高质量科研合作平台保障创新的产生

上海吉凯基因化学技术有限公司ShanghaiGenechemCo.,Ltd.临床研究课题设计交流概述一、课题设计完整性疾病研究历史临床科研课题要素组成二、研究内容三、机制的深度及热度四、创新性五、完整研究方案六、中药相关课题设计七、高质量科研合作平台课题设计完整性——疾病研究的历史临床表现器官、组织细胞基因调控（机制）微观越细越好临床课题偏临床基础研究细胞模型及检测指标高通量功能筛选机制深度及热度偏临床研究Cell、Nature、Science治疗方案：用药药效药靶或有效markerCas9文库功能筛选NEJM、LANCET目标：新功能基因。药靶。目标：有效治疗方案。药物及marker。精准医疗。上海吉凯基因化学技术有限公司ShanghaiGenechemCo.,Ltd.课题设计完整性——临床科研课题要素组成A基因通过调控B信号通路影响C疾病的D功能1.临床相关性研究:A--C组织水平：临床组织样本基因的表达情况临床深度：基因表达水平与各种临床特点（恶性程度，转移与否，耐药性，生存率等）的相关性2.功能研究:A--D细胞水平：生长，凋亡，转移，侵润，血管新生，耐药动物水平：成瘤，转移，药物敏感3.机制研究:A--B分子水平：相互结合，表达调控，翻译后修饰前，降解调控，剪切调控，胞内定位，激酶信号传导等A基因通过调控B信号通路影响C疾病的D功能临床科研课题研究内容临床科研课题成功的标准A基因需具备三个性质：1、创新性在所研究的临床问题中首次报道。Geneanddisease到PudMed查询。有和无。3、功能在细胞及动物上，具备功能，且功能与临床问题一致。2、临床相关性在临床样品上存在差异。表达差异、突变、修饰等。by季博有功能的新基因（狭义）：临床单位研究目标。调控蛋白编码基因的广义“基因”，microRNA，lncRNA，表观遗传学：科学院所研究目标。机制的深度——科研课题提升的路径机制研究三个大类：1、分子相关性•上下游信号通路检测。•A基因改变后，下游信号通路B如何改变。•需巨人的肩膀2、功能相关性•A干扰后，B下降，细胞有功能表型。那么单独把B干扰，功能表型是否跟A干扰一致。•A干扰后，B下降，细胞有功能表型。那么在A干扰的前提下，把B过表达，看细胞表型是否回复。3、直接互作•CoIP•pulldown•ChIP•EMSA机制的热度——机制细分方向疾病功能基因是如何促进疾病的1、自噬2、代谢3、甲基化4、泛素化5、磷酸化6、EMT7、splicing8、转录调控……先有疾病功能基因，后根据基因确定机制细分方向。成功率高。从疾病差异基因中，按照细分方向把相关差异分析出来，然后进行功能筛选。可控制研究的细分方向，成功率低。课题创新性临床表现器官、组织细胞基因调控（机制）临床科研课题成功的标准A基因需具备三个性质：1、创新性在所研究的临床问题中首次报道。有和无。3、功能在细胞及动物上，具备功能，且功能与临床问题一致。2、临床相关性在临床样品上存在差异。表达差异、突变、修饰等。问题：差异基因成百上千，哪个是真正跟疾病发生发展功能相关的。功能高通量筛选平台Cell.2006.必须条件：1、高通量检测仪器2、基因操作工具国内最大的全基因组慢病毒文库（9w个独立克隆）3、工具细胞经STR分型的全认证肿瘤特征细胞库（300株)功能高通量筛选平台必备资源➢超过300株经STR分型的肿瘤特征细胞库吉凯基因疾病关键基因功能研究整体解决方案创新性A基因，如何获得。东方医学（中医）西方医学（西医）微观宏观不同的角度阐明疾病的病理医理。互为阴阳。临床疾病研究-发病的原因-药靶（功能基因）东方医学与西方医学的交叉点：药西药开发-根据药靶找药联用（复方）中药-已有药物机理（药靶）已有药物研究：药物成份，评估药效，寻找机理。中药国粹，期待我辈振兴！！！强大民族与人的共同点：开放的心理，学习的心态。项目批准号项目名称依托单位批准金额81503432黄芪通过抑制mTORC1信号通路，活化自噬，延缓糖尿病肾病进展的研究华中科技大学1781503433清热燥湿凉血方协同过表达miR-200b的BMSCs对UC相关性癌变上皮-间质转分化的影响华中科技大学1781573789丹参经TET调控Nrf2/BSEP通路及其对利福平致肝损伤的保护机制研究四川大学6381573689基于整体观的芦荟激活Wnt/β-Catenin/APC信号通路物质基础和作用机理研究中山大学6081273508木犀草素抑制Nox4/ROS-NF-κB通路抗动脉粥样硬化作用及分子药理学机制研究中国人民解放军第三军医大学23临床科研课题要素组成—中药A基因通过调控B信号通路影响C疾病的D功能药物E通过调控A基因影响B信号通路抑制C疾病的发生发展药效评价：动物模型细胞模型寻找候选药靶：1、正常组2、疾病组3、治疗组药靶鉴定：1、临床相关性2、功能3、与药物相关性4、机制模型及检测指标实验可行性筛选差异基因1、已知疾病相关的信号通路基因2、已知重要的功能基因3、未知的疾病相关基因（结合临床样品的差异基因）1、已知疾病相关的信号通路基因及已知经典的疾病相关基因-与药物相关性2、未知的疾病相关基因-临床相关性、功能、与药物相关性3、机制中药研究方案总览方案一、确定细胞模型，检测指标二、检测药物IC50（药物有效性，药物功能）三、加药组及溶剂组进行芯片差异基因筛选四、差异基因进行高通量功能筛选五、完善药物与功能基因细胞及动物实验阐明药物发挥作用的下游功能基因（药物机理）上海吉凯基因化学技术有限公司ShanghaiGenechemCo.,Ltd.高质量科研合作平台保障创新的产生基础研究临床问题科研成果临床应用疾病发生耐药复发与预后早期诊断个性化治疗……筛选基因（相关性研究）证实功能（功能研究）寻找机制（机制研究）文章基金专利诊断靶标的发现个性化治疗标准药物研发肿瘤转化医学的产业化通道和国内领先的基因诊疗研发平台•成立于2002年，员工400余人，总部位于上海张江•国内最大的疾病诊疗关键基因研究服务供应商，工程化科研平台•国内最大的慢病毒文库，近15万个独立克隆，几乎覆盖人类所有基因•发现数百个在特定肿瘤中发挥关键作用的候选靶标基因，覆盖10余种肿瘤领域•与7000位临床医生保持长期合作，与2000位业内专家紧密联系•拥有实验研究场地、SPF级实验动物房及近8000平米cGMP车间上海吉凯基因化学技术有限公司吉凯基因发展模式：临床合作、科研服务、产业化支持工程化科研平台✓HCS高内涵筛选平台✓全认证肿瘤细胞库✓全基因组shRNA文库✓全基因组Cas9文库✓蛋白质谱筛选平台….经验积累✓150+专职实验技术人员✓ERP系统管理实验流程✓ISO认证的SOP400项✓数据积累、数据库整合✓独有生信分析平台临床样本高通量筛选差异靶标差异靶标验证分析血样组织细胞FFPE蛋白质组分析转录组分析基因组分析表达验证机制分析体外功能验证表观遗传学分析············临床转化应用细胞免疫治疗诊断试剂盒开发知识产权申请体内功能验证转化医学解决方案研究热点……基因组CancerpanelWholegenomesequencingWholeexonsequencingMassARRAY转录组GeneexpressionmicroarraymiRNAmicroarrayLncRNAmicroarray蛋白质组SILACITRAQWESTissueMicroarray基因发现基因操作工具制备基因功能体外验证动物模型基因敲除/敲入Lenti-Cas9-CustomTMLenti-Cas9-EasyTMLenti-Cas9-SAMTM基因过表达Lenti-cDNATMLenti-miR-upTMAdv-cDNATMAdv-miR-upTMAAV-cDNATMAAV-miR-upTM基因沉默Lenti-shRNATMLenti-miR-downTMAdv-shRNATMAdv-miR-downTMAAV-shRNATMAAV-miR-downTM肿瘤模型SubcutaneousOrthotopicSyngenicCRISPR/Cas9转基因动物KOmiceConditionalKOmice细胞增殖能力检测MTT/MTS/CCK8/Brdu/EduAnnexinVapoptosisdetectionCellcycleanalysis（PIstaining）Colonyformation（2D/3D）细胞转移/侵袭能力检测TranswellCellMigrationWoundscratchEMTmarkeranalysis细胞功能高通量筛选CellproliferationCellmigration分子机制分析PatharrayAntibodymicroarraysCo-IPIPAPathwayAnalysis生信分析组学分析GenomicsTranscriptomicsProteomicsIPA分析SignaltransductionMolecularinteractionNetworkanalysisMetabolismpathwayMultiplenetworkanalysisTargetprediction跨组学联合分析GenomicsvsTranscriptomicsGenomicsvsProteomicsGenomicsvsProteomicsmicroRNAvsmRNA技术平台持续增加中，科研工程化是吉凯特殊的能力技术平台•Biomarker特征基因分析•药物靶标特征基因分析•基因作用网络分析•基因成药性分析•疾病功能相关性分析•基因新颖性分析•国内最大的全基因组慢病毒文库（9w个独立克隆）•经STR分型的全认证肿瘤特征细胞库（300株)•国际顶尖的基因功能分析平台•60余名经验丰富的技术人员和项目管理人员•不同癌种模式细胞已验证功能•公共数据库已验证临床相关性（生存期相关/TNM相关/病理分级相关等）•多组学联合验证临床相关性•在相关癌种中鲜有报道吉凯GeneCard金种子基因库—业内独有,多年宝贵的积累客户提出吉凯协助讨论临床问题客户收集吉凯提供服务样本收集客户自行筛选或吉凯代为筛选差异基因筛选吉凯分析候选基因提供基因功能描述个性化精选基因客户确认确认基因CoIP,动物实验等机制分析深入研究400+Gene6000+Gene20000+Gene吉凯创新科研合作模式400+Gene差异基因A客户样本高通量筛选✓高起点研究✓基金项目申请素材✓获取诊断预后的候选靶标✓更快的成果转化A基因B信号通路C疾病D功能影响的通过调控吉凯多年的投入和积累为您赢得时间，提升效率，提高精确性和确定性！ThanksQ&A