Reaxys使用反应检索技巧

Reaxys使用反应检索技巧|2•Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计•Reaxys检索小结提纲3什么是Reaxys？110M物质记录500M实验数据物理的，化学的,光谱数据，生态学,生物活性数据47M反应记录以及这些反应的条件，溶剂，催化剂，收率，反应中心，反应类型57M文献记录16,000期刊，专利涉及有机化学，材料化学，生物医药，地球科学，工程等多种领域LinkedtoChemistryfundamentalsUsesacrossdisciplines4Reaxys索引的内容—文献内容bibliographicManual[digital]IndexingReaxys提炼了文献的书目信息，摘要，题录，并用不同角度的索引词对文献内容进行描述。5Reaxys索引的内容—结构与反应Reaxys的反应记录，抽提了所有相关的数据，包括收率，催化剂，溶剂，反应类型等6Reaxys索引的内容—文献中的数据Reaxys的物性记录，抽提了超过500中不同的物性实验数据，生物活性数据，环境数据，以及谱图数据等等7Reaxys旨在弹指之间传递关键信息全文或者第三方数据库的有用数据过滤,去重,重塑对应Reaxys的数据结构直观数据分析统计重在索引文献中的有用信息|8•Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计•Reaxys检索小结提纲|9•关键词检索的AutoSuggest•优化检索结果集界面•新增ChemdrawJS结构面板•QueryBuilder使用教程的加入•MarvinJS结构面板，使用教程的加入20180702更新主要内容|10•QuickSearch中输入KeyWord检索，会自动弹出建议的词语。•使用建议词语检索，可以自动添加一些相关概念，用于获得全面结果关键词检索的AutoSuggest|11•预览结果界面优化•当前界面可直接返回QuickSearch界面，进行检索式修改优化检索结果集界面新增结果类型图标，对结果类型的呈现更为直观直接当前页面返回QuickSearch页面进行检索式修改|12反应结果集检索结果|13•结构面板进入后，可以选择ChemdrawJS结构面板新增ChemdrawJS结构面板下拉菜单选择ChemDrawJS|14•初次加载ChemdrawJS需要从网上下载插件，依据网速关系会耗费不等时间•加载成功后，提示是否允许访问粘帖版，用于直接从Chemdraw复制结构ChemdrawJS结构面板点击Allow|15•ChemdrawJS结构面板ChemdrawJS结构面板可以按教程安装CopyPaste插件|16QueryBuilder使用教程的加入•进入QueryBuilder可以看到QueryBuilder的使用步骤|17QueryBuilder使用教程的加入介绍不同部分的使用方法|18•MarvinJS结构面板使用教程MarvinJS结构面板，使用教程的加入点击进入教程|19MarvinJS结构面板，使用教程的加入提供了一些常见的功能的使用方法|20•Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计•Reaxys检索小结提纲21Reaxys中MarvinJS结构编辑器使用元素周期表以及常用原子，A:原子属性定义工具选择工具，橡皮，键定义，链，重复基团，R基团，R基团链接端，反应定义工具，原子匹配工具常见的环，常见的糖分子模板缩写官能团，通用官能团定义，原子属性列表中常见的两个工具SMax表示在AsDraw检索时允许有最大取代数，SLock表示在AsSubstructure时的原子锁定•不定位取代键：▪在选定的原子上进行基团的链接▪可以使用在链上，也可以使用在环上22不定位取代键的使用312绘制要求：希望1，2，3C上存在一个NH2绘制步骤：1.用选择工具选择1，2，3号C原子，2.添加不定位取代，系统默认添加CH33.将CH3换成NH2•案例:▪定义某位点上不能发生F,Cl,Br,I取代23NotList的应用•案例▪定义一个结构A▪R1分别是下面的这些结构，结构中绿色原子与A结构相连接24自定义R基团A•定义步骤：▪使用R基团末端定义工具定义绿色原子▪使用R基团定义工具，选择全部片段，即可完成R1的定义25绘制方法26反应原子标记工具Tips：1.定义反应前后必须匹配的原子2.建议将官能团展开后进行匹配3.在定义原子匹配时，两工具等效。27缩写官能团，Reaxys的GenericGroup定义Tips:1.AbbreviatedGroup:提供一些缩写的基团，直接键盘输入即可2.ReaxysGenericGroup：提供一些通用官能团28GenericGroup定义—链的定义Tips:ACY：任意的链ABC：任意C链（只含C原子）AYL：含有炔基取代的链ALK:含有烷基取代的链（饱和链）AEL:含有烯基取代的链AHC:含有杂原子的链AOX:烷氧基其他带H的分别是，前面对应基团或H29GenericGroup定义—环的定义Tips:CYC：任意的环CBC：任意C环（只含C原子）ARY：芳香基（只含C原子）CAL:环烷基（饱和C环）CEL:环烯基（不饱和C环）CHC:任意杂环HAR:含杂原子的芳香环CXX：不含C原子的环其他带H的分别是，前面对应基团或H|30GenericGroup定义—GGroup定义Tips：1.G代表的是任意基团，GH表示的是任意基团或H2.G*和G的区别是，G*所连接的基团允许和母体成环，G不允许成环3124思考：AsSubstructure检索这个结构，哪些结构可以被检索出来，如果不是G*，而是G呢？|31•SMax:AsDraw检索时有效▪AsDraw时，所有的原子不允许有取代▪标记上，SMax，等同于在AsDraw时将这个位点全部开放•SLock：AsSubstructure检索时有效▪AsSubstructure时，所有没有画出来的H，以及没有延展出来的H都可以随意取代▪标记上，SLock，等同于该位点上只能是H，起到锁定作用SMax和SLockAsDrawAsSubstructure|32原子属性列表Tips:A：任意非H原子Q：任意非C，H原子M：任意金属X：卤素AH：任意原子（含H）QH：任意非C原子（含H）MH：任意金属和HXH：任意卤素和HQueryprop:原子属性列表Tips：蓝色标记的目前无功能S*等同于SLockS+/S-大多数情况下用的是S6，即SMax|33一个很有意思的需求ABCD1234检索要求：1.吡啶上ABCD4个原子，都可以发生取代2.但是AB两个原子不能发生稠环3.即左侧1，2，3，4这4个化合物，化合物4不允许检索到4.俗称，锁半环亚结构可以检索到|34•去除AdditionalRingClosure如果需要所有原子都不可以成环（即可以取代，但不能成环）去掉后，结构面板中所有的原子都不能成环|35•思考：是否允许成环•原子的标记，•rb*的定义，表示，在进行亚结构检索时，被标记的原子不能在成环锁半环的解决方案|36•当前情况，AB不能成环，CD可以成环，也可以不成环•如果要求CD原子一定成环案例的衍生….ABCD|37•一定成环的条件▪CD原子上一定会在连接一个非H原子▪且该非H原子一定与CD相接的一定是一个环键•所以……一定成环的定义|38•定义步骤▪右键点击需要定义的键，选择BondProperties▪在Topology中选择inring即可键属性的定义|39•Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新（近期即将）•Reaxys中的检索▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计•Reaxys检索小结提纲•检索以下反应▪吡啶环上存在一个硝基，一个卤素，且这两个官能团处于邻位▪反应过后硝基还原成氨基▪定义难点：如果确保NO2和卤素处于邻位40CaseStudy141Reaxys中的结构定义结构定义：1：使用两次不定位取代，将NO2和X定义在吡啶环上2：使用原子映射功能，将反应前后的原子标记出来3：AsDraw检索不定位取代的定义1：选择需要链接基团的原子，用不定位取代健和不同的基团相连2：吡啶环上的5个C原子需要使用两次不定位取代，一次链接X，一次链接NO242检索到的结果检索到的反应，存在NO2和X在邻位的，也存在对位的反应•想要的一定属于这个结果集的子集，可以直接使用过滤工具43如何对反应进行筛选44输入限定的结构1，打开元素周期表，选择AtomList定义C，N2：在6元环上，将其余4个C全部换成List45添加结构后的界面46最后的结果这种检索，出来的NO2和X都处于邻位•当结构中存在一些特定要求，无法一次定义完全的时候，可以采用分次定义的方式•两次定义的结构，并不存在包容关系，这和通常意义上的限定不太一样•采用这种限定拿到的结果，是单独检索这两个结构的交集•采用这种限定策略，限定结构时必须将原有结构删除47案例小结•复杂结构中的常见问题▪反应中心，只是一个简单的化学变化▪反应物/产物，结构复杂或者新颖▪需要选择性的氧化，还原，脱保护等•检索符合以下条件的反应▪结构中存在Boc和苯甲醛▪反应后苯甲醛变成苯甲醇48CaseStudy249Reaxys中的定义1：亚结构检索2：添加环的保护，AdditionalRingclosures.3：S*，AtomMapping|50Reaxys中的结果在不做任何设置的情况下，会获得两个片段在不同结构中的反应51Reaxys在结构定义时直接定义碎片为一个整体NewReaxys定义的时候，可以直接选择Fragments是否在一个片段中52最后的结果从结构上看，所有的结构中都包含2个片段|53•检索以下的反应•常规做法如下CaseStudy3|54•实际的情况▪由于空间位阻的问题，无法取代NH2▪由于砜也是一个离去基团，砜基团在第二步反应时脱落•修改的思路▪先变成亚砜，取代NH2后，在变成砜实际上的情况|55常规的检索|56检索到的结果常见的不符合要求的反应：1.亚砜变成亚砜的2.砜变成砜的3.硫醚变成砜的|57•不符合要求的反应•亚砜变成亚砜的•砜变成砜的•硫醚变成砜的•原因分析•S原子在进行检索时，价态的变化而导致•如何解决•Solution1：S*的应用•Solution2：v+/v-的应用问题解决出发点|58Solution1：S*的应用利用SLock将反应物，产物中的S锁定即可|59Solution2：v+/v-的应用Tips：1.V+/V-的定义，表示被标记的原子的价位2.类似的情况还有，氮氧化合物|60最后的结果|61•检索以下反应，将Br变成羰基CaseStudy4|62检索到的结果不符合要求符合要求|63•不符合要求的反应▪C=O在原来反应物中带过来▪不是在Br的地方换成C=O•原因分析▪不定位取代的时候没有办法做原子映射•如何解决▪Solution1：AsDraw能否解决？▪Solution2：AsSubstructure的话，如何筛选？如何解决|64•AsDraw检索同样结构Solution1：换一个检索模式Tips：1.使用AsDraw，可以使得Br变成C=O，但也封闭了C=O，NH2上的取代可能性2.可以使用SMax标记C=O，NH2，在进行AsDraw检索时，实现原子的开放3.该检索结果，吡啶上只能有一个取代基|65检索结果|66•利用结构进行筛选Solution2：对于AsSubstructure结果的筛选|67•问题的结症•Br和C=O接在吡啶上的位置不确定，无法保证对应•反应的共性•但是Br，C=O都是接在