特异反应的关键。引物的种类PCR引物测序引物杂交探针简并引物其他引物引物的作用基因获得，测序以及检测等。引物设计的原则三条最基本的原则：引物与模板的序列要紧密互补引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。主要影响因素引物长度产物长度序列Tm值引物与模板形成双链的内部稳定性形成引物二聚体及发夹结构的能值在错配位点的引发效率引物及产物的GC含量引物设计的要点引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物长度一般在15-30bp之间，常用的是18-27bp，不应超过38bp。引物过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。引物G+C的含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。上下游引物的Tm值是寡核苷酸的解链温度，即在一定盐浓度条件下，50%寡核苷酸双链解链的温度。Tm值(解链温度)=4(G+C)＋2(A+T)；有效启动温度，即退火温度，一般低于Tm值5-10℃；引物3'端要避开密码子的第3位。密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性和效率。引物3'端不能选择A。3'错配时，不同碱基引发效率存在差异：AG,CT,所以避开A而选择T。ATCG在引物中要随机分布。可以降低引物与模板的相似性，从而减少错误引发。引物自身以及引物之间不应存在互补序列。防止形成发夹结构和引物二聚体引物5'端和中间△G值应该相对较高，3'端△G值应该相对较低。△G值越高，双链越稳定，但容易在3'错配位置形成双链结构引发DNA聚合。引物的5'端可以修饰，3'端不可以修饰。引物5'决定PCR产物的长度，对特异性影响不大。扩增产物的单链不能形成二级结构二级结构是造成引物无效的主要原因，设计引物时一定要避开二级结构域。引物应具有特异性引物设计完成以后，应对其进行Blast检测，如果与其他基因不具有互补性，就可以进行下一步实验了。当然，各种模板的引物设计难度不一，有的模板本身条件比较困难，例如GC含量偏高或者偏低，导致找不到各种指标都十分合适的引物，用作克隆目的的PCR，由于片段相对固定，其引物设计的自由度较低，所以这时候，只要尽量满足这些条件就可以了。酶切位点的添加引物设计时计算Tm值，退火温度以及GC含量时，不用把酶切位点和保护碱基计算在内。两个位点应是载体上的，所连接的片段上没有这两个位点，且距离不能太近，否则两个酶都切不好。两个酶切位点最好不是同尾酶，否则酶切效果相当于单酶切。最好使用酶切效率高的酶，双酶切使用的酶最好有共同的Buffer。酶切位点需要保护性碱基，以利于内切酶的切割。设计时酶切位点应位于引物5'顶端。PCR设计引物时酶切位点的保护碱基表（例）PrimerPremier5.0应用简介PrimerPrimer5.0引物设计功能限制性酶切位点分析功能蛋白模体基元和活性位点分析功能同源性分析和DNA与蛋白质序列的互换使用步骤及技巧LoadsequencePreimerPremier启动界面引物设计功能进行引物设计时，点击按钮，界面如下：进一步点击按钮，出现“searchcriteria”窗口，有多种参数可以调整。引物类型搜索模式5’引物位置范围3’引物位置范围产物大小范围引物长度选择方式参数选择参数选择，一般选择默认，点击，随之出现的SearchProgress窗口显示SearchComplete时，再按。默认成对（pairs）显示，共找到100对引物，并按照优劣次序（Rating）排列，满分100分，即各项指标基本都达标。点击其中一对引物，例如第1对，并挪开或退出该窗口，显示“primerprimer5”主窗口，如下：产物以及模板位置引物性质四种重要指标的分析最佳退火温度可供参考一对理想的引物应当不存在四种指标中的任何一种，因此最好的情况是最下面的分析栏里没有，只有。但是，通常情况下，会出现这种情况：此时，就需要对引物进行编辑，点击EdithereAnalysistheresultaftereditingAccepttheeditresultReturntothemainwindowResultsReport其他功能限制性内切酶分析MeltingtemperaturegraphGC%graphStabilityPrimer-blast引物验证在“PCRTemplate”下面的文本框，输入目标模板的序列，FASTA格式或直接用AccessionNumber。如果你在这里输入了序列，是用于引物的设计。如果你已经设计好了引物，可在PrimerParameters区填入你的一条或一对引物。并且选择好验证的目标数据库（在specificitycheck区选择）。根据需要可设置产物的大小、Tm值等。特异性（Specificity）谢谢！