分子结构模型的构建及优化计算

分子结构模型的构建及优化计算一、目的要求1．掌握Gaussian09W和GaussView5.0程序的使用。2．掌握构建分子模型的方法，为目标分子设定计算坐标。3．能够正确解读计算结果，采集有用的结果数据。二、实验原理量子化学是运用量子力学原理研究原子、分子和晶体的电子结构、化学键理论、分子间作用力、化学反应理论、各种光谱、波谱和电子能谱的理论，以及无机、有机化合物、生物大分子和各种功能材料的结构和性能关系的科学。Gaussian09W程序是目前最普及的量子化学计算程序，它可以计算得到分子和化学反应的许多性质，如分子的结构和能量、电荷密度分布、热力学性质、光谱性质、过渡态的能量和结构等等。GaussView5.0是一个专门设计的与Gaussian09W配套使用的软件，其主要用途有两个：构建Gaussian09W的输入文件；以图的形式显示Gaussian09W计算的结果。本实验主要是借助于GaussView5.0程序构建Gaussian09W的输入文件，利用Gaussian09W程序对分子的稳定结构和性质进行计算和分析。三、软件与仪器1．软件：Gaussian09W、GaussView5.0计算软件2．仪器：计算机1四、实验步骤H20:1.分子的最稳定结构打开GaussView5.0程序，在GaussView5.0中利用建模工具（View→Builder→），在程序界面元素周期表的位置处找到所需的氧、氢元素，单击即可调入该元素与氢元素的化合物。绘制出水分子的结构式后，把图形保存成.gif文件（File→Save，取名为1H2O.gif）构建分子成功后，可以利用GaussView5.0查看分子的对称性和坐标。从Edit→pointgroup路径可以查看所构建的分子点群；从Edit→atomlist路径可以产看所构建的分子内坐标和直角坐标。用记事本打开刚才保存的1H2O.gif，把计算方法及关键词改为#pHF/6-31G(d)opt(maxcycle=300)freq,并对题目进行修改，再保存。采用Gaussian09W程序进行几何优化及频率计算。打开计算数据文件，File→Open→指定文件，点击开始运算。分子结构的计算结果文件保存为相应的out文件。计算过程中，主程序窗口不断显示计算进程，当“Runprogress”栏内显示“ProcessingComplete”时，计算已完成，此时在本窗口底部可以看到“NormalterminationofGaussian…”字段。完成计算后，关闭Gaussian软件窗口。2.分子的性质用GaussView5.0打开1H2O.out，并保存成1—1H2O.gif.在用记事本打开1—1H2O.gif，把计算方法及关键词改为#pHF/6-31G(d)pop=full，保存。使用Gaussian09W软件打开刚才修改后保存的gjf文件，在RouteSection行中进行分子优化及频率计算，得到该分子的性质。3.展示优化的稳定分子结构采用GaussView5.0软件可观测分子的构型。用GaussView5.0程序打开计算得到的数据文件*.out，利用主窗口中的“ModifyBond”、“ModifyAngle”和“ModifyDihdral”工具，借助鼠标即可显示分子中特定键长、键角和二面角的几何参数。记录个分子优化后的结构参数，其中键长保留三位小数，单位为埃（Å）；键角和二面角保留一位小数，单位为度（°）。利用相同的方法分别对CH4、乙烯、乙醛进行优化计算。注意：在构建乙烯、乙醛时需要用：五、注意事项1．利用GaussView5.0搭建分子模型后，一定要注意检查分子的对称性，体系的对称性直接影响着下面的计算。2．图形文件保存成gjf文件时，注意文件名和路径都不能包含中文字符。六．数据记录与处理(H20)(CH4)(乙烯)（乙醛）H20CH4C2H4CH3CHO键长1O-2H0.947411C-2H1.083661C-2H1.07621C-4H1.086651C-3H1.081501C-4H1C-3H1C-2H1.086661O-3H1C-3H4C-5H1C-5C1.504141C-5H4C-6H5C-7H1.095214C-1C1.317125C-6O1.18770键角3H-1O-2H105.478584H-1C-2H109.471222H-1C-3H116.426912H-1C-3H109.846124H-1C-5H5H-4C-6H116.426913H-1C-4H109.850032H-1C-4H109.846123H-1C-2H6H-4C-1C121.786557H-5C-6O120.277932H-1C-5H4C-1C-2H121.786552H-1C-5C109.807103H-1C-5C110.268265H-1C-3H5H-4C-1C121.786554H-1C-5H109.80710109.819911C-5C-7H115.319153H-1C-4H4C-1C-3H121.786551C-5C-6O124.40292二面角无无6H-4C-1C-3H1804H-1C-5C-7H58.756756H-4C-1C-2H0.000004H-1C-5C-6O-121.256445H-4C-1C-3H0.000003H-1C-5C-7H179.945515H-4C-1C-2H1803H-1C-5C-6O-0.067682H-1C-5C-7H-58.878922H-1C-5C-6121.10788O点群C2VTDD2HC1偶极距2.1993002.981E(总)-76.01074649-40.19517192-78.03171781-152.9159655KE7.585933103750D+014.018278060896D+017.798092527183D+011.526773455546D+02PE-1.990818670642D+02-1.200250365555D+02-2.486688933779D+02-4.996086358045D+02EE3.792404369074D+012.613306041974D+015.897113613167D+011.237062290761D+02Virial常数2.00202.00032.00072.0016光谱项State=1-A1State=1-A1State=1-AGState=1-A七、实验讨论与启示1．量子化学理论计算精度决定于计算所用的方法和基组的类型。分子体系的总能量及结构参数会随着计算所用的方法和基组的不同而略有变化。2．对程序初学者，运行程序时往往会产生非正常中断的情况，根据自己的经验总结程序非正常中断的原因积及其处理方法。