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Sequin帮助文件生物软件网()提供翻译:qshchen@sohu.com1Sequin帮助文件目录•介绍(Introduction)o帮助文档(Thehelpdocumentation)o表格的组织(OrganizationofForms)oSequin总览(OverviewofSequin)•“Sequin欢迎表格”(WelcometoSequinForm)•提交者表格(SubmisstionAuthorsPage)o提交页(SubmisstionPage)ƒ我们是否可以在发表前公布此记录?(Maywereleasethisrecordbeforepublication?)ƒ稿件的临时标题(Tentativetitleformanuscript)o联系页(ContactPage)o作者页(AuthorsPage)o机构页(AffiliationPage)•“序列格式”表格(SequenceFormatForm)o提交类型Submissiontypeo序列数据格式Sequencedataformato提交类别SubmissionCategory•物种和测序格式OrganismandSequencesFormo物种页OrganismPageƒ物种Organismƒ测序部位LocationofSequenceƒ翻译遗传密码GeneticCodeforTranslation:o核酸页NucleotidePageƒ分子Moleculeƒ拓扑结构Topologyƒ5'末端未完成/3'末端未完成Incompleteat5'end/Incompleteat3'endƒFASTA定义行(以序列号起始)FASTAdeflinestartswithsequenceIDƒ核酸序列的FASTA格式FASTAformatfornucleotidesequencesƒ核酸的定义行(标题)NucleotideDefinitionline(title)ƒ核酸FASTA格式的第一行的例子ExampleofthefirstlineofanucleotideFASTAsequenceƒ核酸序列对比的FASTA+GAP格式FASTA+GAPformatforalignednucleotidesequencesƒ以PHYLIP格式输出的核酸序列对比PHYLIPformatforalignednucleotidesequencesƒ以NEXUS格式输出的核酸序列对比NEXUSformatforalignednucleotidesequencesƒ对PHYLIP和NEXUS的一些补充信息SourceModifiersforPHYLIPandNEXUSƒ导入系列对比序列片段Importingalignedsetsofsegmentedsequencesƒ向Sequin导入核酸序列ToimportanucleotidesequenceintoSequinƒ向Sequin导入一系列核酸序列ToimportasetofnucleotidesequencesintoSequino蛋白质页ProteinPageƒ由蛋白测序确认的概念性翻译ConceptualtranslationconfirmedbypeptidesequencingƒN-端不完整/C-端不完整IncompleteatNH3end/IncompleteatCO2endƒFASTA定义行(以序列号起始)FASTAdeflinestartswithsequenceIDƒ建立有CDS间隔的原始mRNACreateinitialmRNAwithCDSintervalsƒ蛋白序列的FASTA格式FASTAformatforproteinsequencesƒ蛋白质的定义行(标题)ProteinDefinitionline(title)ƒ蛋白质FASTA格式的第一行的例子ExampleofthefirstlineofaproteinFASTA2sequence:ƒ向Sequin导入蛋白序列ToimportaproteinsequenceintoSequinƒ向Sequin导入一系列蛋白序列ToimportasetofproteinsequencesintoSequino序列导入确认窗口SequenceImportCheckWindowo注解页AnnotationPageƒ对一系列序列增加基因、rRNA和CDS属性AddingGene,rRNAandCDSfeaturestoasetofsequencesƒ对一系列序列添加标题Addingatitletoasetofsequences•来源限定词表格SourceModifiersForm•组配跟踪AssemblyTracking•编辑记录/档案EditingtheRecordo概述Overviewo向数据库提交昀终记录Submittingthefinishedrecordtothedatabase•记录阅览器TheRecordViewero目标序列TargetSequenceo显示格式DisplayFormatƒ摘要Summaryƒ图形Graphicƒ队列Alignmentƒ序列SequenceƒGenBankƒEMBLƒFASTAƒASN.1ƒ桌面Desktopo完成Doneo屏幕下端的控制按钮Controlsonthebottomofthescreen•描述符Descriptorso概述Overviewo注释菜单Annotatemenuƒ更新数据Updatedateƒ生成数据CreatedateƒGenBankblockƒ领域Regionƒ评述Commentƒ标题Titleƒ分子描述Moleculedescriptionƒ分子Moleculeƒ完整性Completednessƒ技术方法Techniqueƒ分类Class:ƒ分子构象Topology:ƒ链Strand:ƒ生物学来源BiologicalSource•特征Featureso概述Overviewo注释菜单Annotatemenuƒ特性页PropertiesPageƒ常规子页GeneralSubpageƒ评述子页CommentSubpageƒ引用子页CitationsSubpage3ƒ参照子页Cross-refsSubpageƒ定位页Locationpageo衰减子attenuatoroC_区C_regionoCAAT_信号CAAT_signalo编码区CDSƒ编码区页CodingRegionPageƒ常规子页GeneralSubpageƒ其它选项子页ExceptionsSubpageƒ蛋白质子页ProteinSubpageƒ产物子页ProductSubpageo冲突conflictoD-环D-loopoD_片段D_segmento增强子enhancero外显子exonoGC_信号GC_signalo基因geneo干涉DNAiDNAo内含子intronoJ_片段J_segmento长终止重复LTRo成熟肽mat_peptideomisc_bindingomisc_differenceomisc_featureomisc_recombomisc_RNAomisc_signalomisc_structureo修饰的碱基modified_baseomRNAoN_区N_regiono原序列old_sequenceo加尾信号polyA_signalopolyA_位点polyA_siteo前体RNAprecursor_RNAo初级转录本prim_transcripto引物结合位点primer_bindo启动子promotero蛋白质结合位点protein_bindo核糖体结合位点RBSo重复区repeat_regiono重复单元repeat_unito复制原点rep_originorRNAo转换区S_regiono卫星序列satelliteo细胞质小分子RNAscRNAo信号肽sig_peptideo核内小分子RNAsnRNAo核仁小分子RNAsnoRNA4o来源sourceo茎环结构stem_loopo序列标签位点STSoTATA_信号TATA_signalo终止子terminatoro转运肽transit_peptideotRNAo不确定的unsureo可变区V_regionoV片段V_segmento变异variationo3'发夹区3'clipo3'非翻译区3'UTRo5'发夹区5'clipo5'非翻译区5'UTRo-10_信号-10信号_signalo-35_信号-35信号_signal•生物学来源BiologicalSourceo概述:描述符或特征Overview:DescriptororFeature?o物种页OrganismPage.ƒ名称子页NamesSubpageƒ定位子页LocationSubpageƒ序列位置LocationofSequenceƒ序列来源OriginofSequenceƒ遗传密码子页GeneticCodesSubpageƒ细胞核的Nuclearƒ线粒体的Mitochondrialƒ谱系子页LineageSubpageo限定词子页ModifiersPageƒ来源子页SourceSubpageƒ物种子页OrganismSubpageo综合页MiscellaneousPageƒ同义词子页SynonymsSubpageƒ对照子页Cross-refsSubpage•出版物Publicationso概述:描述符或特征Overview:DescriptororFeature?o注册表中引用项CitationonEntryFormƒ状况Statusƒ类别Classƒ范围Scopeo引用信息表格(常规)CitationInformationForm(General)ƒ作者页AuthorsPageƒ名称子页NamesSubpageƒ联系子页AffiliationSubpageo引用信息表格(选择期刊作为分类)CitationInformationForm(IfselectedClasswasJournal)ƒ标题页TitlePageƒ期刊页JournalPageƒ备注页RemarkPage•文件菜单FileMenuo关于SequinAboutSequin5o帮助Helpo打开Openo将FASTA序列直接导入序列编辑器FASTANucleotideDirecttoSequenceEditoro关闭Closeo输出到GenBankExportGenBanko复制浏览DuplicateViewo存储Saveo另存为SaveAso恢复Restoreo准备提交PrepareSubmissiono打印Printo退出Quit•编辑菜单EditMenuo复制Copyo清除Clearo复制副本Duplicateo编辑序列Editsequenceo编辑队列Editalignmento编辑提交者信息EditSubmitterInfoƒ提交子页Submissionpageƒ联系子页Contactpageƒ引用子页Citationpageo更新序列UpdateSequenceo特征传递FeaturePropagateo添加序列AddSequence•搜索菜单Searchmenuo查找ASN.1FindASN.1o查找原始文件FindFlatFileo按基因查找FindbyGeneo按蛋白质查找FindbyProteino按位置查找FindbyPositiono确认Validateo拼写检查SpellCheckoCDDBLASToORF探测器ORFFindero选择对象SelectTarget•综合菜单MiscMenuo样式管理StyleManagero网络配置NetConfigureƒGenBank记录更新UpdatingexistingGenBankrecords:ƒ在Medling中执行查询PerformingaMedlinelookup:ƒ执行分类学查找Perfor

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