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Autodock-Win版分子对接教程BioBioBioBioMSMSMSMS版主：南工大-未央�软件介绍�软件安装与对接�结果分析考虑到原来的中文版本的指导说明已经有关于autodock软件的介绍，因此就在此不对软件进行介绍。关于软件的了解，大家可参考，这个版本在Bioms论坛有大家可自己下载()。建议大家和(Autodock分子对接-中文)这个版本一起看。我自己也是一个初学者，和前辈的比较着好学点。����软件的下载与安装（软件的下载与安装（软件的下载与安装（软件的下载与安装（winwinwinwin系统系统系统系统))))Autodock4.2软件大家可以直接在其官网下载（）直接安装Mgltools1.5.6即可。autodock软件的运行环境是英文环境，因此不论安装在哪个盘，名字都要是英文的，即：其中C盘必须改名，要是安装在D盘，D盘也要修改名字，还有就是所有的安装路径文件及将来做对接的文件命名也必须是英文的。����配体与受体的准备配体与受体的准备配体与受体的准备配体与受体的准备受体（受体（受体（受体（receptorreceptorreceptorreceptor））））即酶分子或者其他蛋白分子，可直接从PDB数据库下载其PDB文件（）依南极假丝酵母脂肪酶B（CandidaantarcticaLipaseB）为例打开后可直接在此处下载当我们下载完pdb文件后，就要对文件进行处理，包括去除水，加氢，计算点电荷，最后保存为pdbqt文件。运行autodock软件，file-readmolecule打开下载的pdb文件，即1TCA.pdb。其中红点表示水分子。删除水分子删除水分子删除水分子删除水分子select-selectfromstring在residue中输入HOH*，在ATOM中输入*并单击Add如下：其中水分子变为黄色，然后edit-delete-deleteselectedatom点击continue加氢加氢加氢加氢edit-hydrogens-add如下：点击ok就行，有图为加氢后的结果。计算点电荷计算点电荷计算点电荷计算点电荷edit-charges-computegasteiger点击确定。若是做刚性对接，添加原子类型，直接file-save选择保存为1TCA.pdbqt文件，备用。原子类型添加如下：若是做柔性对接，则要做如下操作：请参考即论坛已经上传的。����配体的准备配体的准备配体的准备配体的准备做不同的对接，配体大都要自己画，因此Chemoffier3D来画。并进行MM能量优化，保存为ASD.pdb文件。运行autodock软件，ligand-input-open打开配体ASD.pdb分子,做如下处理：加氢，添加电荷，添加原子类型，保存为pdbqt文件。加氢加氢加氢加氢当打开配体分子后会出现如下对话框：点击确定就行。�ADT检测Ligand分子是否已经加了电荷，如果没有，则自动加上Gasteiger电荷。需要注意的是：如果要使Gasteiger计算正确，就必须将Ligand上的所有H加上，包括极性的以及非极性的。如果电荷全部为0，则ADT会试图加上电荷。同时还将检测每个残基上的总电荷是否为整数。����ADT检测并合并非极性H。����ADT将Ligand中每个原子指定为“AutoDock原子类型”。表示该分子32个键中有7个可旋转的。其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键。如要把C7与C8之间的键设置为不可扭转，只需要按住shift，用鼠标点击相应的键就行，对于受体和配体都适应，设置完。然后直接保存就行ligand-output-saveaspdbqt.GridGridGridGrid打开酶分子（grid-macromolecule-open）弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以代替ADT自动加上Gasteiger电荷点击yes和确定就行：打开配体文件：grid-setmaptypes-openligand如图：ADT菜单：Grid→GridBox…打开GridOptions对话框，将格子的大小设置为X，Y，Z：40，40，40，格点间隔为默认值0.375Å，然后将格子中心设为-7.320，22.766，16.938（x，y，z）。设置完成后点击GridOptions菜单中：File→Closesavingcurrent保存并关闭对话框。保存为gpf文件Grid-output-savegpf。然后对GPF文件处理如下，即为其添加路径：并保存运算运算运算运算autogridautogridautogridautogridRun-runautogrid如下图：点击launch出现第二个图运算结束，第二个图框会自己关掉，运算完后会出现如下结果：准备准备准备准备DPFDPFDPFDPF文件文件文件文件打开酶分子pdbqt文件docking-macromolecule-setrigidmacromolecule和配体pdbqt分子docking-ligand-open如图：选择accept就行Parameters对话框，设置对接遗传算法搜索参数。作为练习，为了缩短计算时间，将MaximunNumberofevals改为short：250000，其他参数均使用系统默认参数，点击Accept确认点击accept即可并输出dpf文件对dpf文件处理如下：并保存运算autodock选择launch后出现第三图，等待运算结束即可做结果分析工作。结果分析结果分析结果分析结果分析主要是进行簇分析，操作如下：Analyze-docking-open打开对接完的dlg文件，如图所示：点击确定即可。菜单：Analyze→Conformations→Load…将对接结果及分子构象载入到图形窗口中，并且在弹出TCAConformationChooser对话框中单击列表中的相应分子构象编号后，上部显示窗口即可显示此分子构象的对接数据。而如果双击，则可以将该分子构象载入到分子显示窗口中，以便观察分析Analyze→Conformations→Play…弹出播放控制对话框。单击倒数第二个按钮，出现如下对话框对话框，钩选ShowInfo可显示当前构象的相关信息将Colorby下拉菜单选为vdw，当前构象则按照范德华作用力的大小来进行着色点击BuildAll按钮可将所有构象重叠在一起显示显示，如果点击BuildCurrent按钮则将当前显示的构象添加到显示窗口中，方便比较不同的对接构象。点击PlayParameters，则可设置动画播放选项，包括：帧速率、开始帧、结束帧以及步长：Analyze→Clusterings→Show…显示2.0clustering交互式柱状图，单击柱状图上相应的条带，分子显示窗口中将显示相应的分子构象，ADT默认只对tolerance（RMS值公差）2.0进行一次聚类。图中横坐标为结合能（Energy），纵坐标为分子构象数量（各条带构象数量总合为10）。以上仅按照2.0rms进行聚类显然还是不容易比较分析对接所产生的10个构象，所以我们分别按rms：1.0，2.0和3.0对对接结果进行重新聚类。Analyze→Clusterings→Recluster…重新聚类，将tolerance（RMS值公差）设为1.0，2.0和3.0，输入输出文件名称，点击OK重新聚类然后Analyze→Clusterings→Show…选择RMS值公差后显示聚类图表以2.0rms为例，点击柱状图中最左边条带（纵坐标为2包含两个分子构象），分子构象载入分子显示窗口，同时出现对话框，通过点击左/右键可以很方便的切换这两个分子在在在在ReceptorReceptorReceptorReceptor环境中观察对接构象环境中观察对接构象环境中观察对接构象环境中观察对接构象菜单：Analyze→Macromolecule→Open…载入Receptor刚性分子，这样就能看到Ligand分子在Receptor分子中的情况，：载入Receptor分子刚性部分后的效果（为了方便观察，以Ribbon模型显示）菜单：Analyze→Grids→Open…打开O原子的AutoGridMap文件“1TCA.OA.map”菜单：Analyze→Dockings→ShowasSpheres…将对接得到的所有分子构象结果都以小球的形式显示。下图中每一个小球表示该构象的几何中心，以方便不同构象之间的观察比较。Analyze→Dockings→ShowInteractionsADT将自动计算并显示Ligand分子在当前构象下与周围Receptor残基之间的相互作用2014年1月3日星期五